6-{[4-({[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}methyl)phenyl]ethynyl}-2-[2-(dimethylamino)ethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione | 1040352-92-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 异喹啉及其衍生物
• 英文名称: 6-{[4-({[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}methyl)phenyl]ethynyl}-2-[2-(dimethylamino)ethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione
• 英文别名: 6-[2-[4-[[(2R)-2,3-dihydroxypropoxy]methyl]phenyl]ethynyl]-2-[2-(dimethylamino)ethyl]benzo[de]isoquinoline-1,3-dione
• CAS: 1040352-92-8
• 化学式: C₂₈H₂₈N₂O₅
• 分子量: 472.541
• InChiKey: IXTJYRXWMZGAIG-JOCHJYFZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  90.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-{[4-({[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}methyl)phenyl]ethynyl}-2-[2-(dimethylamino)ethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 45.0h， 以60%的产率得到6-({4-[({(2S)-3-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]-2-hydroxypropyl}oxy)methyl]phenyl}ethynyl)-2-[2-(dimethylamino)ethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione
  参考文献：
  名称：

  Hoogsteen型三链体的稳定性–使用嵌入共轭物在双链主干和形成三链体的寡核苷酸（TFO）之间产生静电吸引

  摘要：

  描述了两种新颖的扭曲插层核酸（TINA）单体的合成，其中插层剂包含通过乙炔二基桥与萘二甲酰亚胺部分连接的苯环。嵌入剂Y和Z分别在萘二甲酰亚胺部分上具有2-（二甲基氨基）乙基和甲基残基。当用作形成三链体的寡核苷酸（TFO）时，新型萘二甲酰亚胺TINA在Hoogsteen型三链体和双链体中表现出非凡的高热稳定性，对错配链具有很高的辨别力。包含嵌入剂Y的DNA链比包含嵌入剂Z的DNA链显示更高的热三链稳定性。。该观察结果可以通过在生理条件下靶向双链体带负电荷的磷酸骨架的质子化二甲氨基的离子相互作用来解释。与分子模型研究一致，这种相互作用导致了TFO和双链体之间的额外结合模式。我们认为，这是通过离子相互作用将TFO与双链体的磷酸盐骨架连接的嵌入剂的第一个实例，这是实现更高三链体稳定性的有前途的工具。

  DOI：

  10.1002/hlca.200890082
• 作为产物：
  描述：

  6-bromo-2-(2-(dimethylamino)ethyl)-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione 、 (2R)-3-[(4-ethynylbenzyl)oxy]propane-1,2-diol 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 20.0h， 以78%的产率得到6-{[4-({[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}methyl)phenyl]ethynyl}-2-[2-(dimethylamino)ethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione
  参考文献：
  名称：

  Hoogsteen型三链体的稳定性–使用嵌入共轭物在双链主干和形成三链体的寡核苷酸（TFO）之间产生静电吸引

  摘要：

  描述了两种新颖的扭曲插层核酸（TINA）单体的合成，其中插层剂包含通过乙炔二基桥与萘二甲酰亚胺部分连接的苯环。嵌入剂Y和Z分别在萘二甲酰亚胺部分上具有2-（二甲基氨基）乙基和甲基残基。当用作形成三链体的寡核苷酸（TFO）时，新型萘二甲酰亚胺TINA在Hoogsteen型三链体和双链体中表现出非凡的高热稳定性，对错配链具有很高的辨别力。包含嵌入剂Y的DNA链比包含嵌入剂Z的DNA链显示更高的热三链稳定性。。该观察结果可以通过在生理条件下靶向双链体带负电荷的磷酸骨架的质子化二甲氨基的离子相互作用来解释。与分子模型研究一致，这种相互作用导致了TFO和双链体之间的额外结合模式。我们认为，这是通过离子相互作用将TFO与双链体的磷酸盐骨架连接的嵌入剂的第一个实例，这是实现更高三链体稳定性的有前途的工具。

  DOI：

  10.1002/hlca.200890082

文献信息

• Stability ofHoogsteen-Type Triplexes – Electrostatic Attraction between Duplex Backbone and Triplex-Forming Oligonucleotide (TFO) Using an Intercalating Conjugate
  作者：Daniel Globisch、Niels Bomholt、Vyacheslav V. Filichev、Erik B. Pedersen

  DOI：10.1002/hlca.200890082

  日期：2008.5

  negatively charged phosphate backbone of the duplex. This interaction leads to an extra binding mode between the TFO and the duplex, in agreement with molecular-modeling studies. We believe that this is the first example of an intercalator linking the TFO to the phosphate backbone of the duplex by an ionic interaction, which is a promising tool to achieve a higher triplex stability.

  描述了两种新颖的扭曲插层核酸（TINA）单体的合成，其中插层剂包含通过乙炔二基桥与萘二甲酰亚胺部分连接的苯环。嵌入剂Y和Z分别在萘二甲酰亚胺部分上具有2-（二甲基氨基）乙基和甲基残基。当用作形成三链体的寡核苷酸（TFO）时，新型萘二甲酰亚胺TINA在Hoogsteen型三链体和双链体中表现出非凡的高热稳定性，对错配链具有很高的辨别力。包含嵌入剂Y的DNA链比包含嵌入剂Z的DNA链显示更高的热三链稳定性。。该观察结果可以通过在生理条件下靶向双链体带负电荷的磷酸骨架的质子化二甲氨基的离子相互作用来解释。与分子模型研究一致，这种相互作用导致了TFO和双链体之间的额外结合模式。我们认为，这是通过离子相互作用将TFO与双链体的磷酸盐骨架连接的嵌入剂的第一个实例，这是实现更高三链体稳定性的有前途的工具。