3-[(3aSR,4RS,8aSR,8bRS)-4-[5-(5-chloro-2-thienyl)-3-isoxazolyl]-1,3-dioxooctahydrodipyrrolo[1,2-a:3',4'-c]pyrrol-2(3H)-yl]-N,N,N-trimethyl-1-propanaminium bromide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡咯里西啶类
• 英文名称: 3-[(3aSR,4RS,8aSR,8bRS)-4-[5-(5-chloro-2-thienyl)-3-isoxazolyl]-1,3-dioxooctahydrodipyrrolo[1,2-a:3',4'-c]pyrrol-2(3H)-yl]-N,N,N-trimethyl-1-propanaminium bromide
• 英文别名: 3-[4-[5-(5-chloro-2-thienyl)-1,2-oxazol-3-yl]-1,3-dioxo-octahydrodipyrrolo[1,2-a:3',4'-c]pyrrol-(3H)-yl]-N,N,N-trimethyl-1-propanaminium bromide；3-[(3aR,4S,8aR,8bS)-4-[5-(5-chlorothiophen-2-yl)-1,2-oxazol-3-yl]-1,3-dioxo-4,6,7,8,8a,8b-hexahydro-3aH-pyrrolo[3,4-a]pyrrolizin-2-yl]propyl-trimethylazanium;bromide
• 化学式: Br*C₂₂H₂₈ClN₄O₃S
• 分子量: 543.912
• InChiKey: OKPWVKNTLJCUPO-SUFLWOBJSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.28
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.59
• 拓扑面积：
  94.9
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  5-(5-chloro-2-thienyl)-3-isoxazolecarbaldehyde 在 Chiralpak AD column 作用下， 以 乙醇 、 正庚烷 、 异丙醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 70.0h， 生成 3-[(3aSR,4RS,8aSR,8bRS)-4-[5-(5-chloro-2-thienyl)-3-isoxazolyl]-1,3-dioxooctahydrodipyrrolo[1,2-a:3',4'-c]pyrrol-2(3H)-yl]-N,N,N-trimethyl-1-propanaminium bromide
  参考文献：
  名称：

  Xa因子活性位点的分子识别：阳离子-π相互作用，平面肽表面堆积和结构水的置换

  摘要：

  Xa因子是一种来自凝血级联的丝氨酸蛋白酶，是分子识别研究的理想酶，因为其活性位点具有高度的形状持久性，并具有独特的凹子口袋。我们开发了一系列非肽小分子抑制剂，这些抑制剂具有中心三环核，该核将中性杂环取代基定向到S1袋中，并将季铵离子定向到S4袋中的芳族盒中。系统地改变了取代基的种类，以研究S4口袋中的阳离子与π相互作用，S1口袋内衬的扁平肽壁上的最佳杂环堆积以及S1和S4口袋中的潜在水替代物。建立了构效关系，以揭示和量化对结合自由焓的贡献，由单原子替换或配体位置变化引起的。一系列高亲和力配体，抑制常数低至获得了K i = 2 n M，并通过蛋白质-配体复合物的X射线共晶体结构证实了其拟定的结合几何形状。

  DOI：

  10.1002/chem.201102571

文献信息

• Cation-π Interactions at the Active Site of Factor Xa: Dramatic Enhancement upon Stepwise N-Alkylation of Ammonium Ions
  作者：Laura M. Salonen、Christoph Bucher、David W. Banner、Wolfgang Haap、Jean-Luc Mary、Jörg Benz、Olivier Kuster、Paul Seiler、W. Bernd Schweizer、François Diederich

  DOI：10.1002/anie.200804695

  日期：2009.1.12

  inhibitors of factor Xa features a quaternary ammonium ion to fill the aromatic box in the S4 pocket and a 2‐chlorothiophenyl group to occupy the S1 pocket (see picture; red O, blue N, yellow S, green Cl). Changing from a primary to a quaternary ammonium ion increases the binding affinity by a factor of 1000. The poor affinity in the former case suggests negligible cation–π interactions between Lys and

  放在口袋里：新型的Xa因子有效抑制剂具有一个季铵离子填充S4口袋中的芳香盒，并带有一个2-氯噻吩基来占据S1口袋（见图；红色O，蓝色N，黄色S，绿色Cl）。从伯铵离子转变为季铵离子可将结合亲和力提高1000倍。在前一种情况下，较弱的亲和力表明Lys和Trp之间的阳离子-π相互作用可忽略不计。
• Molecular Recognition at the Active Site of Factor Xa: Cation-π Interactions, Stacking on Planar Peptide Surfaces, and Replacement of Structural Water
  作者：Laura M. Salonen、Mareike C. Holland、Philip S. J. Kaib、Wolfgang Haap、Jörg Benz、Jean-Luc Mary、Olivier Kuster、W. Bernd Schweizer、David W. Banner、François Diederich

  DOI：10.1002/chem.201102571

  日期：2012.1.2

  and features distinct, concave sub‐pockets. We developed a family of non‐peptidic, small‐molecule inhibitors with a central tricyclic core orienting a neutral heterocyclic substituent into the S1 pocket and a quaternary ammonium ion into the aromatic box in the S4 pocket. The substituents were systematically varied to investigate cation–π interactions in the S4 pocket, optimal heterocyclic stacking on

  Xa因子是一种来自凝血级联的丝氨酸蛋白酶，是分子识别研究的理想酶，因为其活性位点具有高度的形状持久性，并具有独特的凹子口袋。我们开发了一系列非肽小分子抑制剂，这些抑制剂具有中心三环核，该核将中性杂环取代基定向到S1袋中，并将季铵离子定向到S4袋中的芳族盒中。系统地改变了取代基的种类，以研究S4口袋中的阳离子与π相互作用，S1口袋内衬的扁平肽壁上的最佳杂环堆积以及S1和S4口袋中的潜在水替代物。建立了构效关系，以揭示和量化对结合自由焓的贡献，由单原子替换或配体位置变化引起的。一系列高亲和力配体，抑制常数低至获得了K i = 2 n M，并通过蛋白质-配体复合物的X射线共晶体结构证实了其拟定的结合几何形状。