2-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxycarbonylphenolate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷酸
• 英文名称: 2-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxycarbonylphenolate
• 化学式: C₁₇H₁₇N₅O₉P
• 分子量: 466.324
• InChiKey: AESBJQJIAHTCHE-XNIJJKJLSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  215
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxycarbonylphenolate 、 coenzyme A 生成 2-hydroxybenzoyl-CoA(4-) 、 adenosine 5'-monophosphate 、 氢(+1)阳离子
  参考文献：
  名称：

  Novel Pathway of Salicylate Degradation by Streptomyces sp. Strain WA46

  摘要：

  摘要 一种新型水杨酸盐降解 链霉菌 菌株 WA46 在含有水杨酸盐的固体最小培养基上通过紫外荧光鉴定；当菌株 WA46 与水杨酸盐一起生长时，可通过高压液相色谱法检测到微量的龙胆二酸盐。使用龙葵酯 1,2-二氧酶（GDO）基因的退化引物对 WA46 DNA 进行 PCR 扩增，产生了预期大小的扩增片段。然后用嵌套的 GDO 引物进行序列 PCR，在 WA46 染色体 DNA 质粒文库中鉴定出水杨酸降解基因簇。重组质粒 pWD1（足以完全降解水杨酸盐）中 13.5 kb 插入物的核苷酸序列显示，有 9 个推定的开放阅读框（ORFs sdgABCDEFGHR )。将中断了每个推定基因的质粒 pWD1 衍生物转入 Lividans 链霉菌 TK64。中断 sdgA 或 sdgC 会阻止水杨酸盐的降解；缺乏 sdgD 则会积累庆大霉素。从 大肠杆菌 DH5α 转化子的细胞提取物。 sdg ORFs 的 pUC19 转化株的细胞提取物表明，水杨酸转化为水杨酰辅酶 A（CoA）和水杨酰-CoA 转化为龙胆二酸辅酶 A（CoA）分别需要 SdgA 和 SdgC。SdgA 需要 CoA 和 ATP 作为辅助因子，而 SdgC 的活性则需要 NADH；SdgC 被确定为水杨酰-CoA 5- 羟化酶。龙葵酰-CoA 自发裂解为龙葵酸和 CoA。尽管 SdgA 的氨基酸序列与 AMP 连接酶相似，但它的作用却是水杨酰-CoA 连接酶。SdgD 被鉴定为一种 GDO。这些结果表明 链霉菌 菌株 WA46 通过 CoA 衍生物以一种新的途径降解水杨酸盐。二维聚丙烯酰胺凝胶电泳和反转录酶-PCR研究表明，水杨酸诱导的 sdg 簇的表达。

  DOI：

  10.1128/aem.70.3.1297-1306.2004
• 作为产物：
  描述：

  adenosine 5'-triphosphate 、 salicylate 在 salicylate adenylation enzyme PchD from Pseudomonas aeruginosa 作用下， 生成 2-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxycarbonylphenolate
  参考文献：
  名称：

  铜绿假单胞菌水杨酸腺苷酸化酶 PchD 的合理抑制剂设计

  摘要：

  铜绿假单胞菌是一种抗生素耐药性越来越强的病原体，可引起严重的肺部感染、烧伤伤口感染和糖尿病足部感染。铜绿假单胞菌通过使用非核糖体肽合成酶 (NRPS) 生物合成途径产生铁载体绿脓素。针对铁载体 NRPS 蛋白的成员是目前正在研究开发针对抗生素抗性生物体的新抗生素的一种途径。此处报道了绿脓螯素腺苷酸化结构域 PchD 的晶体结构。当与腺苷酸化抑制剂 5'- O共结晶时，结构解析为 2.11 Å-(N-水杨基氨磺酰基)腺苷 (水杨基-AMS) 和 1.69 Å 的水杨基-AMS 设计用于靶向活性位点半胱氨酸 (4-氰基-水杨基-AMS)。在结构中，PchD 采用腺苷酸化构象，类似于鲍曼不动杆菌AB3403 的报道。 图形概要

  DOI：

  10.1007/s00775-022-01941-8

文献信息

• Identification of a Mycobacterium tuberculosis gene cluster encoding the biosynthetic enzymes for assembly of the virulence-conferring siderophore mycobactin
  作者：Luis E.N. Quadri、Jason Sello、Thomas A. Keating、Paul H. Weinreb、Christopher T. Walsh

  DOI：10.1016/s1074-5521(98)90291-5

  日期：1998.11

  tuberculosis using a polyketide synthase/nonribosomal peptide synthetase strategy. The mycobactin gene cluster has organizational homologies to the yersiniabactin and enterobactin synthetase genes. Enzymatic targets for inhibitor design and therapeutic intervention are suggested by the similar ferric-ion ligation strategies used in the siderophores from Mycobacteria, Yersinia and E. coli pathogens.

