N⁴-[(4-methoxyphenyl)diphenylmethyl]cytosine | 172405-52-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N⁴-[(4-methoxyphenyl)diphenylmethyl]cytosine
• 英文别名: N⁴-4-methoxytritylcytosine；N4-(p-monomethoxytrityl)cytosine；N4-(monomethoxytrityl)cytosine；N4-monomethoxytritylcytosine；N-(4-Methoxytrityl)cytosine；6-[[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethyl]amino]-1H-pyrimidin-2-one
• CAS: 172405-52-6
• 化学式: C₂₄H₂₁N₃O₂
• 分子量: 383.45
• InChiKey: PKSGLHBJCMQEKB-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.1
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.08
• 拓扑面积：
  62.7
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-[(4-methoxyphenyl)diphenylmethyl]cytosine 在 sodium hydroxide 、 N,N-diisopropyl-N-ethyl 、 sodium hydride 、 caesium carbonate 、 bromo-tris(1-pyrrolidinyl)phosphonium hexafluorophosphate 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 20.5h， 生成 N-{2-[N'⁴-(4-methoxytrityl)-cytosin-1-yl]-acetyl}-N-{2-[1-(4,4-dimethyl-2,6-dioxo-cyclohexyliden)ethylamino]ethyl}glycine
  参考文献：
  名称：

  与Fmoc正交的Dde保护的PNA单体，用于合成PNA-肽共轭物

  摘要：

  可以说，肽核酸已成为最有趣的DNA模拟物之一。本文报道了四种新型的1-（4,4-二甲基-2,6-二氧杂环己基）乙基/ 4-甲氧基三苯甲基（Dde / Mmt）保护的PNA单体的有效溶液相合成，然后将其用于通过温和的Dde脱保护策略，与Fmoc化学完全正交，可随意合成Fmoc肽和Dde-PNA。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2005.06.003
• 作为产物：
  描述：

  胞嘧啶 、 4-甲氧基三苯基氯甲烷 在 N-甲基吗啉 、 吡啶 作用下， 以45%的产率得到N⁴-[(4-methoxyphenyl)diphenylmethyl]cytosine
  参考文献：
  名称：

  通过用于文库分析的凝胶延迟实验选择与双链脱氧核糖核酸 (dsDNA) 结合的新序列选择性非天然肽

  摘要：

  以前，我们开发了一种固相筛选肽库与双链脱氧核糖核酸 (dsDNA) 相互作用的方法。在寻找新的和更有效的 DNA 配体时，我们研究了由非天然寡肽组成的化学文库的溶液相筛选策略。在合成选定的氨基酸构件后，构建具有一般结构 Ac-Arg-Ual-Sar-X1-X2-X3-Arg-NH2 的文库，其中 X 代表十二个非天然或天然氨基酸中的每一个。结合肽序列的优化通过迭代去卷积程序进行。相互作用肽的选择是通过凝胶延迟实验在溶液中进行的，从 144 种化合物的文库开始。选择一个 14 碱基对的双链 DNA 片段作为靶标。经过几个循环的文库和单个肽的合成和筛选，通过凝胶延迟实验确定表观解离常数为 9×10−5 M 的寡肽。通过NMR光谱研究该肽。温度依赖性圆二色性实验显示了肽的一定程度的构象预组织。最后，DNase-I-footprinting 研究表明与 6 碱基对混合序列 5'-CTGCAT-3'

  DOI：

  10.1002/1522-2675(200208)85:8<2258::aid-hlca2258>3.0.co;2-x

文献信息

• Synthesis of Enantiomerically Pure 1,2,3-Trisubstituted Cyclopropane Nucleosides Using Pd-Catalyzed Substitution via Directing Group-Mediated C(sp³)–H Activation as a Key Step
  作者：Takaaki Minami、Kohtaro Fukuda、Naoyuki Hoshiya、Hayato Fukuda、Mizuki Watanabe、Satoshi Shuto

  DOI：10.1021/acs.orglett.8b03785

  日期：2019.2.1

  enantiomerically pure 1,2,3-trisubstituted cyclopropane nucleosides Ia–Id and IIa–IId of medicinal chemical interest was designed and synthesized. In the synthesis, a Pd-catalyzed substitution reaction via a directing group-mediated C(sp3)–H activation was effectively used to construct the 1,2,3-trisubstituted cyclopropane structure as a key step.

  设计并合成了一系列对映体纯的具有药用化学意义的1,2,3-三取代的环丙烷核苷Ia – Id和IIa – IId。在合成过程中，通过一个直接的基团介导的C（sp 3）–H活化作用的Pd催化的取代反应被有效地用作构建1,2,3-三取代的环丙烷结构的关键步骤。
• Phosphonate Ester Derivatives and Methods of Synthesis Thereof
  申请人：Ware Roy W.

