dATP

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷酸
• 英文名称: dATP
• 英文别名: Deoxyadenosine-triphosphate；[[[(2R,3S,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-oxidophosphoryl]oxy-oxidophosphoryl] phosphate
• 化学式: C₁₀H₁₂N₅O₁₂P₃
• 分子量: 487.153
• InChiKey: SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-J

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.7
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  270
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  L-蛋氨酸 、 dATP 在 potassium chloride 、 magnesium chloride 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  用于差异甲基转移酶靶向的核苷修饰 AdoMet 类似物。

  摘要：

  甲基转移酶 (MTase) 使用 S-腺苷-L-甲硫氨酸 (AdoMet) 作为共底物来修饰多种生物分子。合成的 AdoMet 类似物是功能强大的工具，可在位点特异性地引入各种官能团，并表现出只能通过不同的 MTase 进行转化的潜力。扩大硫/硒原子处取代基的大小提供了 MTase 之间的选择性，但不足以区分混杂的 MTase。我们提出了一组核苷部分不同的 AdoMet 类似物 (NM-AdoMets)。这些 NM-AdoMet 是由以前未表征的甲硫氨酸腺苷转移酶 (MAT) 从甲硫氨酸和 ATP 类似物（如 ITP 和 N6-炔丙基-ATP）高效产生的。N6 修饰将三种代表性 MTase 的相对活性改变高达 13 倍，从而区分甲基转移的底物，并且还可以与烯丙基和炔丙基的转移相结合。

  DOI：

  10.1039/c9cc07807j
• 作为产物：
  描述：

  adenosine 5'-triphosphate 、 dADP trianion 生成 adenosine 5'-diphosphate 、 dATP
  参考文献：
  名称：

  酿酒酵母核苷二磷酸激酶：纯化，鉴定和底物特异性。

  摘要：

  核苷二磷酸激酶是一种酶，可将核苷二磷酸磷酸化为相应的三磷酸以进行核酸生物合成。在本交流中，我们描述了酵母中核苷二磷酸激酶的纯化和表征。通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶分析，纯化的蛋白质似乎是均质的，分子量约为17,000-18,000。快速蛋白质液相色谱Superose 12凝胶过滤的估算结果表明，其天然分子量约为68,000至70,000。结果表明，酵母核苷二磷酸激酶由四个亚基组成。底物特异性研究表明，核苷二磷酸酯（NDP）作为磷酸盐受体的相对活性为dTDP大于CDP大于UDP大于dUDP大于GDP大于或等于dGDP大于dCDP大于dADP大于ADP ; 三磷酸供体的相对活性的顺序为：UTP大于dTTP大于CTP大于dCTP大于dATP大于ATP大于或等于dGTP大于GTP。已确定dTDP，dGDP，dCDP，dUDP，CDP和UDP的Km和Vm。速率常数研究表明，纯化的NDP激酶在较小程度上更喜欢使用dTDP（约800

  DOI：

  10.1016/0003-9861(91)90129-7

文献信息

• Chemical and enzymatic characterization of recombinant rabbit muscle pyruvate kinase
  作者：Christian Boehme、Frank Bieber、Julia Linnemann、Reinhard Breitling、Stefan Lorkowski、Siegmund Reissmann

  DOI：10.1515/hsz-2012-0334

  日期：2013.5.1

  synthesis of TTP via an enzymatic cascade reaction. The metalloenzyme PK shows pronounced promiscuity and therefore fits well to the conditions of this reaction. PK commonly used today is isolated from rabbit muscle. We cloned and expressed the respective open reading frame in Escherichia coli, purified, and characterized the His-tagged recombinant enzyme. The enzyme has an activity optimum at 37°C and

  摘要 胸苷三磷酸 (TTP) 的逐步合成在最后一步需要激酶进行磷酸化。因为使用磷酸烯醇式丙酮酸 (PEP) 作为底物的丙酮酸激酶 (PK) 可以再生三磷酸腺苷和磷酸化胸苷二磷酸，我们选择这种酶通过酶促级联反应合成 TTP。金属酶 PK 表现出明显的混杂性，因此非常适合该反应的条件。今天常用的PK是从兔肌肉中分离出来的。我们在大肠杆菌中克隆并表达了各自的开放阅读框，纯化并表征了带有 His 标签的重组酶。该酶在 37°C 和 7.4 至 7.8 的 pH 范围内具有最佳活性。Km 常数与分离的二磷酸腺苷 (ADP) 天然酶一致，为 0.37±0。02 毫米，PEP 为 0.07±0.01 毫米。重组酶在其底物特异性方面表现出以下范围：ADP>dADP>dGDP>dCDP>胸苷二磷酸(TDP)。它允许以高产率（高达 95%）将 TDP 磷酸化为 TTP。金属离子 Mg2+ 和 K+ 是完全酶活性所必需的。添加过渡金属离子如
• Synthesis of γ-labeled nucleoside 5′-triphosphates using click chemistry
  作者：S. Serdjukow、F. Kink、B. Steigenberger、M. Tomás-Gamasa、T. Carell

  DOI：10.1039/c3cc48937j

  日期：——

  Real-time enzymatic studies are gaining importance as their chemical and technical instrumentation improves. Here we report the efficient synthesis of gamma-alkyne modified triphosphate amidates that are converted into a variety of gamma-fluorophore labeled triphosphates by Cu(I) catalyzed alkyne/azide click reactions. The synthesized triphosphates are incorporated into DNA by DNA polymerases.

