3'-O-acetyl-2'-deoxy-5'-O-(dimethoxytrityl)thymidine | 40615-37-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-O-acetyl-2'-deoxy-5'-O-(dimethoxytrityl)thymidine
• 英文别名: 3'-O-acetyl-5'-O-dimethoxytritylthymidine；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-acetylthymidine；3'-O-acetyl-5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methyl]-2'-deoxy-3,4-dihydrothymidine；3'-O-Acetyl-5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methyl]thymidine；[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] acetate
• CAS: 40615-37-0
• 化学式: C₃₃H₃₄N₂O₈
• 分子量: 586.642
• InChiKey: VINVRLVGJSZQQZ-FRXPANAUSA-N

物化性质

• 密度：
  1.32±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.3
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-acetyl-2'-deoxy-5'-O-(dimethoxytrityl)thymidine 在 三乙基硅烷 、 三氟化硼乙醚 作用下， 以 硝基甲烷 为溶剂， 生成 3'-O-acetylthymidine
  参考文献：
  名称：

  三唑基13α-雌激素-核苷生物共轭物的合成及生物学评价。

  摘要：

  通过应用铜催化的炔-叠氮化物点击反应（CuAAC）合成了13α-雌酮的2'-脱氧核苷共轭物。为了引入叠氮基，选择了核苷的5'-位和13α-雌酮的3-羟基上的炔丙基醚官能团。当核苷的3'-羟基被乙酰基保护并且5'-羟基通过甲苯磺酰叠氮化物交换法进行修饰时，我们的手中获得了最佳收率。受保护的5'-叠氮核苷和甾类炔烃之间单击反应的常用条件通过使用1.5当量的Cu（I）催化剂进行了轻微修饰。所有制备的缀合物均通过MTT分析法在体外评估，其针对一组人类粘附细胞系（HeLa，通过体外放射性底物孵育研究了MCF-7和A2780）以及新缀合物对人17β-羟基类固醇脱氢酶1（17β-HSD1）的潜在抑制活性。一些受保护的缀合物对一组人类粘附癌细胞系表现出中等的抗增殖特性（受保护的胞苷缀合物被证明是最有效的，IC50值为9μM）。胸苷偶联物显示出相当大的17β-HSD1抑制活性（IC50 = 19μM）。一些

  DOI：

  10.3390/molecules21091212
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 作用下， 生成 3'-O-acetyl-2'-deoxy-5'-O-(dimethoxytrityl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of covalently linked parallel and antiparallel DNA duplexes containing the metal-mediated base pairs T–Hg(ii)–T and C–Ag(i)–C

  摘要：

  通过引入共价连接，合成了反平行和平行方向固定的 DNA 双链，并在嘧啶嘧啶碱基对中加入了金属离子 Hg(II) 和 Ag(I)。

  DOI：

  10.1039/c0cc02028a

文献信息

• [EN] LINKAGE MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS<br/>[FR] COMPOSÉS OLIGOMÈRES MODIFIÉS PAR LIAISON
  申请人：IONIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2019245957A1

  公开（公告）日：2019-12-26

  The present invention provides gapped oligomeric compounds comprising from 1 to about 3 internucleoside linkages having one of formulas I to XVI. In certain embodiments, inclusion of from 1 to about 3 internucleoside linkages of one of formulas I to XVI, improves selectivity for a target RNA relative to an off target RNA. In certain embodiments, the improved selectivity also provides an improved toxicity profile. Certain such oligomeric compounds are useful for hybridizing to a complementary nucleic acid, including but not limited, to nucleic acids in a cell. In certain embodiments, hybridization results in modulation of the amount of activity or expression of the target nucleic acid in a cell.

  本发明提供了包含从1到大约3个核苷酸间连接的间隙寡聚合物化合物，其中所述核苷酸间连接具有I至XVI式中的一种。在某些实施例中，包含I至XVI式中的一种核苷酸间连接，可以提高与目标RNA相对于非靶RNA的选择性。在某些实施例中，提高的选择性还提供了改进的毒性概况。某些这样的寡聚合物化合物适用于与互补核酸杂交，包括但不限于细胞中的核酸。在某些实施例中，杂交导致细胞中目标核酸的活性或表达量的调节。
• Further Optimization of Detritylation in Solid-Phase Oligodeoxyribonucleotide Synthesis
  作者：Kha Tram、Yogesh S. Sanghvi、Hongbin Yan

  DOI：10.1080/15257770.2010.537291

  日期：2011.1.21

  protecting groups) during solid-phase synthesis of oligodeoxyribonucleotides were investigated. Di- and tri-chloroacetic acids of variable concentrations were used to study the removal of the 4,4′-dimethoxytrityl (DMTr) group. It was found that the DMTr group could be completely removed under much milder acidic conditions than what are currently used for automated solid-phase synthesis. The 2,7-dimethylpixyl