  背景技术许多病原菌在其脊椎动物宿主的铁限制环境中分泌铁螯合铁载体作为毒力因子竞争铁。结核分枝杆菌分枝杆菌素是混合的聚酮化合物/非核糖体肽，包含一个羟基芳基恶唑啉帽和两个N-羟基酰胺，它们共同为铁离子创造一个高亲和力位点。分支杆菌素的结构类似于分别引起鼠疫和霍乱的细菌的耶尔西菌素和弧菌属铁载体的结构。结果结核分枝杆菌基因组的24个碱基的10个基因簇称为mbtA-J，其中包含分枝杆菌素生物发生所必需的核心成分。有人提出基因产物MbtB，MbtE和MbtF是肽合成酶，MbtC和MbtD聚酮化合物合酶，MbtI是一种等规酸合成酶，可提供由MbtA激活的水杨酸酯，而MbtG是必需的羟化酶。芳基载体蛋白（ArCP）域在mbtB中编码，可能是铁载体链起始位点。大肠杆菌中mbtB ArCP结构域和MbtA的过量生产和纯化可以验证分支杆菌素起始假说，因为PptT（磷酸泛肽基转移酶）和MbtA（水杨基-AMP连接酶）的顺序作用导致mbtB
• Anaerobic metabolism of 2-hydroxybenzoic acid (salicylic acid) by a denitrifying bacterium
  作者：C. F. C. Bonting、Georg Fuchs

  DOI：10.1007/s002030050344

  日期：1996.6.24

  2-hydroxybenzoic acid (salicylic acid) was studied in a denitrifying bacterium. Cells grown with 2-hydroxybenzoate were simultaneously adapted to degrade benzoate. Extract of these cells formed benzoate or benzoyl-CoA when incubated under reducing conditions with salicylate, MgATP, and coenzyme A, suggesting a degradation of 2-hydroxybenzoate via benzoate or benzoyl-CoA. This suggestion was supported by enzyme activity

  摘要 在反硝化细菌中研究了 2-羟基苯甲酸（水杨酸）的厌氧代谢。用 2-羟基苯甲酸盐生长的细胞同时适应降解苯甲酸盐。当在还原条件下与水杨酸、MgATP 和辅酶 A 一起孵育时，这些细胞的提取物形成苯甲酸或苯甲酰辅酶 A，表明 2-羟基苯甲酸通过苯甲酸或苯甲酰辅酶 A 降解。该建议得到酶活性测量的支持。在 2-羟基苯甲酸生长细胞的提取物中，检测到以下酶活性：两种 CoA 连接酶，一种特异性针对 2-羟基苯甲酸，另一种针对苯甲酸，以及两种不同的酶活性，可催化 2-羟基苯甲酰辅酶 A 的还原转化。这些发现表明水杨酸被两种新酶降解，2-羟基苯甲酸-CoA 连接酶（AMP 形成）和 2-羟基苯甲酰-CoA 还原酶（脱羟基），催化 (1) 2-羟基苯甲酸 + MgATP + CoASH → 2-羟基苯甲酰-CoA + MgAMP + PPi (2) 2-羟基苯甲酰- CoA + 2[H] → 苯甲酰-CoA
• Characterization and Analysis of Early Enzymes for Petrobactin Biosynthesis in <i>Bacillus anthracis</i>
  作者：Brian F. Pfleger、Jung Yeop Lee、Ravindranadh V. Somu、Courtney C. Aldrich、Philip C. Hanna、David H. Sherman

  DOI：10.1021/bi6023995

  日期：2007.4.1

  proteins that function in fatty acid, polyketide, and nonribosomal peptide biosynthesis. A third protein, AsbE, is shown to be responsible for condensation of 3,4-dihydroxybenzoyl-AsbD with spermidine, providing the DHB-spermidine arms that are linked to citrate for assembly of petrobactin. On the basis of the selective substrate profile of AsbC, a nonhydrolyzable analogue of 3,4-DHB-AMP was synthesized and

