2'-O-(Pyren-1-yl-methyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine | 138912-40-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2'-O-(Pyren-1-yl-methyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxy-3-(pyren-1-ylmethoxy)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 138912-40-0
• 化学式: C₄₇H₄₀N₂O₈
• 分子量: 760.843
• InChiKey: HENZOHNMDLHUEB-FDWGYNFJSA-N

物化性质

• 密度：
  1.40±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.4
• 重原子数：
  57
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  9.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.19
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  双(二乙基氨基)氯膦 、 2'-O-(Pyren-1-yl-methyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 生成 5'-dimethoxytrityl-2'-(1-pyrenylmethyl)uridine 3'-phosphorobisdiethylamidite
  参考文献：
  名称：

  糖片段上带有pyr基的寡核苷酸衍生物的合成

  摘要：

  已经描述了在特定糖残基上具有pyr基的寡核苷酸衍生物的合成。通过制备the改性的尿苷2'-（1-苯甲基甲基）尿苷来完成the的掺入，然后将其转化为被保护的亚磷酸二二乙酰胺基磷酸酯。该试剂用于寡核苷酸-py偶联物的固相合成。结合物的纯化通过反相HPLC进行。此处合成的寡核苷酸-py共轭物可通过the基团与相邻碱基对之间的协同相互作用与它们的互补序列结合。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(91)80166-4
• 作为产物：
  描述：

  1-芘甲醛 在 吡啶 、 氢氧化钾 、 sodium tetrahydroborate 、 氯化亚砜 、 溶剂黄146 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 苯 为溶剂， 反应 4.5h， 生成 2'-O-(Pyren-1-yl-methyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
  参考文献：
  名称：

  糖片段上带有pyr基的寡核苷酸衍生物的合成

  摘要：

  已经描述了在特定糖残基上具有pyr基的寡核苷酸衍生物的合成。通过制备the改性的尿苷2'-（1-苯甲基甲基）尿苷来完成the的掺入，然后将其转化为被保护的亚磷酸二二乙酰胺基磷酸酯。该试剂用于寡核苷酸-py偶联物的固相合成。结合物的纯化通过反相HPLC进行。此处合成的寡核苷酸-py共轭物可通过the基团与相邻碱基对之间的协同相互作用与它们的互补序列结合。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(91)80166-4

文献信息

• EMBODIMENTS OF A PROBE AND METHOD FOR TARGETING NUCLEIC ACIDS
  申请人：Hrdlicka Patrick Jerzy

  公开号：US20140220573A1

  公开（公告）日：2014-08-07

  Disclosed embodiments concern a probe comprising one or more pairs of monomers capable of targeting a nucleic acid target. The pair of monomers may be arranged in a manner that promotes thermoinstability of the probe complex, thus producing a probe capable of locating and/or detecting a target. The probe also may comprise one or more natural or non-natural nucleotides capable of Watson-Crick base pairing with an isosequential nucleic acid target. Particular disclosed embodiments concern a method of using the disclosed probe to target nucleic acids. In particular disclosed embodiments, the probe may be incubated with a target nucleic acid and then be detected.

  公开的实施例涉及一种探针，包括一个或多个能够定位到核酸靶标的单体对。这对单体可以被排列在一种促进探针复合物热不稳定性的方式下，从而产生一种能够定位和/或检测靶标的探针。该探针还可以包括一个或多个自然或非自然核苷酸，能够与同构核酸靶标进行Watson-Crick碱基配对。特定的实施例涉及使用所公开的探针来定位核酸的方法。在特定的实施例中，探针可以与靶向核酸一起孵育，然后被检测到。
• US9885082B2
  申请人：——

  公开号：US9885082B2

  公开（公告）日：2018-02-06
• Synthesis of oligonucleotide derivatives with pyrene group at sugar fragment
  作者：Kazushige Yamana、Yoshihito Ohashi、Kenji Nunota、Masanori Kitamura、Hidehiko Nakano、Osamu Sangen、Takeo Shimidzu

  DOI：10.1016/0040-4039(91)80166-4

  日期：1991.10

  The synthesis of oligonucleotide derivatives possessings pyrene group at a specific sugar residue has been described. The incorporation of the pyrene was accomplished by preparation of the pyrene-modified uridine, 2′-(1-pyrenylmethyl)uridine, which was then converted to the protected phosphorobisdiethylamidite. This reagent was used for the solid-phase synthesis of oligonucleotide-pyrene conjugates

  已经描述了在特定糖残基上具有pyr基的寡核苷酸衍生物的合成。通过制备the改性的尿苷2'-（1-苯甲基甲基）尿苷来完成the的掺入，然后将其转化为被保护的亚磷酸二二乙酰胺基磷酸酯。该试剂用于寡核苷酸-py偶联物的固相合成。结合物的纯化通过反相HPLC进行。此处合成的寡核苷酸-py共轭物可通过the基团与相邻碱基对之间的协同相互作用与它们的互补序列结合。