Structure-Activity Studies on the Fluorescent Indicator in a Displacement Assay for the Screening of Small Molecules Binding to RNA
作者:Shiori Umemoto、Seongwang Im、Jinhua Zhang、Masaki Hagihara、Asako Murata、Yasue Harada、Takeo Fukuzumi、Takahiro Wazaki、Shin-ichi Sasaoka、Kazuhiko Nakatani
DOI:10.1002/chem.201103932
日期:2012.8.6
synthesized as fluorescent indicators for a displacement assay in the study of small‐molecule–RNA interactions. The RNA‐binding properties of these molecules were investigated in terms of the improved binding selectivity to the loop region in the RNA secondary structure relative to 2,7‐bis(2‐aminoethoxy)xanthone (X2S) by fluorimetric titration and displacement assay. An 11‐mer double‐stranded RNA and a hairpin
在小分子-RNA相互作用的研究中,合成了一系列具有氨基烷氧基取代基的x吨酮和噻吨酮衍生物作为荧光指示剂,用于位移测定。通过荧光滴定和置换分析,相对于2,7-双(2-氨基乙氧基)蒽酮(X2S),通过对RNA二级结构中环区改善的结合选择性,研究了这些分子的RNA结合特性。使用了11链节的双链RNA和模仿HIV-1 mRNA的Rev反应元件(RRE)RNA茎环IIB的发夹RNA。具有更长氨基烷基取代基的X2S衍生物对双链RNA的亲和力高于亲本分子。在X2S的氨基乙氧基部分上引入甲基可有效调节对RNA二级结构的选择性。C1'位置的甲基取代抑制了与环区域的结合。氨基氮原子上的两个甲基取代导致与双链区域的亲和力降低了40%。对于噻吨酮衍生物,也观察到甲基取代对氨基氮原子的影响。然而,滴定实验表明,噻吨酮衍生物比x吨酮衍生物具有更显着的多重结合RNA的趋势。根据对双链和环区域的亲和力计算出的选择性指数表