(1R,3R,4R,7S)-1-[1-(R)-(4,4'-dimethoxytrityloxy)ethyl]-7-hydroxy-3-(uracil-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane | 956484-96-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (1R,3R,4R,7S)-1-[1-(R)-(4,4'-dimethoxytrityloxy)ethyl]-7-hydroxy-3-(uracil-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
• 英文别名: 1-[(1S,3R,4R,7S)-1-[(1R)-1-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]ethyl]-7-hydroxy-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 956484-96-1
• 化学式: C₃₂H₃₂N₂O₈
• 分子量: 572.615
• InChiKey: FCAPIXICAYDXPR-NUNXOCKSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,3R,4R,7S)-1-[1-(R)-(4,4'-dimethoxytrityloxy)ethyl]-7-hydroxy-3-(uracil-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane 、 双(二异丙基氨基)(2-氰基乙氧基)膦 在 N-甲基咪唑 、 四氮唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 8.0h， 以91%的产率得到(1R,3R,4R,7S)-7-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinoxy]-1-[1-(R)-(4,4'-dimethoxytrityloxy)ethyl]-3-(uracil-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  [EN] 5'-SUBSTITUTED BICYCLIC NUCLEOSIDES AND OLIGOMERIC COMPOUNDS PREPARED THEREFROM
  [FR] NUCLÉOSIDES BICYCLIQUES 5'-SUBSTITUÉS ET COMPOSÉS OLIGOMÈRES SYNTHÉTISÉS À PARTIR DESDITS NUCLÉOSIDES

  摘要：

  本文提供了新颖的5'-(S)-CH3取代的双环核苷，以及由其制备的寡聚化合物和使用这些寡聚化合物的方法。更具体地，每个新颖的5'-(S)-CH3取代的双环核苷的呋喃糖环包括一个2'到4'的桥联基团。预计这些5'-(S)-CH3取代的双环核苷将有助于增强它们所并入的寡聚化合物的一个或多个性质，例如增加结合亲和力。在某些实施例中，本文提供的寡聚化合物与靶RNA的部分杂交，导致靶RNA的正常功能丧失。

  公开号：

  WO2011115818A1
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 2,6-二甲基吡啶 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 为溶剂， 反应 96.0h， 生成 (1R,3R,4R,7S)-1-[1-(R)-(4,4'-dimethoxytrityloxy)ethyl]-7-hydroxy-3-(uracil-1-yl)-2,5-dioxabicyclo[2.2.1]heptane
  参考文献：
  名称：

  [EN] 5'-SUBSTITUTED BICYCLIC NUCLEOSIDES AND OLIGOMERIC COMPOUNDS PREPARED THEREFROM
  [FR] NUCLÉOSIDES BICYCLIQUES 5'-SUBSTITUÉS ET COMPOSÉS OLIGOMÈRES SYNTHÉTISÉS À PARTIR DESDITS NUCLÉOSIDES

  摘要：

  本文提供了新颖的5'-(S)-CH3取代的双环核苷，以及由其制备的寡聚化合物和使用这些寡聚化合物的方法。更具体地，每个新颖的5'-(S)-CH3取代的双环核苷的呋喃糖环包括一个2'到4'的桥联基团。预计这些5'-(S)-CH3取代的双环核苷将有助于增强它们所并入的寡聚化合物的一个或多个性质，例如增加结合亲和力。在某些实施例中，本文提供的寡聚化合物与靶RNA的部分杂交，导致靶RNA的正常功能丧失。

  公开号：

  WO2011115818A1

文献信息

• Configuration of the 5′-Methyl Group Modulates the Biophysical and Biological Properties of Locked Nucleic Acid (LNA) Oligonucleotides
  作者：Punit P. Seth、Charles R. Allerson、Andrew Siwkowski、Guillermo Vasquez、Andres Berdeja、Michael T. Migawa、Hans Gaus、Thazha P. Prakash、Balkrishen Bhat、Eric E. Swayze

  DOI：10.1021/jm101207e

  日期：2010.12.9

  As part of a program aimed at exploring the structure activity relationships of 2',4'-bridged nucleic acid (BNA) containing antisense oligonucleotides (ASOs), we report the synthesis and biophysical and biological properties of R- and S-5'-Me LNA modified oligonucleotides. We show that introduction of a methyl group in the (S) configuration at the 5'-position is compatible with the high affinity recognition of complementary nucleic acids observed with LNA. In contrast, introduction of a methyl group in the (R) configuration reversed the stabilization effect of LNA. NMR studies indicated that the R-5'-Me group changes the orientation around torsion angle gamma from the +sc to the ap range at the nucleoside level, and this may in part be responsible for the poor hybridization behavior exhibited by this modification. In animal experiments, S-5'-Me-LNA, modified gapmer antisense olignucleotides showed slightly reduced potency relative to the sequence matched LNA ASOs while improving the therapeutic profile.