5-(6-amino-8-bromo-9H-purin-9-yl)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)tetrahydrofuran-3-ol | 149540-21-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5-(6-amino-8-bromo-9H-purin-9-yl)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)tetrahydrofuran-3-ol
• 英文别名: 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-8-bromo-2'-deoxyadenosine；8-bromo-5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-2'-deoxyadenosine；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-8-bromo-2'-deoxyadenosine；5'-O-dimethoxytrityl-8-bromo-2'-deoxyadenosine；(2R,3S,5R)-5-(6-amino-8-bromopurin-9-yl)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]oxolan-3-ol
• CAS: 149540-21-6
• 化学式: C₃₁H₃₀BrN₅O₅
• 分子量: 632.514
• InChiKey: HCBRZQYRTRULAX-JIMJEQGWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.7
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(6-amino-8-bromo-9H-purin-9-yl)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)tetrahydrofuran-3-ol 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 TEA 、 氨 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.5h， 生成 N-{9-{(2R,4S,5R)-5-[Bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl}-8-[3-(3-phenothiazin-10-yl-propionylamino)-prop-1-ynyl]-9H-purin-6-yl}-benzamide
  参考文献：
  名称：

  包含C8标记的2'-脱氧腺苷的寡脱氧核苷酸的合成和稳定性：用于DNA介导的电荷转移研究的新型氧化还原核碱基探针。

  摘要：

  [反应：见正文]描述了一种有效且方便的合成策略，用于氧化还原标记的2'-脱氧腺苷的C8衍生物。Pd（0）交叉偶联化学方法适用于氧化和还原氧化还原探针。吩噻嗪和蒽醌核苷的相应亚磷酰胺适合于自动DNA合成。所得标记的寡聚脱氧核苷酸链形成稳定的B型双链体，其熔化温度和CD光谱与未标记类似物的相似。

  DOI：

  10.1021/ol006303f
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧腺苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 溴 作用下， 以 aq. acetate buffer 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 5-(6-amino-8-bromo-9H-purin-9-yl)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)tetrahydrofuran-3-ol
  参考文献：
  名称：

  接头长度对连接酶催化的寡核苷酸聚合的影响。

  摘要：

  最近开发了连接酶催化的寡核苷酸聚合（LOOPER），该序列可实现具有多达16种不同修饰的DNA序列定义的生成。这种方法被用来开发新的一类多样化修饰的DNA适体，用于通过体外进化进行分子识别。LOOPER中的修饰是通过使用长己烷-1,6-二胺连接基附加的，这可能会对结合热力学产生负面影响。在这里，我们探索了借助较短的接头引入修饰的方法，以及使用市售亚磷酰胺的方法，并评估了它们的结合效率和保真度。我们观察到，较短的接头在LOOPER期间的耐受性较低，而非常短的接头会提供较高水平的错误和序列偏倚。发现乙烷-1,2-二胺连接基在收率方面是最佳的，效率和偏见；然而，密码子调整是必要的。LOOPER的这种较短连接子的反密码子集在探索各种化学修饰对DNA分子功能的影响方面应被证明是有价值的。

  DOI：

  10.1002/cbic.201800616

文献信息

• Synthesis of 2′-deoxyadenosine nucleosides bearing bipyridine-type ligands and their Ru-complexes in position 8 through cross-coupling reactions
  作者：Milan Vrábel、Radek Pohl、Blanka Klepetářová、Ivan Votruba、Michal Hocek

  DOI：10.1039/b709245h

  日期：——

  The synthesis of the title 2′-deoxyadenosine derivatives bearing bipyridine, phenanthroline or terpyridine ligands and their corresponding RuII-complexes in position 8 linked viaacetylene or phenylene tethers was accomplished through cross-coupling reactions. The Suzuki–Miyaura reactions of boronic acids or the Sonogashira reactions of terminal acetylene derivatives of oligopyridine ligands were performed either on protected 8-bromoadenosines in organic solvents or, more efficiently, directly on unprotected nucleosides in aqueous acetonitrile or DMF. Direct cross-coupling reactions of unprotected nucleosides with RuII-complexes or the oligopyridine-boronic acids or -acetylenes gave the Ru-labelled nucleosides in one step in fair to good yields. This method was also proven to be applicable for direct Ru-labelling of dATP. Terpyridine-containing 2′-deoxyadenosine exerted significant antiviral and cytostatic effects.