  随着化学和技术仪器的改进，实时酶研究变得越来越重要。在这里，我们报告了γ-炔烃改性的三磷酸酰胺化物的有效合成，它们通过Cu（I）催化的炔烃/叠氮化物点击反应转化为多种γ-荧光团标记的三磷酸酯。合成的三磷酸通过DNA聚合酶掺入DNA。
• Gene <i>ytkD</i> of <i>Bacillus subtilis</i> Encodes an Atypical Nucleoside Triphosphatase Member of the Nudix Hydrolase Superfamily
  作者：WenLian Xu、Candice R. Jones、Christopher A. Dunn、Maurice J. Bessman

  DOI：10.1128/jb.186.24.8380-8384.2004

  日期：2004.12.15

  Gene ytkD of Bacillus subtilis , a member of the Nudix hydrolase superfamily, has been cloned and expressed in Escherichia coli . The purified protein has been characterized as a nucleoside triphosphatase active on all of the canonical ribo- and deoxyribonucleoside triphosphates. Whereas all other nucleoside triphosphatase members of the superfamily release inorganic pyrophosphate and the cognate nucleoside monophosphate, YtkD hydrolyses nucleoside triphosphates in a stepwise fashion through the diphosphate to the monophosphate, releasing two molecules of inorganic orthophosphate. Contrary to a previous report, our enzymological and genetic studies indicate that ytkD is not an orthologue of E. coli mutT .

  摘要 基因 ytkD 的 基因 ytkD 是 Nudix水解酶超家族的成员，已被克隆并在 大肠杆菌 .纯化后的蛋白质被鉴定为一种核苷三磷酸酶，对所有典型的核糖核苷和脱氧核糖核苷三磷酸酶都有活性。该超家族的所有其他核苷三磷酸酶成员都会释放出无机焦磷酸和同源的核苷单磷酸，而 YtkD 则以逐步的方式从二磷酸水解到单磷酸，释放出两分子无机正磷酸盐。与之前的报告相反，我们的酶学和遗传学研究表明 ytkD 不是 大肠杆菌 mutT .
• MazG, a Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase, Interacts with Era, an Essential GTPase in<i>Escherichia coli</i>
  作者：Junjie Zhang、Masayori Inouye

  DOI：10.1128/jb.184.19.5323-5329.2002

  日期：2002.10

  Era is an essential GTPase inEscherichia coli, and Era has been implicated in a number of cellular functions. Homologues of Era have been identified in various bacteria and some eukaryotes. Using theeragene as bait in the yeast two-hybrid system to screenE. coligenomic libraries, we discovered that Era interacts with MazG, a protein of unknown function which is highly conserved among bacteria. The direct interaction between Era and MazG was also confirmed in vitro, being stronger in the presence of GDP than in the presence of GTPγS. MazG was characterized as a nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase which can hydrolyze all eight of the canonical ribo- and deoxynucleoside triphosphates to their respective monophosphates and PP_i, with a preference for deoxynucleotides. AmazGdeletion strain ofE. coliwas constructed by replacing themazGgene with a kanamycin resistance gene. UnlikemutT, a gene for another conserved nucleotide triphosphate pyrophosphohydrolase that functions as a mutator gene, themazGdeletion did not result in a mutator phenotype inE. coli.

  摘要Era 是大肠杆菌（Escherichia coli）中一种重要的 GTP 酶，Era 与多种细胞功能有关。目前已在多种细菌和一些真核生物中发现了 Era 的同源物。我们利用酵母双杂交系统中的 Eeragene 作为诱饵筛选大肠杆菌基因组文库，发现 Era 与 MazG 相互作用，MazG 是一种功能未知的蛋白质，在细菌中高度保守。我们还在体外证实了 Era 与 MazG 之间的直接相互作用，这种作用在 GDP 存在时比在 GTPγS 存在时更强。MazG 被鉴定为一种核苷三磷酸焦磷酸水解酶，可将所有八种核糖核苷和脱氧核苷三磷酸水解为各自的单磷酸和 PPi，并偏好脱氧核苷酸。通过用卡那霉素抗性基因替换 AmazG 基因，构建了大肠杆菌 AmazG 基因缺失株。与作为突变基因的另一种保守的核苷酸三磷酸焦磷酸水解酶基因mutT不同，AmazG缺失并没有导致大肠杆菌出现突变表型。
• A widespread pathway for substitution of adenine by diaminopurine in phage genomes
  作者：Yan Zhou、Xuexia Xu、Yifeng Wei、Yu Cheng、Yu Guo、Ivan Khudyakov、Fuli Liu、Ping He、Zhangyue Song、Zhi Li、Yan Gao、Ee Lui Ang、Huimin Zhao、Yan Zhang、Suwen Zhao

  DOI：10.1126/science.abe4882

  日期：2021.4.30

  DNA modifications vary in form and function but generally do not alter Watson-Crick base pairing. Diaminopurine (Z) is an exception because it completely replaces adenine and forms three hydrogen bonds with thymine in cyanophage S-2L genomic DNA. However, the biosynthesis, prevalence, and importance of Z genomes remain unexplored. Here, we report a multienzyme system that supports Z-genome synthesis

  DNA修饰的形式和功能各不相同，但通常不会改变Watson-Crick碱基配对。二氨基嘌呤（Z）是一个例外，因为它可以完全取代腺嘌呤，并在蓝藻S-2L基因组DNA中与胸腺嘧啶形成三个氢键。但是，Z基因组的生物合成，普遍性和重要性仍待探索。在这里，我们报告了一种支持Z基因组合成的多酶系统。我们鉴定了数十种带有这种酶的全球噬菌体，并进一步验证了其中一种噬菌体不动杆菌的Z基因组噬菌体SH-Ab 15497，通过使用具有紫外和质谱的液相色谱法。Z基因组赋予噬菌体逃避宿主限制性内切酶攻击的进化优势，其生物合成途径的表征使Z-DNA大规模生产，可用于多种应用。