  研究了寡脱氧核糖核苷酸固相合成过程中最佳去三苯甲基化的各种条件（即去除5'- O-三苯甲基保护基）。使用可变浓度的二氯和三氯乙酸来研究4,4'-二甲氧基三苯甲基（DMTr）基团的去除。已经发现，在比目前用于自动化固相合成的温和得多的酸性条件下，可以完全除去DMTr基团。提出了2,7-二甲基pixyl（DMPx）作为在固相和溶液相合成中用于保护5'-OH功能的替代且更易于除去的基团。改善的去三苯甲基化条件有望使浪费最小化，并提供将酸敏感性构建基掺入寡核苷酸的方案。
• Synthesis of Oligodeoxynucleotides Using Fully Protected Deoxynucleoside 3′-Phosphoramidite Building Blocks and Base Recognition of Oligodeoxynucleotides Incorporating N3-Cyano-Ethylthymine
  作者：Hirosuke Tsunoda、Tomomi Kudo、Akihiro Ohkubo、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.3390/molecules15117509

  日期：——

  Oligodeoxynucleotide (ODN) synthesis, which avoids the formation of side products, is of great importance to biochemistry-based technology development. One side reaction of ODN synthesis is the cyanoethylation of the nucleobases. We suppressed this reaction by synthesizing ODNs using fully protected deoxynucleoside 3'-phosphoramidite building blocks, where the remaining reactive nucleobase residues

  寡聚脱氧核苷酸 (ODN) 合成避免了副产物的形成，对于基于生物化学的技术开发具有重要意义。ODN 合成的一个副反应是核碱基的氰乙基化。我们通过使用完全受保护的脱氧核苷 3'-亚磷酰胺结构单元合成 ODN 来抑制该反应，其中剩余的反应性核碱基残基被酰基-、二酰基-和酰基-氧乙烯型基团完全保护。对核碱基位点氰乙基化的详细分析表明，胸腺嘧啶碱基的 N3 保护有效地抑制了丙烯腈的迈克尔加成。使用亚磷酰胺方法合成了包含 N3-氰乙基胸腺嘧啶的 ODN，并检查了涉及该 ODN 模板的引物延伸反应。其结果，
• A divalent metal-dependent self-cleaving DNAzyme with a tyrosine side chain
  作者：Curtis H. Lam、Christopher J. Hipolito、Marcel Hollenstein、David M. Perrin

  DOI：10.1039/c1ob05359k

  日期：——

  The enzymatic incorporation of a phenol-modified 2′-deoxyuridine triphosphate gave rise to a modified DNA library that was subsequently used in an in vitro selection for ribophosphodiester-cleaving DNAzymes in the presence of divalent zinc and magnesium cations. After 11 rounds of selection, cloning and sequencing resulted in 14 distinct sequences, the most active of which was Dz11-17PheO. Dz11-17PheO self-cleaved an embedded ribocytidine with an observed rate constant of 0.20 ± 0.02 min−1 in the presence of 10 mM Mg2+ and 1 mM Zn2+ at room temperature. The activity was inhibited at low concentrations of Hg2+ cations and somewhat higher concentrations of Eu3+ cations.

  酶促结合的苯酚修饰的2′-脱氧尿苷三磷酸产生了一个修饰过的DNA文库，该文库随后用于在二价锌和镁阳离子的存在下进行体外选择，以筛选能够裂解核糖磷酸二酯的DNA酶。在经过11轮选择后，克隆和测序得到14个不同的序列，其中活性最强的是Dz11-17PheO。Dz11-17PheO在室温下的10 mM Mg2+和1 mM Zn2+存在下，自我裂解一个嵌入式核糖胞苷的观察速率常数为0.20 ± 0.02 min−1。在低浓度的Hg2+阳离子和稍高浓度的Eu3+阳离子下，其活性受到抑制。
• N(3)-Protection of Thymidine with Boc for an Easy Synthetic Access to Sugar-Alkylated Nucleoside Analogs
  作者：Luca Simeone、Lorenzo De Napoli、Daniela Montesarchio

  DOI：10.1002/cbdv.201100103

  日期：2012.3

  The use of Boc as a nucleobase‐protecting group in the synthesis of sugar‐modified thymidine analogs is reported. Boc was easily inserted at N(3) by a simple and high‐yielding reaction and found to be stable to standard treatments for the removal of Ac and tBuMe2Si (TBDMS) groups, as well as to ZnBr2‐mediated 4,4′‐dimethoxytrityl (DMTr) deprotection. Boc Protection proved to be completely resistant

  报道了在合成糖修饰的胸苷类似物时使用 Boc 作为核碱基保护基团。Boc 很容易通过简单且高产的反应插入到 N(3) 处，并且发现对去除 Ac 和 tBuMe2Si (TBDMS) 基团以及 ZnBr2 介导的 4,4'-二甲氧基三苯甲基的标准处理是稳定的(DMTr) 脱保护。事实证明，Boc Protection 完全耐受区域选择性实现 O-烷基化所需的强碱性条件，因此，为合成各种糖烷基化核苷类似物提供了途径。为了证明这种方法的可行性，我们以高总产率合成了两种 3'-O-烷基化胸苷类似物，并对其进行了充分表征。