N2-isobutyryl-5'-O-dimethoxytrityl-2'-deoxyxyloguanosine | 170236-39-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N2-isobutyryl-5'-O-dimethoxytrityl-2'-deoxyxyloguanosine
• 英文别名: N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide；3'-OH(S)-N2-isobutyryl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyguanosine；5'-O-[Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methyl]-2'-deoxy-N-isobutyrylguanosine；N-[9-[(2R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 170236-39-2
• 化学式: C₃₅H₃₇N₅O₇
• 分子量: 639.708
• InChiKey: RMQXDNUKLIDXOS-MPFGFTFXSA-N

物化性质

• 熔点：
  178-183 °C
• 密度：
  1.35±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.1
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  146
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N2-isobutyryl-5'-O-dimethoxytrityl-2'-deoxyxyloguanosine 在 吡啶 、 叠氮化锂 、 水 、 溶剂黄146 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 N2-isobutyryl-9-(3-azido-2,3-dideoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)guanine
  参考文献：
  名称：

  3'-叠氮基-2',3'-双脱氧鸟苷衍生物的改进和可靠合成

  摘要：

  描述了 N2-protected-3'-azido-2',3'-dideoxyguanosine 20 和 23 的改进合成。2'-O-烷基（和/或芳基）磺酰基-5'-二甲氧基三苯甲基鸟苷脱氧结合[1,2]-氢化物移位重排得到受保护的9-（2-脱氧-苏式-戊呋喃糖基）鸟嘌呤（10、12和16)。这种重排使用三异丁基硼氢化锂 (l-Selectride®) 以高收率和高立体选择性完成。化合物 10、12 和 16 被转化为 3'-O-甲磺酸盐（18 和 21），可用于 3'-取代。通过用叠氮化锂处理 18 和 21 获得 3'-叠氮基核苷。该过程具有良好的总产率，可重现。†为了纪念和庆祝 Leroy B. Townsend 教授 70 岁生日。

  DOI：

  10.1081/ncn-120027826
• 作为产物：
  描述：

  N2-异丁酰-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧鸟苷 在 sodium tetrahydroborate 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 二氯甲烷 、 异丙醇 为溶剂， 反应 5.17h， 生成 N2-isobutyryl-5'-O-dimethoxytrityl-2'-deoxyxyloguanosine
  参考文献：
  名称：

  Thermal stabilisation of RNA·RNA duplexes and G-quadruplexes by phosphorothiolate linkages

  摘要：

  关于3′-S-磷硫键对RNA·RNA双链体和G-四链体结构稳定性的影响已有研究。在RNA双链体中加入了3′-巯基-2′-脱氧尿苷，热熔解研究表明，形成的3′-S-磷硫键增强了双链体对热变性的稳定性。此外，与预期相反，当同样的硫代核苷酸被引入RNA·DNA双链体的RNA链时，也观察到类似的增强双链体稳定性的效应。通过氧化还原策略制备了适当保护的3′-巯基-2′-脱氧鸟苷衍生物，并且发现该残基位于中间位置时也能提高[d(TGGGGT)]4 G-四链体的热稳定性。研究结果就硫原子对呋喃糖环构象的影响进行了讨论，并暗示，先前注意到的高温下平行RNA四链体的稳定性并非源自2′-羟基的氢键相互作用，而可能是源自构象效应。

  DOI：

  10.1039/c2ob26940f

文献信息

• [EN] MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS AND USES THEREOF<br/>[FR] COMPOSÉS OLIGOMÈRES MODIFIÉS ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：IONIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2021030763A1

  公开（公告）日：2021-02-18

  The present disclosure provides oligomeric compounds comprising a modified oligonucleotide having at least one stereo-non-standard nucleoside. An oligomeric compound comprising a modified oligonucleotide consisting of 12-30 linked nucleosides, wherein at least one nucleoside of the modified oligonucleotide is a stereo-non-standard nucleoside; and wherein the oligomeric compound is selected from among an RNAi compound, a modified CRISPR compound, and an artificial mRNA compound.

