guanosyl-(3',3')-(2',5'-di-O-methyluridine) | 667934-44-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核糖核苷3'-磷酸盐
• 英文名称: guanosyl-(3',3')-(2',5'-di-O-methyluridine)
• 英文别名: [(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] [(2R,3R,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-methoxy-2-(methoxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 667934-44-3
• 化学式: C₂₁H₂₈N₇O₁₃P
• 分子量: 617.466
• InChiKey: GMXHEWVTCXZQID-LKAJGUBRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.3
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.57
• 拓扑面积：
  268
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  guanosyl-(3',3')-(2',5'-di-O-methyluridine) 在 sodium hydroxide 、 sodium formate 、 sodium acetate 作用下， 以 various solvent(s) 为溶剂， 生成 鸟嘌呤 、 guanosine 2',3'-cyclic monophosphate 、 尿嘧啶核苷 、 Phosphoric acid (2R,3R,4R,5R)-2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-purin-9-yl)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl ester (2R,3R,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-methoxy-2-methoxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl ester
  参考文献：
  名称：

  鸟苷-(3',3')-尿苷和鸟苷-(3',3')-(2',5'-二-O-甲基尿苷)的水解反应

  摘要：

  鸟苷-(3',3')-尿苷和鸟苷-(3',3')-(2',5'-二-O-甲基尿苷)的水解反应在很宽的pH范围内被RP HPLC跟踪363.2 K 以阐明 2'-羟基在 3'-尿苷部分离开时作为氢键供体的作用。在中性和碱性条件下，鸟苷基-(3',3')-尿苷经历氢氧根离子催化的 P-O3' 键裂解（[OH(-)] 中的一级），得到尿苷和鸟苷 2',3 '-环状单磷酸酯，随后水解成 2'- 和 3'-单磷酸酯的混合物。这种键断裂的速度是鸟苷-(3',3')-(2',5'-二-O-甲基尿苷) P-O3' 键相应断裂生成 2',5' 的 23 倍-O-二甲基尿苷和鸟苷 2',3' -环磷酸盐。在酸性条件下，反应性差异较小，脱嘌呤和异构化与裂解竞争。Zn(2+) 对鸟苷-(3',3')-尿苷 P-O3' 键断裂的影响不大：在 [Zn(2+)] = 5 处观察到约 6 倍的加速mmol L(-)(1)

  DOI：

  10.1021/ja047568i
• 作为产物：
  描述：

  2',5'-di-O-methyluridine 在 2,6-二甲基吡啶 、 四氮唑 、 四丁基氟化铵 、 氨 、 碘 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 13.5h， 生成 guanosyl-(3',3')-(2',5'-di-O-methyluridine)
  参考文献：
  名称：

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯，糖O-烷基化三核苷3'，3'，5的水解'-单磷酸盐：对大核酶机制的影响。

  摘要：

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯（1）的水解反应，糖O-烷基化三核苷3'， 3'，5'-单磷酸酯，随后在宽pH范围内进行RP HPLC分析。在中性和弱酸性条件下，观察到的唯一反应是5'-连接核苷的O-C5'键的pH依赖性裂解。在更碱性的条件下，氢氧根离子的亲核攻击开始竞争。该反应是一级反应中[OH - ]，且在pH 10。每个3'-连接的核苷的主要被移位的2.9倍那样容易作为5'-连接的一个。为了确定β LG1的氢氧根离子催化水解的值，具有2'，3'- O-亚甲基腺苷（7）和2'，5'- di - O-甲基尿苷（4）的两个二酯（2a，b）被水解在碱性条件下。由于β LG用于此反应的值是已知的，Δ p ķ一个之间4和7可以计算。的β LG为水解1使用此信息，估计为-0.5。讨论了大核酶的部分反应机理和离去基团性质在核酶反应中的作用。