  公开号：US20120058976A1

  公开（公告）日：2012-03-08

  The disclosure describes methods of synthesis of phosphonate ester derivatives. Preferred methods according to the disclosure allow for large-scale preparation of phosphonate ester compounds having high purity. In some embodiments, preferred methods according to the disclosure also allow for the preparation of phosphonate ester derivatives without the use of chromatographic purification methods and in better yield than previously used methods for preparing such compounds. Also disclosed are morphic forms of phosphonate ester derivatives.

  该披露描述了合成膦酸酯衍生物的方法。根据该披露的首选方法允许大规模制备高纯度的膦酸酯化合物。在一些实施例中，根据该披露的首选方法还允许在比以往用于制备这类化合物的方法更好的产率下制备膦酸酯衍生物，而无需使用色谱纯化方法。还披露了膦酸酯衍生物的形态形式。
• Synthesis and antiviral evaluation of 9-(S)-[3-alkoxy-2-(phosphonomethoxy)propyl]nucleoside alkoxyalkyl esters: Inhibitors of hepatitis C virus and HIV-1 replication
  作者：Nadejda Valiaeva、David L. Wyles、Robert T. Schooley、Julia B. Hwu、James R. Beadle、Mark N. Prichard、Karl Y. Hostetler

  DOI：10.1016/j.bmc.2011.06.009

  日期：2011.8

  previously that octadecyloxyethyl 9-(S)-[3-hydroxy-2-(phosphonomethoxy)-propyl]adenine (ODE-(S)-HPMPA) was active against genotype 1b and 2a hepatitis C virus (HCV) replicons. This is surprising because acyclic nucleoside phosphonates have been regarded as having antiviral activity only against double stranded DNA viruses, HIV and HBV. We synthesized octadecyloxyethyl 9-(S)-[3-methoxy-2-(phosphonomethoxy)propyl]-adenine

  我们之前报道过十八烷氧基乙基9-( S )-[3-羟基-2-(膦酰基甲氧基)-丙基]腺嘌呤 (ODE-( S )-HPMPA) 对基因型 1b 和 2a 丙型肝炎病毒 (HCV) 复制子具有活性。这是令人惊讶的，因为无环核苷膦酸酯被认为仅对双链 DNA 病毒、HIV 和 HBV 具有抗病毒活性。我们合成了十八烷氧基乙基9-( S )-[3-甲氧基-2-(膦酰基甲氧基)丙基]-腺嘌呤，发现它在基因型 1b 和 2a HCV 复制子中具有活性，EC 50值为 1–2 μM，CC 50>150 μM。3'-羟基取代基大于甲基或乙基，或具有其他嘌呤碱基的类似物活性较低，但大多数化合物在体外对 HIV-1 具有显着的抗病毒活性。最活跃的抗 HIV 化合物是十八烷氧基乙基9-( R )-[3-甲氧基-2-(膦酰基甲氧基)丙基]鸟嘌呤，EC 50  <0.01 纳摩尔，选择性指数 >440 万。
• PHOSPHONATE ESTER DERIVATIVES AND METHODS OF SYNTHESIS THEREOF
  申请人：Chimerix, Inc.

  公开号：US20150329575A1

  公开（公告）日：2015-11-19

  The disclosure describes methods of synthesis of phosphonate ester derivatives. Preferred methods according to the disclosure allow for large-scale preparation of phosphonate ester compounds having high purity. In some embodiments, preferred methods according to the disclosure also allow for the preparation of phosphonate ester derivatives without the use of chromatographic purification methods and in better yield than previously used methods for preparing such compounds. Also disclosed are morphic forms of phosphonate ester derivatives.

  本公开说明了合成膦酸酯衍生物的方法。根据公开说明，首选方法允许大规模制备高纯度的膦酸酯化合物。在某些实施例中，根据公开说明的首选方法还允许在不使用色谱纯化方法的情况下制备膦酸酯衍生物，并且比以前用于制备此类化合物的方法产量更高。此外，还公开了膦酸酯衍生物的形态形式。
• Synthesis of polyamide nucleic acids (PNAs) using a novel Fmoc/Mmt protecting-group combination
  作者：G. Breipohl、J. Knolle、D. Langner、G. O'Malley、E. Uhlmann

  DOI：10.1016/0960-894x(96)00082-0

  日期：1996.3

  The preparation of 9-Fluorenylmethoxycarbonyl(Fmoc) protected building blocks for the synthesis of polyamide nucleic acids (PNAs) is described. Use of 4-Methoxyphenyldiphenylmethyl (Mmt)-protecting groups for the exocyclic amino function of the nucleobases enhances the solubility of the monomers and allows final deprotection by mild acid treatment. The novel synthetic route is exemplified by the synthesis of heptameric and octameric PNAs.