  通过交叉偶联反应，合成了带有联吡啶、菲啰啉或特吡啶配体的 2â²-脱氧腺苷衍生物，以及在第 8 位通过乙炔或亚苯基拴连接的相应 RuII-络合物。硼酸的铃木宫脲反应或低聚吡啶配体的末端乙炔衍生物的索诺伽希拉反应是在有机溶剂中对受保护的 8-溴腺苷进行的，或者更有效的是在乙腈水溶液或 DMF 中直接对未受保护的核苷进行的。将未受保护的核苷与 RuII-络合物或低聚吡啶硼酸或-乙炔直接进行交叉偶联反应，只需一步就能得到 Ru 标记的核苷，而且收率相当高。事实证明，这种方法也适用于直接对 dATP 进行 Ru 标记。含吡啶的 2â²-脱氧腺苷具有显著的抗病毒和细胞抑制作用。
• DNA duplexes stabilized by modified monomer residues: synthesis and stability
  作者：Duncan Graham、John A. Parkinson、Tom Brown

  DOI：10.1039/a707031d

  日期：——

  The synthesis of a series of 2′-deoxyuridine analogues modified at the 5-position and a series of 2′-deoxypurines modified at the 8-position is described. Ultraviolet melting studies have been used to assess the stability of DNA duplexes 12- and 8-residues in length that contain these modifications. Of those modified residues which have been incorporated into oligonucleotides, 5-(prop-1-ynyl)-2′-deoxyuridine is found to impart the greatest increase in stability on the DNA duplexes studied.Thermodynamic analyses show that the reason for this increase in stability arises from a decrease in enthalpy which is related to the DNA base stacking process. We suggest that the degree of stabilisation imparted by the propyne moiety may be sequence dependent.

  本文描述了一系列在 5 位修饰的 2′-脱氧尿苷类似物和一系列在 8 位修饰的 2′-脱氧尿苷的合成过程。紫外线熔解研究被用来评估含有这些修饰的 12 位和 8 位 DNA 双链的稳定性。热力学分析表明，稳定性增加的原因是与 DNA 碱基堆叠过程有关的焓的降低。我们认为丙炔分子的稳定程度可能与序列有关。
• G-Tetraplex-Induced FRET within Telomeric Repeat Sequences Using^PyA-^PerA as Energy Donor-Acceptor Pair
  作者：Rajen Kundu

  DOI：10.1002/asia.201500996

  日期：2016.1

  induced fluorescence resonance energy transfer (FRET) within telomeric repeat sequences has been studied using a nucleoside‐tethered FRET pair embedded in the human telomeric G‐quadruplex forming sequence (5′‐A GGG TTPyA GGG TTPerA GGG TTA GGG‐3′, Py=pyrene, Per=perylene). Conformational change from a single strand to an anti‐parallel G‐quadruplex leads to FRET from energy donor (PyA) to acceptor (PerA)

  已经使用嵌入人端粒G-四链体形成序列中的核苷系FRET对研究了端粒重复序列内G-四链体诱导的荧光共振能量转移（FRET）（5'-A GGG TT Py A GGG TT Per A GGG TTA GGG-3 '，Py = py，Per = per）。从单链到反平行G四链体的构象变化导致FRET从能量供体（Py A）到受体（Per A）。FRET供体/受体对之间的距离是通过改变G四重间隔子单元的数量来控制的。FRET效率随着G四重奏单元的增加而降低。总体结果表明，这可以进一步用于开发基于FRET的传感和测量技术。
• Building-Block Approach for the Straightforward Incorporation of a New FRET (Fluorescence-Resonance-Energy Transfer) System into Synthetic DNA
  作者：Lilia Clima、Willi Bannwarth

  DOI：10.1002/hlca.200890008

  日期：2008.1

  phosphoramidites directly into DNA during solid-phase synthesis (Schemes 3 and 4). Since this is also possible for the (bathophenanthroline)ruthenium(II) complex used as acceptor (Scheme 4, Steps d and e), the whole labelling procedure to insert the FRET system into synthetic DNA is straightforward and represents a major improvement to our previous strategy.

  描述了在我们最近开发的新FRET（荧光-共振-能量转移）系统中用作供体的两个带有甲苯乙烯基（= quinolin-2（1 H）-one）发色团的新亚磷酰胺5和8的合成（方案1和2）生色团在碱性条件下的高稳定性使亚磷酰胺能在固相合成过程中直接掺入DNA中（方案3和4）。由于（bathophenanthroline）钌（II）配合物也可以用作受体（方案4，步骤d和e），将FRET系统插入合成DNA的整个标记过程非常简单，代表了我们先前策略的重大改进。
• Locked nucleic acid (LNA) induced effect on the hybridization and fluorescence properties of oligodeoxyribonucleotides modified with nucleobase-functionalized DNA monomers
  作者：Mamta Kaura、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1039/c5ob00860c

  日期：——

  Mixmer oligonucleotides modified with LNA and C5-pyrene-functionalized DNA monomers are shown to display interesting fluorescence properties for the discrimination of single nucleotide polymorphisms (SNPs).

  经过LNA修饰和C5-芘基DNA单体修饰的Mixmer寡核苷酸被证明具有有趣的荧光特性，可用于区分单核苷酸多态性（SNP）。