4-(benzoylamino)-1-[5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3-O-(propargyl)-β-D-ribofuranosyl]-2H-pyrimidin-2-one | 171486-56-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 4-(benzoylamino)-1-[5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3-O-(propargyl)-β-D-ribofuranosyl]-2H-pyrimidin-2-one
• CAS: 171486-56-9
• 化学式: C₄₀H₃₇N₃O₈
• 分子量: 687.749
• InChiKey: NGTIDSGSFJLSBK-XHOUGWTJSA-N

物化性质

• 密度：
  1.24±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  51.0
• 可旋转键数：
  13.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.23
• 拓扑面积：
  130.37
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-(benzoylamino)-1-[5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3-O-(propargyl)-β-D-ribofuranosyl]-2H-pyrimidin-2-one 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.0h， 以74%的产率得到4-(benzoylamino)-1-[5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3-O-(propargyl)-β-D-ribofuranosyl]-2H-pyrimidin-2-one 2-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  用内部糖交联稳定的平行链DNA：含有2'-脯氨酰异鸟苷的寡核苷酸的合成和点击连接

  摘要：

  内部糖交联首次通过点击连接引入具有平行链取向的寡核苷酸中。为此，用可点击的炔丙基残基将异鸟苷核糖部分的2'-或3'-位置官能化，并且显着改善了炔丙基化胞嘧啶结构单元的合成。制备亚磷酰胺并用于固相合成。构建了具有平行（ps）和反平行（aps）链取向的一系列寡2'-脱氧核糖核苷酸，其包含异鸟嘌呤-胞嘧啶，异鸟嘌呤-异胞嘧啶和腺嘌呤-胸腺嘧啶碱基对。在铜催化下，将具有炔丙基化糖残基的互补寡核苷酸与螯合双叠氮化物逐步连接。交联被引入一个碱基对内或被两个碱基对隔开的位置。从T m稳定性研究表明，交联可稳定地稳定具有平行链取向的DNA（ΔT m从+16到+18.5°C），其增加幅度与aps DNA相似。

  DOI：

  10.1021/jo4012706
• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 吡啶 、 四丁基碘化铵 、 二正丁基氧化锡 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 、 苯 为溶剂， 反应 28.0h， 生成 4-(benzoylamino)-1-[5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3-O-(propargyl)-β-D-ribofuranosyl]-2H-pyrimidin-2-one 、 4-(benzoylamino)-1-[5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2-O-(propargyl)-β-D-ribofuranosyl]-2H-pyrimidin-2-one
  参考文献：
  名称：

  2'-O-丙炔基-5'-二甲氧三苯甲基-N4-乙酰基-胞苷的合成方法

  摘要：

  本发明涉及一种2'‑O‑丙炔基‑5'‑二甲氧三苯甲基‑N4‑乙酰基‑胞苷的合成方法，以5'‑O‑DMT‑2'‑O‑丙炔基‑尿苷为反应底物，采用四步联投的方式合成2'‑O‑丙炔基‑5'‑二甲氧三苯甲基‑N4‑乙酰基‑胞苷，避免了异构体的产生，提高了产物的纯度和质量，缩减了纯化的步骤，降低了生产成本，提高了生产效率，简化了操作，降低了成本。

  公开号：

  CN117417400A

文献信息

• Versatile Site-Specific Conjugation of Small Molecules to siRNA Using Click Chemistry
  作者：Takeshi Yamada、Chang Geng Peng、Shigeo Matsuda、Haripriya Addepalli、K. Narayanannair Jayaprakash、Md. Rowshon Alam、Kathy Mills、Martin A. Maier、Klaus Charisse、Mitsuo Sekine、Muthiah Manoharan、Kallanthottathil G. Rajeev

  DOI：10.1021/jo101761g

  日期：2011.3.4

  We have previously demonstrated that conjugation of small molecule ligands to small interfering RNAs (siRNAs) and anti-microRNAs results in functional siRNAs and antagomirs in vivo. Here we report on the development of an efficient chemical strategy to make oligoribonucleotide-ligand conjugates using the copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC) or click reaction. Three click reaction approaches were evaluated for their feasibility and suitability for high-throughput synthesis: the CuAAC reaction at the monomer level prior to oligonucleotide synthesis, the solution-phase postsynthetic "click conjugation", and the "click conjugation" on an immobilized and cornpletely protected alkyne-oligonucleotide scaffold. Nucleosides bearing 5'-alkyne moieties were used for conjugation to the 5'-end of the oligonucleotide. Previously described 2'- and 3'-O-propargylated nucleosides were prepared to introduce the alkyne moiety to the 3' and 5' termini and to the internal positions of the scaffold. Azido-functionalized ligands bearing lipophilic long chain alkyls, cholesterol, oligoamine, and carbohydrate were utilized to study the effect of physicochemical characteristics of the incoming azide on click conjugation to the alkyne-oligonucleotide scaffold in solution and on immobilized solid support. We found that microwave-assisted click conjugation of azido-functionalized ligands to a fully protected solid-support bound alkyne-oligonucleotide prior to deprotection was the most efficient "click conjugation" strategy for site-specific, high-throughput oligonucleotide conjugate synthesis tested. The siRNA conjugates synthesized using this approach effectively silenced expression of a luciferase gene in a stably transformed HeLa cell line.