5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N³-methylthymidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N³-methylthymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-3,5-dimethylpyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₃₂H₃₄N₂O₇
• 分子量: 558.631
• InChiKey: NJBHXBIQPBKVHO-ZGIBFIJWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.8
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  97.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N³-methylthymidine 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 生成 2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-5-(3,5-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl (2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  通过与非天然核碱基特异性配对来扩增、富集和测序诱变甲基化 DNA 加合物

  摘要：

  3-甲基胸腺嘧啶 (m3T) 是一种众所周知的化学稳定但具有强致突变性的 DNA 碱基加合物；然而，目前缺乏确定m3T的测序方法。两个主要障碍包括 m3T 阻止 DNA 延伸的能力及其低丰度。为了应对这些挑战，我们在本文中报告了一种不自然的碱基配对策略。开发了一个新的 m3T-TPT3 碱基对，其 Vmax/Km 值比 m3T-A 碱基对高 82 倍。TPT3 核碱基可以特异性地掺入 m3T 碱基的对面，并且可以有效地扩展由此产生的 m3T–TPT3 碱基对，从而在商业 DNA 聚合酶存在的情况下产生全长产物。重要的是，m3T–TPT3 对的特征使替代 PCR 扩增能够将 m3T 损伤的确切位置转移到非自然碱基对中，这允许 Sanger 测序以及基于生物素-链霉亲和素的 m3T 病变富集。综上所述，这项工作首次为 m3T 的扩增、富集和测序提供了一种简单、方便、实用的方法。

  DOI：

  10.1021/jacs.2c06110
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 potassium carbonate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N³-methylthymidine
  参考文献：
  名称：

  通过与非天然核碱基特异性配对来扩增、富集和测序诱变甲基化 DNA 加合物

  摘要：

  3-甲基胸腺嘧啶 (m3T) 是一种众所周知的化学稳定但具有强致突变性的 DNA 碱基加合物；然而，目前缺乏确定m3T的测序方法。两个主要障碍包括 m3T 阻止 DNA 延伸的能力及其低丰度。为了应对这些挑战，我们在本文中报告了一种不自然的碱基配对策略。开发了一个新的 m3T-TPT3 碱基对，其 Vmax/Km 值比 m3T-A 碱基对高 82 倍。TPT3 核碱基可以特异性地掺入 m3T 碱基的对面，并且可以有效地扩展由此产生的 m3T–TPT3 碱基对，从而在商业 DNA 聚合酶存在的情况下产生全长产物。重要的是，m3T–TPT3 对的特征使替代 PCR 扩增能够将 m3T 损伤的确切位置转移到非自然碱基对中，这允许 Sanger 测序以及基于生物素-链霉亲和素的 m3T 病变富集。综上所述，这项工作首次为 m3T 的扩增、富集和测序提供了一种简单、方便、实用的方法。

  DOI：

  10.1021/jacs.2c06110

文献信息

• Probing the Binding Requirements of Modified Nucleosides with the DNA Nuclease SNM1A
  作者：Eva-Maria Dürr、Joanna F. McGouran

  DOI：10.3390/molecules26020320

  日期：——

  only a limited number of inhibitors have been reported to date. Herein, we report the synthesis and evaluation of a family of malonate-based modified nucleosides to investigate the optimal positioning of metal-binding groups in nucleoside-derived inhibitors for SNM1A. These compounds include ester, carboxylate and hydroxamic acid malonate derivatives which were installed in the 5′-position or 3′-position

  SNM1A 是一种涉及 DNA 链间交联修复的核酸酶，因此，它的抑制作用对于克服对化学治疗性交联剂的抗性很重要。然而，SNM1A活性位点中金属离子的数量和身份仍未得到证实，迄今为止报道的抑制剂数量有限。在此，我们报告了基于丙二酸的修饰核苷家族的合成和评估，以研究金属结合基团在核苷衍生的 SNM1A 抑制剂中的最佳定位。这些化合物包括酯、羧酸酯和异羟肟酸丙二酸酯衍生物，它们安装在胸苷的 5'-位或 3'-位或作为两个核苷之间的连接。作为重组 SNM1A 抑制剂的评估表明，所测试的 12 种化合物中有 9 种在 1 mM 浓度下具有抑制作用。最有效的化合物在 5'-位含有异羟肟酸丙二酸酯基团。总体而言，我们的研究促进了对 SNM1A 核苷衍生抑制剂要求的理解，并表明在金属螯合剂（如异羟肟酸丙二酸酯）附近含有带负电荷基团的基团是抑制剂设计中很有前景的结构。