  DOI：

  10.1021/jo035094k

文献信息

• Hydrolytic Reactions of Guanosyl-(3‘,3‘)-uridine and Guanosyl-(3‘,3‘)-(2‘,5‘-di-<i>O</i>-methyluridine)
  作者：Anu Kiviniemi、Tuomas Lönnberg、Mikko Ora

  DOI：10.1021/ja047568i

  日期：2004.9.1

  Hydrolytic reactions of guanosyl-(3',3')-uridine and guanosyl-(3',3')-(2',5'-di-O-methyluridine) have been followed by RP HPLC over a wide pH range at 363.2 K in order to elucidate the role of the 2'-hydroxyl group as a hydrogen-bond donor upon departure of the 3'-uridine moiety. Under neutral and basic conditions, guanosyl-(3',3')-uridine undergoes hydroxide ion-catalyzed cleavage (first order in

  鸟苷-(3',3')-尿苷和鸟苷-(3',3')-(2',5'-二-O-甲基尿苷)的水解反应在很宽的pH范围内被RP HPLC跟踪363.2 K 以阐明 2'-羟基在 3'-尿苷部分离开时作为氢键供体的作用。在中性和碱性条件下，鸟苷基-(3',3')-尿苷经历氢氧根离子催化的 P-O3' 键裂解（[OH(-)] 中的一级），得到尿苷和鸟苷 2',3 '-环状单磷酸酯，随后水解成 2'- 和 3'-单磷酸酯的混合物。这种键断裂的速度是鸟苷-(3',3')-(2',5'-二-O-甲基尿苷) P-O3' 键相应断裂生成 2',5' 的 23 倍-O-二甲基尿苷和鸟苷 2',3' -环磷酸盐。在酸性条件下，反应性差异较小，脱嘌呤和异构化与裂解竞争。Zn(2+) 对鸟苷-(3',3')-尿苷 P-O3' 键断裂的影响不大：在 [Zn(2+)] = 5 处观察到约 6 倍的加速mmol L(-)(1)
• Hydrolysis of 2‘,3‘-<i>O</i>-methyleneadenos-5‘-yl Bis(2‘,5‘-di-<i>O</i>-methylurid-3‘-yl) Phosphate, a Sugar <i>O</i>-Alkylated Trinucleoside 3‘,3‘,5‘-Monophosphate:  Implications for the Mechanism of Large Ribozymes
  作者：Tuomas Lönnberg、Satu Mikkola

  DOI：10.1021/jo035094k

  日期：2004.2.1

  times as readily as the 5‘-linked one. To determine the βlg value for the hydroxide ion catalyzed hydrolysis of 1, two diesters (2a,b) having 2‘,3‘-O-methyleneadenosine (7) and 2‘,5‘-di-O-methyluridine (4) as leaving groups were hydrolyzed under alkaline conditions. Since the βlg value for this reaction is known, ΔpKa between 4 and 7 could be calculated. The βlg for the hydrolysis of 1 was estimated to

  2'，3'- O-亚甲基腺苷-5'-基双（2'，5'-二-O-甲基脲-3'-基）磷酸酯（1）的水解反应，糖O-烷基化三核苷3'， 3'，5'-单磷酸酯，随后在宽pH范围内进行RP HPLC分析。在中性和弱酸性条件下，观察到的唯一反应是5'-连接核苷的O-C5'键的pH依赖性裂解。在更碱性的条件下，氢氧根离子的亲核攻击开始竞争。该反应是一级反应中[OH - ]，且在pH 10。每个3'-连接的核苷的主要被移位的2.9倍那样容易作为5'-连接的一个。为了确定β LG1的氢氧根离子催化水解的值，具有2'，3'- O-亚甲基腺苷（7）和2'，5'- di - O-甲基尿苷（4）的两个二酯（2a，b）被水解在碱性条件下。由于β LG用于此反应的值是已知的，Δ p ķ一个之间4和7可以计算。的β LG为水解1使用此信息，估计为-0.5。讨论了大核酶的部分反应机理和离去基团性质在核酶反应中的作用。