2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)ethyl isothiocyanate | 209911-51-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 酚类
• 英文名称: 2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)ethyl isothiocyanate
• 英文别名: 2-Fluoro-4-(2-isothiocyanatoethyl)phenol
• CAS: 209911-51-3
• 化学式: C₉H₈FNOS
• 分子量: 197.233
• InChiKey: SSWBMQKAWRZSCS-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  331.3±32.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.21±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.3
• 重原子数：
  13
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  64.7
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)ethyl isothiocyanate 、 3-[(2Z)-2-[2-[2-chloro-3-[(E)-2-[3,3-dimethyl-1-(3-sulfonatopropyl)indol-1-ium-2-yl]ethenyl]cyclohex-2-en-1-ylidene]ethylidene]-3,3-dimethylindol-1-yl]propane-1-sulfonate 在 sodium hydride 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Near-Infrared Heavy-Atom-Modified Fluorescent Dyes for Base-Calling in DNA-Sequencing Applications Using Temporal Discrimination

  摘要：

  我们制备了一系列近红外荧光染料，这些染料含有一个分子内重金属原子，可改变荧光寿命，从而产生一组适合单道 DNA 测序格式中碱基调用的探针。重原子修饰包括位于发色团偏远部分的分子内卤素，以尽量减少对荧光寿命和荧光量子产率的干扰。此外，染料系列还具有异硫氰酸酯官能团，可以方便地连接到测序引物上。非共轭染料显示出相似的吸收和发射最大值（λabs = 765-768 nm；λem = 794-798 nm）以及荧光量子产率，这些量子产率在实验误差范围内与重原子无关。然而，研究发现这些染料的寿命随卤素取代物的特性而变化（I，τf = 947 ps；F，τf = 843 ps，在甲醇中测量），染料系列内的平均变化为 35 ps。在 DNA 测序基质（含有甲酰胺的变性凝胶）中测定了游离染料和与寡核苷酸 5'- 端测序引物共轭的染料的光谱特性。结果表明，在这种特定基质中，游离染料的荧光特性与染料/引物共轭物的荧光特性略有不同。对基态吸收光谱的检测显示，游离染料在该溶液中出现了明显的聚集现象，但由于寡核苷酸的高阴离子性质，共轭染料没有出现聚集的迹象。染料/引物共轭物的荧光寿命从 735 到 889 ps 不等，平均变化为 51 ps，这种差异足以让这些染料在 DNA 测序条件下被轻松区分。此外，还发现原生重原子修饰染料的自由溶液电泳迁移率非常相似。当染料/原体共轭物在交联聚丙烯酰胺凝胶电泳毛细管柱中电泳时，它们会结合在一起，这表明在单道测序应用中，当使用这些染料时，无需进行运行后校正来纠正染料依赖性迁移率偏移。

  DOI：

  10.1021/ac980018g
• 作为产物：
  描述：

  酪胺盐酸盐 以 甲醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.5h， 生成 2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)ethyl isothiocyanate
  参考文献：
  名称：

  Near-Infrared Heavy-Atom-Modified Fluorescent Dyes for Base-Calling in DNA-Sequencing Applications Using Temporal Discrimination

  摘要：

  我们制备了一系列近红外荧光染料，这些染料含有一个分子内重金属原子，可改变荧光寿命，从而产生一组适合单道 DNA 测序格式中碱基调用的探针。重原子修饰包括位于发色团偏远部分的分子内卤素，以尽量减少对荧光寿命和荧光量子产率的干扰。此外，染料系列还具有异硫氰酸酯官能团，可以方便地连接到测序引物上。非共轭染料显示出相似的吸收和发射最大值（λabs = 765-768 nm；λem = 794-798 nm）以及荧光量子产率，这些量子产率在实验误差范围内与重原子无关。然而，研究发现这些染料的寿命随卤素取代物的特性而变化（I，τf = 947 ps；F，τf = 843 ps，在甲醇中测量），染料系列内的平均变化为 35 ps。在 DNA 测序基质（含有甲酰胺的变性凝胶）中测定了游离染料和与寡核苷酸 5'- 端测序引物共轭的染料的光谱特性。结果表明，在这种特定基质中，游离染料的荧光特性与染料/引物共轭物的荧光特性略有不同。对基态吸收光谱的检测显示，游离染料在该溶液中出现了明显的聚集现象，但由于寡核苷酸的高阴离子性质，共轭染料没有出现聚集的迹象。染料/引物共轭物的荧光寿命从 735 到 889 ps 不等，平均变化为 51 ps，这种差异足以让这些染料在 DNA 测序条件下被轻松区分。此外，还发现原生重原子修饰染料的自由溶液电泳迁移率非常相似。当染料/原体共轭物在交联聚丙烯酰胺凝胶电泳毛细管柱中电泳时，它们会结合在一起，这表明在单道测序应用中，当使用这些染料时，无需进行运行后校正来纠正染料依赖性迁移率偏移。

  DOI：

  10.1021/ac980018g