5-D-Cytidin | 28671-50-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-D-Cytidin
• 英文别名: 5-deuterio-cytidine；4-amino-5-deuterio-1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 28671-50-3
• 化学式: C₉H₁₃N₃O₅
• 分子量: 244.211
• InChiKey: UHDGCWIWMRVCDJ-VYXJBFCTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.1
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  129
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 高氯酸 、 ATP 、 NrdD-wildtype 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 0.01h， 生成 5-D-Cytidin
  参考文献：
  名称：

  一种对大肠杆菌III 类核糖核苷酸还原酶具有化学活性的硫磺酰基自由基

  摘要：

  III 类核糖核苷酸还原酶 (RNR) 是甘氨酰自由基 (G•) 酶，可提供许多兼性和专性厌氧细菌和古细菌中 DNA 合成和修复所需的平衡脱氧核苷酸库。与 I 类和 II 类 RNRs 不同，其中反应的还原当量由氧化还原蛋白（硫氧还蛋白、谷氧还蛋白或 NrdH）通过一对保守的活性位点半胱氨酸传递，迄今为止检测的 III 类 RNRs 使用甲酸盐作为还原剂。在这里，我们报告了在没有甲酸盐的情况下，大肠杆菌 III 类 RNR 与 CTP（底物）和 ATP（变构效应物）的反应导致 G• 损失，同时化学计量地形成新的自由基物种和“被困”胞苷衍生物，可分解为胞嘧啶。向新物种中添加甲酸盐导致 80% 的 G• 回收率和胞苷衍生物（建议为 3'-酮脱氧胞苷）还原为 dCTP 和少量胞嘧啶。新自由基的结构已通过 9.5 和 140 GHz EPR 光谱在同位素标记的蛋白质变体上鉴定为硫磺酰基自由基 [R

  DOI：

  10.1021/ja5030194