N⁴-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-fluoro-2'-deoxycytidine | 146954-77-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N⁴-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-fluoro-2'-deoxycytidine
• 英文别名: N⁴-benzoyl-2'-deoxy-2'-fluoro-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine；5'-O-Dmt-N4-benzoyl-2'-fluoro-2'-deoxycytidine；N-[1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-fluoro-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 146954-77-0
• 化学式: C₃₇H₃₄FN₃O₇
• 分子量: 651.691
• InChiKey: RAIBEZUVTIPFOJ-NHASGABXSA-N

物化性质

• 密度：
  1.30±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMSO：100 mg/mL（153.45 mM；需要超声波）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.9
• 重原子数：
  48
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

制备方法与用途

5′-O-DMT-N4-Bz-2′-F-dC 是一种兼具保护和修饰功能的核苷。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-(Cyanethoxy)-bis-N,N-(diisopropylamino)phosphane 、 N⁴-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-fluoro-2'-deoxycytidine 在 二异丙基铵盐四氮唑 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 8.0h， 以90%的产率得到2-F-RC(N-BZ)亚磷酰胺单体
  参考文献：
  名称：

  Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets

  摘要：

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。

  DOI：

  10.1021/jm00059a007
• 作为产物：
  描述：

  2'-氟-2'-脱氧尿苷 在 ammonium hydroxide 、 二甲基十二/十四烷基叔胺 、 三乙胺 、 氯磷酸二苯酯 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 吡啶 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 27.83h， 生成 N⁴-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-fluoro-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  低聚核糖核苷酸及其2'-脱氧-2'-氟类似物的异核NMR光谱结构比较

  摘要：

  合成了1-（2'-Deoxy-2'-fluororibofuranosyl）pyrimidines，并掺入RNA寡核苷酸中，得到5'-r [C f GC f（U f U f C f G）GC f G] -3'（ ç ˚F：C的短形式= 2'-脱氧-2'-氟胞苷;ù ˚F：U的短形式= 2'-脱氧-2'-氟尿苷）。通过UV，CD和NMR光谱研究了低聚物，以解决F标记如何取代核糖环中的13 C标记的问题。通过利用19引起的化学位移的改善分散进行了通孔（NOE）和键合（标量耦合）实验F作为替代杂核。给出了氟化的与未改性的低聚物的结构比较。事实证明，与主要采用发夹构象的未修饰寡核苷酸相反，氟化寡核苷酸以14：3的平衡存在于发夹和双链体构象之间。此外，氟化的发夹结构采用两个不同的构象，这两个构象的U和C核苷单元的糖构象不同，如19 F-NMR化学位移所检测到的。讨论了2'-OH基团在RNA二级结构中作为稳定元件的作用。

  DOI：

  10.1002/hlca.19970800614

文献信息

• PHOSPHORAMIDITE BUILDING BLOCKS FOR SUGAR-CONJUGATED OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：AM CHEMICALS LLC

  公开号：US20160083414A1

  公开（公告）日：2016-03-24

  Novel nucleoside phosphoramidite building blocks for preparation of synthetic oligonucleotides containing at least one phosphotriester linkage conjugated to a monosaccharide and synthetic processes for making the same are disclosed. Furthermore, oligomeric compounds are prepared using said building blocks, preferably followed by removal of protecting groups to provide monosaccharide-conjugated oligonucleotides.

  揭示了用于制备含至少一种磷酸三酯键连接的寡核苷酸的合成寡核苷酸的新型核苷酸磷酰胺酯构建模块，其与单糖偶联，并公开了制备这些构建模块的合成过程。此外，使用这些构建模块制备寡聚合物化合物，最好是在去除保护基之后，以提供单糖偶联的寡核苷酸。
• Antisense modulation of resistin expression
  申请人：Isis Pharmaceuticals Inc.

  公开号：US20040023383A1

  公开（公告）日：2004-02-05

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of resistin. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding resistin. Methods of using these compounds for modulation of resistin expression and for treatment of diseases associated with expression of resistin are provided.

  提供了用于调节抗性蛋白表达的反义化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码抗性蛋白的核酸的反义化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了利用这些化合物调节抗性蛋白表达以及治疗与抗性蛋白表达相关疾病的方法。
• Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets
  作者：Andrew M. Kawasaki、Martin D. Casper、Susan M. Freier、Elena A. Lesnik、Maryann C. Zounes、Lendell L. Cummins、Carolyn Gonzalez、P. Dan Cook

  DOI：10.1021/jm00059a007

  日期：1993.4

  ''Uniformly'' modified phosphodiester or phosphorothioate oligonucleotides incorporating 2'-deoxy-2'-fluoroadenosine, -guanosine, -uridine, and -cytidine, reported herein for the first time, when hybridized with RNA afforded consistent additive enhancement of duplex stability without compromising base-pair specificity. CD spectra of the 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides hybridized with RNA indicated that the duplex adopts a fully A-form conformation. The 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides in phosphodiester form were not resistant to nucleases; however, the modified phosphorothioate oligonucleotides were highly nuclease resistant and retained exceptional binding affinity to the RNA targets. The stabilizing effects of the 2'-deoxy-2'-fluoro modifications on RNA-DNA duplexes were shown to be superior to those of the 2'-O-methylribo substitutions. RNA hybrid duplexes with uniformly 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides did not support HeLa RNase H activity; however, incorporation of the modifications into ''chimeric'' oligonucleotides has been shown to activate mammalian RNase H. ''Uniformly'' modified 2'-deoxy-2'-fluoro phosphorothioate oligonucleotides afforded antisense molecules with (1) high binding affinity and selectivity for the RNA target and (2) stability toward nucleases.

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。
• Structural Comparison of Oligoribonucleotides and Their 2′-Deoxy-2′-fluoro Analogs by heteronuclear NMR spectroscopy
  作者：Bernd Reif、Valentin Wittmann、Harald Schwalbe、Christian Griesinger、Karlheinz Wörner、Kerstin Jahn-Hofmann、Joachim W. Engels、Wolfgang Bermel

  DOI：10.1002/hlca.19970800614

  日期：1997.9.22

  heteronucleus. A comparison of the structures of fluorinated vs. unmodified oligomer is given. It turns out that the fluorinated oligonucleotide exists in a 14:3 equilibrium between a hairpin and a duplex conformation, in contrast to the unmodified oligonucleotide which predominantly adopts the hairpin conformation. Furthermore, the fluorinated hairpin structure adopts two distinct conformations that differ

  合成了1-（2'-Deoxy-2'-fluororibofuranosyl）pyrimidines，并掺入RNA寡核苷酸中，得到5'-r [C f GC f（U f U f C f G）GC f G] -3'（ ç ˚F：C的短形式= 2'-脱氧-2'-氟胞苷;ù ˚F：U的短形式= 2'-脱氧-2'-氟尿苷）。通过UV，CD和NMR光谱研究了低聚物，以解决F标记如何取代核糖环中的13 C标记的问题。通过利用19引起的化学位移的改善分散进行了通孔（NOE）和键合（标量耦合）实验F作为替代杂核。给出了氟化的与未改性的低聚物的结构比较。事实证明，与主要采用发夹构象的未修饰寡核苷酸相反，氟化寡核苷酸以14：3的平衡存在于发夹和双链体构象之间。此外，氟化的发夹结构采用两个不同的构象，这两个构象的U和C核苷单元的糖构象不同，如19 F-NMR化学位移所检测到的。讨论了2'-OH基团在RNA二级结构中作为稳定元件的作用。