  近来，铁的获取，更具体地讲，参与铁载体生物合成的酶已成为发现新抗生素的有吸引力的靶标。因此，有针对性地抑制由炭疽芽孢杆菌中的asb基因座编码的毒力相关的铁载体，即铁链肌动蛋白的生物合成，有望作为抗炭疽的潜在疗法。这项研究描述了AsbC的生化特性，这是第一个报道的3,4-二羟基苯甲酸-AMP连接酶，是DHB-亚精胺（DHB-SP）生物合成中的关键组分，DHB-亚精胺是石蜡生物素生物合成中的第一个可分离的中间体。除在苯环对位和间位带有氢键给体取代基的苯甲酸酯底物外，AbC还催化腺苷化为不寻常的前体3,4-二羟基苯甲酸酯的相应AMP酯。在第二个反应中，AbC催化活化的启动子单元向AsbD的转移，AbD是类似于在脂肪酸，聚酮化合物和非核糖体肽生物合成中起作用的酰基和肽基载体蛋白的芳基载体蛋白。已显示第三种蛋白质AsbE负责3,4-二羟基苯甲酰基-AsbD与亚精胺的缩合，提供了与柠檬酸盐连接的DHB
• A Latent Oxazoline Electrophile for N−O−C Bond Formation in Pseudomonine Biosynthesis
  作者：Elizabeth S. Sattely、Christopher T. Walsh

  DOI：10.1021/ja804499r

  日期：2008.9.17

  Nitrogen-heteroatom bonds figure prominently in the structural, chemical, and functional diversity of natural products. In the case of Pseudomonas siderophore pseudomonine, an N-O hydroxamate linkage is found uncommonly configured in an isoxazolidinone ring. In an effort to understand the biogenesis of this heterocycle, we have characterized the pseudomonine synthetase in vitro and reconstituted the complete biosynthetic pathway. Our results indicate that the isoxazolidinone of pseudomonine arises from spontaneous rearrangement of an oxazoline precursor. To the best of our knowledge, this is a previously uncharacterized mode of post-assembly line heterocyclization. Our results establish the oxygen of the ubiquitous siderophore hydroxamate functionality as a nucleophile and may be indicative of general strategy for N-O-C bond formation in nature.
• Assembly of the <i>Pseudomonas aeruginosa</i> Nonribosomal Peptide Siderophore Pyochelin:  In Vitro Reconstitution of Aryl-4,2-bisthiazoline Synthetase Activity from PchD, PchE, and PchF
  作者：Luis E. N. Quadri、Thomas A. Keating、Hiten M. Patel、Christopher T. Walsh

  DOI：10.1021/bi991787c

  日期：1999.11.1

  Three Pseudomonas aeruginosa proteins involved in biogenesis of the nonribosomal peptide siderophore pyochelin, PchD, PchE, and PchF, have been expressed in and purified from Escherichia coli and are found to produce the tricyclic acid hydroxyphenyl-thiazolyl-thiazolinyl-carboxylic acid (HPTT-COOH), an advanced intermediate containing the aryl-4,2-bis-heterocyclic skeleton of the bithiazoline class of siderophores. The three proteins contain three adenylation domains, one specific for salicylate activation and two specific for cysteine activation, and three carrier protein domains (two in PchE and one in PchF) that undergo posttranslational priming With phosphopantetheine to enable covalent-tethering of salicyl and cysteinyl moieties as acyl-S-enzyme intermediates,Two cyclization domains (Cyl in PchE and Cy2 in PchF) create the two amide linkages in the elongating chains and the cyclodehydrations of acylcysteine moieties into thiazolinyl rings. The ninth domain, the most downstream domain in PchF, is the chain-terminating, acyl-S-enzyme thioester hydrolase that releases the HPTT-S-enzyme intermediate to the observed tandem bis-heterocyclic acid product. A PchF-thioesterase domain active site double mutant fails to turn over, but a monocyclic hydroxyphenyl-thiazolinyl-cysteine (HPT-Cys) product continues to be released from PchE, allowing assignment of the cascade of acyl-S-enzyme intermediates involved in initiation, elongation, and termination steps.