n4-Benzoyl-2'-o-[(3-oxobutyl)methyl]cytidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: n4-Benzoyl-2'-o-[(3-oxobutyl)methyl]cytidine
• 英文别名: N-[1-[(2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-(4-oxopentoxy)oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• 化学式: C₂₁H₂₅N₃O₇
• 分子量: 431.4
• InChiKey: HHFFXJQWEJVFFI-DLVXIWMQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.8
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  138
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  n4-Benzoyl-2'-o-[(3-oxobutyl)methyl]cytidine 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 、 Acetonitrile ethyl acetate 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 4.0h， 以provided N4-Benzoyl-2′-O-[(2-butanone-4-hydroxy)methyl]-5′-(4,4′-dimethoxytrityl)cytidine (7) as a white foam的产率得到n4-Benzoyl-2'-o-[(3-oxobutyl)methyl]-5'-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  NUCLEIC ACID MONOMERS WITH 2'-CHEMICAL MOIETIES

  摘要：

  本发明提供了一种具有2'-修饰的核酸单体，可用于染料或阻断基团的结合。这些单体可以被合并到双标记探针的3'-末端，以在PCR期间抑制PCR聚合酶的扩展。当单体存在时，聚合酶被抑制在3'-羟基上扩展探针；因此无需在3'-羟基上添加化学基团或去除3'-羟基。这些单体也可以在寡核苷酸的内部或5'-末端合并。可以在这些单体的2'-位置上合并可检测的标记，例如荧光染料或猝灭染料。

  公开号：

  US20070218490A1