N-(2,2-dimethoxyethyl)biotinamide | 126837-84-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 生物素及其衍生物
• 英文名称: N-(2,2-dimethoxyethyl)biotinamide
• 英文别名: N-(2,2-Dimethoxyethyl)biotinamide；5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-N-(2,2-dimethoxyethyl)pentanamide
• CAS: 126837-84-1
• 化学式: C₁₄H₂₅N₃O₄S
• 分子量: 331.436
• InChiKey: TZQLEERJKQDHFQ-KWBADKCTSA-N

物化性质

• 沸点：
  626.0±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.170±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.86
• 拓扑面积：
  114
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(2,2-dimethoxyethyl)biotinamide 在 盐酸 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 N-(2-oxoethyl)biotinamide
  参考文献：
  名称：

  具有官能团的 2'-O- 或 5'-O-氨氧基甲基化核苷的永久或可逆缀合是一种方便有效的 RNA 和 DNA 序列修饰方法

  摘要：

  2'- O-氨基氧基甲基核糖核苷是通过在甲醇中用NH 4 F处理而从它们的3',5'-二甲硅烷基化的2'- O-邻苯二甲酰亚胺氧基甲基衍生物制备的。这些新型核糖核苷与 1-芘甲醛的反应导致以 69-82% 的产率有效形成稳定且可逆的核糖核苷 2'-缀合物。实际上，将这些缀合物暴露于 THF 中的0.5 M 四正丁基氟化铵 (TBAF) 会导致它们的亚氨基醚功能裂解，从而产生天然核糖核苷以及无害的腈副产物。相反，5-cholesten-3-one 或丹磺酰氯与 2'- O 的反应-氨基氧甲基尿苷提供永久性尿苷 2'-结合物，在用 TBAF 处理后基本保持完整。或者，5'- O-氨基氧基甲基胸苷通过其3'- O-乙酰丙酰基-5'- O-邻苯二甲酰亚胺氧基甲基前体的肼解制备。5'- O-氨基氧甲基胸苷的芘基化和 5'-偶联物对 TBAF 的敏感性进一步证明了这种核苷在永久性或可逆性修饰 DNA 序列方面的有用性。尽管

  DOI：

  10.1093/nar/gkr896
• 作为产物：
  描述：

  D-(+)生物素2-硝基苯基酯 、 氨基乙醛缩二甲醇 在 三乙胺 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 16.0h， 以91%的产率得到N-(2,2-dimethoxyethyl)biotinamide
  参考文献：
  名称：

  [EN] 2'-O-AMINOOXYMETHYL NUCLEOSIDE DERIVATIVES FOR USE IN THE SYNTHESIS AND MODIFICATION OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDES
  [FR] DÉRIVÉS DE 2'-O-AMINOOXYMÉTHYL NUCLÉOSIDE POUR L'UTILISATION DANS LA SYNTHÈSE ET LA MODIFICATION DE NUCLÉOSIDES, NUCLÉOTIDES ET OLIGONUCLÉOTIDES

  摘要：

  揭示了公式（I）中的O-保护化合物：其中B是可选择保护的核碱基，R1-R3如本文所述，一种制备这种化合物的方法，以及一种从这种化合物开始制备寡核苷酸（如RNA）的方法。这些O-保护化合物具有一个或多个优点，例如，2'-O-保护化合物在寡核苷酸合成中涉及的各种反应步骤中是稳定的；保护基在寡核苷酸合成后可以轻松去除，例如，通过与四丁基氟化铵反应；和/或O-保护基在类似条件下去除2'-O-(2-氰乙基)氧甲基或2'-O-[2-(4-甲苯磺酰基)乙氧甲基基团时不会产生已报道的DNA/RNA烷基化副产物。

  公开号：

  WO2012138530A1

文献信息

• 2'-O-AMINOOXYMETHYL NUCLEOSIDE DERIVATIVES FOR USE IN THE SYNTHESIS AND MODIFICATION OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：Beaucage Serge L.

  公开号：US20140051846A1

  公开（公告）日：2014-02-20

  Disclosed are O-protected compounds of the formula (I): wherein B is an optionally protected nucleobase, and R 1 -R 3 are as described herein, a method of preparing such compounds, and a method of preparing oligonucleotides such as RNA starting from such compounds. The O-protected compounds have one or more advantages, for example, the 2′-O-protected compound is stable during the various reaction steps involved in oligonucleotide synthesis; the protecting group can be easily removed after the synthesis of the oligonucleotide, for example, by reaction with tetrabutylammonium fluoride; and/or the O-protected groups do not generate DNA/RNA alkylating side products, which have been reported during removal of 2′-O-(2-cyanoethyl)oxymethyl or 2′-O-[2-(4-tolylsulfonyl)ethoxymethyl groups under similar conditions.

  本发明公开了式(I)的O-保护化合物，其中B是可选的保护核苷碱，R1-R3如本文所述，一种制备这种化合物的方法，以及一种从这种化合物开始制备寡核苷酸如RNA的方法。O-保护化合物具有一个或多个优点，例如，2'-O-保护化合物在寡核苷酸合成中涉及的各种反应步骤中是稳定的；保护基可以在寡核苷酸合成之后很容易地去除，例如通过与四丁基铵氟化物反应；和/或O-保护基不会产生DNA/RNA烷基化的副产物，这在类似条件下去除2'-O-(2-氰基乙基)氧甲基或2'-O-[2-(4-甲苯磺酰基)乙氧甲基基团时已经报道过。
• 2′-O-aminooxymethyl nucleoside derivatives for use in the synthesis and modification of nucleosides, nucleotides and oligonucleotides
  申请人：Beaucage Serge L.

