5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2′-O-(2-carbamoylethyl)uridine 3′-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite) | 1620124-71-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2′-O-(2-carbamoylethyl)uridine 3′-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
• CAS: 1620124-71-1
• 化学式: C₄₂H₅₂N₅O₁₀P
• 分子量: 817.876
• InChiKey: QWVLSONQFVEAET-PMNFOZOBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.38
• 重原子数：
  58.0
• 可旋转键数：
  21.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  189.59
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  13.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2′-O-(2-carbamoylethyl)uridine 3′-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite) 在 4,5-二氰基咪唑 、 ammonium hydroxide 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 5.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2′-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives

  摘要：

  合成了含有四种 2â²-O-修饰尿苷衍生物的 2â²-O-甲基寡核苷酸。通过光谱分析和分子动力学模拟研究了它们的双链稳定性、水合行为和抗外切酶能力。结果表明，用 2-氨基甲酰乙基或 2-（N-甲基氨基甲酰）乙基对尿苷残基进行 2â²-O修饰可显著提高抗外切酶能力，而不会降低双链的稳定性。

  DOI：

  10.1039/c4ob01260g
• 作为产物：
  描述：

  3-(((6aR,8R,9R,9aR)-8-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-2,2,4,4-tetraisopropyltetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-9-yl)oxy)propanamide 在 吡啶 、 四氮唑 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 、 二异丙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 反应 14.0h， 生成 5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2′-O-(2-carbamoylethyl)uridine 3′-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2′-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives

  摘要：

  合成了含有四种 2â²-O-修饰尿苷衍生物的 2â²-O-甲基寡核苷酸。通过光谱分析和分子动力学模拟研究了它们的双链稳定性、水合行为和抗外切酶能力。结果表明，用 2-氨基甲酰乙基或 2-（N-甲基氨基甲酰）乙基对尿苷残基进行 2â²-O修饰可显著提高抗外切酶能力，而不会降低双链的稳定性。

  DOI：

  10.1039/c4ob01260g