dAMPPnP

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 英文名称: dAMPPnP
• 英文别名: [[[[(2R,3S,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-hydroxyphosphoryl]amino]phosphonic acid
• 化学式: C₁₀H₁₇N₆O₁₁P₃
• 分子量: 490.2
• InChiKey: FTBXHHNDPKMYKL-RRKCRQDMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.7
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  262
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  、 在 ammonium acetate 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 dAMPPnP
  参考文献：
  名称：

  与X族DNA聚合酶λ和β相比，Y族DNA聚合酶η保真度的过渡态透视图。

  摘要：

  脱氧核苷酸的错误掺入效率可以跨越大约104倍的范围，从〜10-2到〜10-6，这主要取决于聚合酶（pol）身份和DNA序列背景。我们已经使用我们的dATP-和dGTP-β，γ底物类似物的“工具包”从过渡状态（TS）角度解决了DNA pol保真度机制，其中焦磷酸离去基团（p Ka4 = 8.9）被替换为一系列的双膦酸盐，涵盖了从7.8（CF2）到12.3 [C（CH3）2]的p Ka4值的宽泛酸度范围。在这里，我们使用了线性自由能关系（LFER）分析，以log（kpol）相对于p Ka4的布朗斯台德图的形式，对易错Y族的polη和X族的polsλ和β进行了确定不同静电活性部位环境改变kpol值的程度。表观化学速率常数（kpol）是确定三个pol的速率步骤。每个pol都显示出独特的催化特征，相对于参考LFER，观察到的正确（A·T）和错误（G·T）结合的形成随布朗斯台德线的斜率和位移变化而观察

  DOI：

  10.1021/acs.biochem.9b00087

文献信息

• A Transition-State Perspective on Y-Family DNA Polymerase η Fidelity in Comparison with X-Family DNA Polymerases λ and β
  作者：Keriann Oertell、Jan Florián、Pouya Haratipour、Debbie C. Crans、Boris A. Kashemirov、Samuel H. Wilson、Charles E. McKenna、Myron F. Goodman

  DOI：10.1021/acs.biochem.9b00087

  日期：2019.4.2

  Deoxynucleotide misincorporation efficiencies can span a wide 104-fold range, from ∼10-2 to ∼10-6, depending principally on polymerase (pol) identity and DNA sequence context. We have addressed DNA pol fidelity mechanisms from a transition-state (TS) perspective using our "tool-kit" of dATP- and dGTP-β,γ substrate analogues in which the pyrophosphate leaving group (p Ka4 = 8.9) has been replaced by

  脱氧核苷酸的错误掺入效率可以跨越大约104倍的范围，从〜10-2到〜10-6，这主要取决于聚合酶（pol）身份和DNA序列背景。我们已经使用我们的dATP-和dGTP-β，γ底物类似物的“工具包”从过渡状态（TS）角度解决了DNA pol保真度机制，其中焦磷酸离去基团（p Ka4 = 8.9）被替换为一系列的双膦酸盐，涵盖了从7.8（CF2）到12.3 [C（CH3）2]的p Ka4值的宽泛酸度范围。在这里，我们使用了线性自由能关系（LFER）分析，以log（kpol）相对于p Ka4的布朗斯台德图的形式，对易错Y族的polη和X族的polsλ和β进行了确定不同静电活性部位环境改变kpol值的程度。表观化学速率常数（kpol）是确定三个pol的速率步骤。每个pol都显示出独特的催化特征，相对于参考LFER，观察到的正确（A·T）和错误（G·T）结合的形成随布朗斯台德线的斜率和位移变化而观察