  公开号：US09284343B2

  公开（公告）日：2016-03-15

  Disclosed are O-protected compounds of the formula (I): wherein B is an optionally protected nucleobase, and R1-R3 are as described herein, wherein at least one of R1-R3 is —CH2—O—N═CHR. The compounds are useful as intermediates in oligonucleotide synthesis. Also disclosed is a method of preparing the compounds from nucleosides via a process comprising conversion of a hydroxyl group to a methylthiomethoxy group, and a method of preparing oligonucleotides such as RNA starting from the compounds. The —CH2—O—N═CHR group is stable during oligonucleotide synthesis and can be easily removed after synthesis via, for example, treatment with a base.

  本发明公开了式（I）的O-保护化合物： 其中B是可选择保护的核苷碱，R1-R3如本文所述，其中至少一个R1-R3为—CH2—O—N═CHR。该化合物在寡核苷酸合成中作为中间体有用。本发明还公开了一种从核苷通过将羟基转化为甲硫甲氧基基团制备该化合物的方法，以及一种从该化合物开始制备RNA等寡核苷酸的方法。—CH2—O—N═CHR基团在寡核苷酸合成过程中是稳定的，可以通过例如碱处理等方法在合成后轻松去除。
• US9284343B2
  申请人：——

  公开号：US9284343B2

  公开（公告）日：2016-03-15
• [EN] 2'-O-AMINOOXYMETHYL NUCLEOSIDE DERIVATIVES FOR USE IN THE SYNTHESIS AND MODIFICATION OF NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND OLIGONUCLEOTIDES<br/>[FR] DÉRIVÉS DE 2'-O-AMINOOXYMÉTHYL NUCLÉOSIDE POUR L'UTILISATION DANS LA SYNTHÈSE ET LA MODIFICATION DE NUCLÉOSIDES, NUCLÉOTIDES ET OLIGONUCLÉOTIDES
  申请人：US HEALTH

  公开号：WO2012138530A1

  公开（公告）日：2012-10-11

  Disclosed are O-protected compounds of the formula (I):wherein B is an optionally protected nucleobase, and R1-R3 are as described herein, a method of preparing such compounds, and a method of preparing oligonucleotides such as RNA starting from such compounds. The O-protected compounds have one or more advantages, for example, the 2'-O-protected compound is stable during the various reaction steps involved in oligonucleotide synthesis; the protecting group can be easily removed after the synthesis of the oligonucleotide, for example, by reaction with tetrabutylammonium fluoride; and/or the O-protected groups do not generate DNA/RNA alkylating side products, which have been reported during removal of 2'-O-(2-cyanoethyl)oxymethyl or 2'-O-[2-(4-tolylsulfonyl)ethoxymethyl groups under similar conditions.

  揭示了公式（I）中的O-保护化合物：其中B是可选择保护的核碱基，R1-R3如本文所述，一种制备这种化合物的方法，以及一种从这种化合物开始制备寡核苷酸（如RNA）的方法。这些O-保护化合物具有一个或多个优点，例如，2'-O-保护化合物在寡核苷酸合成中涉及的各种反应步骤中是稳定的；保护基在寡核苷酸合成后可以轻松去除，例如，通过与四丁基氟化铵反应；和/或O-保护基在类似条件下去除2'-O-(2-氰乙基)氧甲基或2'-O-[2-(4-甲苯磺酰基)乙氧甲基基团时不会产生已报道的DNA/RNA烷基化副产物。
• Permanent or reversible conjugation of 2′-O- or 5′-O-aminooxymethylated nucleosides with functional groups as a convenient and efficient approach to the modification of RNA and DNA sequences
  作者：Jacek Cieślak、Andrzej Grajkowski、Cristina Ausín、Alexei Gapeev、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1093/nar/gkr896

  日期：2012.3

  demonstrated by the single or double incorporation of a reversible pyrenylated uridine 2′-conjugate into an RNA sequence, the conjugation of 2′-O-aminooxymethyl ribonucleosides with aldehydes, including those generated from their acetals, provides reversible 2′-O-protected ribonucleosides for potential applications in the solid-phase synthesis of native RNA sequences. The synthesis of a chimeric polyuridylic

  2'- O-氨基氧基甲基核糖核苷是通过在甲醇中用NH 4 F处理而从它们的3',5'-二甲硅烷基化的2'- O-邻苯二甲酰亚胺氧基甲基衍生物制备的。这些新型核糖核苷与 1-芘甲醛的反应导致以 69-82% 的产率有效形成稳定且可逆的核糖核苷 2'-缀合物。实际上，将这些缀合物暴露于 THF 中的0.5 M 四正丁基氟化铵 (TBAF) 会导致它们的亚氨基醚功能裂解，从而产生天然核糖核苷以及无害的腈副产物。相反，5-cholesten-3-one 或丹磺酰氯与 2'- O 的反应-氨基氧甲基尿苷提供永久性尿苷 2'-结合物，在用 TBAF 处理后基本保持完整。或者，5'- O-氨基氧基甲基胸苷通过其3'- O-乙酰丙酰基-5'- O-邻苯二甲酰亚胺氧基甲基前体的肼解制备。5'- O-氨基氧甲基胸苷的芘基化和 5'-偶联物对 TBAF 的敏感性进一步证明了这种核苷在永久性或可逆性修饰 DNA 序列方面的有用性。尽管