  本公开提供了包含至少一种立体非标准核苷酸的修饰寡核苷酸的寡聚化合物。包括由12-30个连接的核苷酸组成的修饰寡核苷酸的寡聚化合物，其中修饰寡核苷酸的至少一个核苷酸是立体非标准核苷酸；且所述寡聚化合物选自RNAi化合物、修饰CRISPR化合物和人工mRNA化合物。
• COMPOUNDS FOR TREATING BACTERIAL INFECTIONS
  申请人：Glaser Gad

  公开号：US20110086813A1

  公开（公告）日：2011-04-14

  The present invention relates to a novel class of guanine nucleotide analogs which inhibit RelA and Relseq synthetic activity and which possess anti-bacterial activity. The present invention also relates to pharmaceutical compositions that include such compounds, and to methods of use of such compounds or compositions for combating bacteria and treating bacterial infections.

  本发明涉及一类新型鸟嘌呤核苷酸类似物，其抑制RelA和Relseq的合成活性，并具有抗细菌活性。本发明还涉及包括这些化合物的药物组合物，以及利用这些化合物或组合物来对抗细菌和治疗细菌感染的方法。
• DNA with 3′-5′-Disulfide Links-Rapid Chemical Ligation through Isosteric Replacement
  作者：Volker Patzke、John S. McCaskill、Günter von Kiedrowski

  DOI：10.1002/anie.201310644

  日期：2014.4.14

  containing 5′‐ or 3′‐mercapto‐dideoxynucleotides and their chemical ligations, yielding 3′‐5′‐disulfide bonds as a replacement for 3′‐5′‐phosphodiester units. Employing a system designed for fluorescence monitoring, we demonstrate one of the fastest ligation reactions with half‐lives on the order of seconds. The nontemplated ligation reaction is efficiently suppressed by the choice of DNA modification and

  在不借助于生化酶的情况下化学连接寡核苷酸的努力已经导致了许多合成类似物，并且将寡聚体连接扩展到了新的寡核苷酸，肽和诸如PNA的杂合体的反应。1个对于不基于PCR的潜在诊断工具的关键要求包括具有高配对选择性的快速模板化化学DNA连接方法以及灵敏的检测方法。在这里，我们报告了包含5'-或3'-巯基-二脱氧核苷酸的寡核苷酸的固相合成及其化学连接，产生了3'-5'-二硫键替代3'-5'-磷酸二酯单元。通过设计一个用于荧光监测的系统，我们证明了最快的连接反应之一，其半衰期只有几秒钟。通过选择DNA修饰和激活位点的3'-5'方向，可以有效地抑制非模板连接反应。显示了温度对模板化反应的影响。
• MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS AND USES THEREOF
  申请人：Ionis Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：EP3861118A1

  公开（公告）日：2021-08-11
• Improved and Reliable Synthesis of 3′‐Azido‐2′,3′‐dideoxyguanosine Derivatives
  作者：Victor A. Timoshchuk、Richard I. Hogrefe、Morteza M. Vaghefi

  DOI：10.1081/ncn-120027826

  日期：2004.1.1

  rearrangement gave protected 9‐(2‐deoxy‐threo‐pentofuranosyl)guanines ( 10 , 12 and 16 ). This rearrangement was accomplished in high yield with a high degree of stereoselectivity using lithium triisobutylborohydride (l‐Selectride®). Compounds 10 , 12 and 16 were transformed into 3′‐O‐mesylates ( 18 and 21 ), which can be used for 3′‐substitution. The 3′‐azido nucleosides were obtained by treatment of 18 and

  描述了 N2-protected-3'-azido-2',3'-dideoxyguanosine 20 和 23 的改进合成。2'-O-烷基（和/或芳基）磺酰基-5'-二甲氧基三苯甲基鸟苷脱氧结合[1,2]-氢化物移位重排得到受保护的9-（2-脱氧-苏式-戊呋喃糖基）鸟嘌呤（10、12和16)。这种重排使用三异丁基硼氢化锂 (l-Selectride®) 以高收率和高立体选择性完成。化合物 10、12 和 16 被转化为 3'-O-甲磺酸盐（18 和 21），可用于 3'-取代。通过用叠氮化锂处理 18 和 21 获得 3'-叠氮基核苷。该过程具有良好的总产率，可重现。†为了纪念和庆祝 Leroy B. Townsend 教授 70 岁生日。