N4-Benzoyl-3'-(trityl)amino-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxycytidine | 195375-75-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N4-Benzoyl-3'-(trityl)amino-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxycytidine
• 英文别名: N-[1-[(2R,4S,5S)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-(tritylamino)oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 195375-75-8
• 化学式: C₄₁H₄₆N₄O₄Si
• 分子量: 686.926
• InChiKey: RAOKSTYUXKFVIV-UQDPWRLZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.76
• 重原子数：
  50
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  92.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N4-Benzoyl-3'-(trityl)amino-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxycytidine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 16.0h， 以88%的产率得到N4-benzoyl-3'-aminotrityl-2',3'-dideoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  N3'-> P5'寡脱氧核糖核苷酸磷酸氨基甲酸酯：一种基于亚磷酰胺胺交换反应的新合成方法。

  摘要：

  展示了一种合成N3'-> P5'氨基磷酸亚氨基寡脱氧核苷酸的新方法。本文描述了亚磷酰胺交换反应中所用单体的合成以及与这种新的链组装方式有关的实验细节。亚磷酰胺交换法在每个循环中产生的偶联收率在92-95％的范围内，并且无需进行仪器修饰即可合成嵌合的氨基磷酸酯/磷酸二酯或氨基磷酸酯/硫代磷酸酯寡核苷酸。

  DOI：

  10.1021/jo970801t
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 palladium on activated charcoal 4-二甲氨基吡啶 、 ammonium hydroxide 、 叠氮化锂 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 氢气 、 三乙胺 、 三苯基膦 、 三氯氧磷 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 吡啶 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 75.0h， 生成 N4-Benzoyl-3'-(trityl)amino-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  N3'-> P5'寡脱氧核糖核苷酸磷酸氨基甲酸酯：一种基于亚磷酰胺胺交换反应的新合成方法。

  摘要：

  展示了一种合成N3'-> P5'氨基磷酸亚氨基寡脱氧核苷酸的新方法。本文描述了亚磷酰胺交换反应中所用单体的合成以及与这种新的链组装方式有关的实验细节。亚磷酰胺交换法在每个循环中产生的偶联收率在92-95％的范围内，并且无需进行仪器修饰即可合成嵌合的氨基磷酸酯/磷酸二酯或氨基磷酸酯/硫代磷酸酯寡核苷酸。

  DOI：

  10.1021/jo970801t

文献信息

• Synthons for synthesis of oligonucleotide N3-P5 phosphoramidates
  申请人：Lynx Therapeutics, Inc.

  公开号：US05859233A1

  公开（公告）日：1999-01-12

  The invention provides a method of synthesizing oligonucleotide N3'.fwdarw.P5' phosphoramidates using an amine-exchange reaction of phosphoramidites in which a -deprotected 3'-amino group of a solid phase supported oligonucleotide chain is exhanged for the amino portion of a 5'-phosphoramidite of an incoming monomer which has a protected 3'-amino group. The resulting internucleotide phosphoramidite linkage is then oxidized to form a stable protected phosphoramidate linkage. The method of the invention greatly improves product yields and reduces reagent usage over currently available methods for synthesizing the above class of compound.

  本发明提供了一种合成寡核苷酸N3'.fwdarw.P5'磷酰胺酰胺的方法，使用磷酰胺酰胺的胺交换反应，在该反应中，固相支持的寡核苷酸链的去保护的3'-氨基基团被交换为一个具有保护的3'-氨基基团的进入单体的5'-磷酰胺酰胺的氨基部分。然后，将得到的核苷酸间磷酰胺酰胺键氧化形成稳定的保护磷酰胺酰胺键。本发明的方法大大提高了产物收率，并减少了合成上述类化合物的当前可用方法所需的试剂用量。