1-[3-O-(2-cyanoethoxy)(diisopropylamino)phosphino-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2-O,2-C-ethano-β-D-arabinofuranosyl]uracil

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-[3-O-(2-cyanoethoxy)(diisopropylamino)phosphino-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2-O,2-C-ethano-β-D-arabinofuranosyl]uracil
• 英文别名: 3-[[(4S,5R,6R,8R)-6-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-8-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-1,7-dioxaspiro[3.4]octan-5-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphoryl]propanenitrile
• 化学式: C₄₁H₄₉N₄O₉P
• 分子量: 772.835
• InChiKey: AWFARYKZFFVMOL-ADBUFRTPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.2
• 重原子数：
  55
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  149
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3',5'-O-(四异丙基二硅氧烷-1,3-二基)-2'-氧代尿苷 在 吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 四氧化锇 、 cerium(III) chloride 、 sodium hydride 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醚 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 68.0h， 生成 1-[3-O-(2-cyanoethoxy)(diisopropylamino)phosphino-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2-O,2-C-ethano-β-D-arabinofuranosyl]uracil
  参考文献：
  名称：

  2'-螺核糖核糖和阿拉伯核糖核苷：合成，分子建模和并入寡聚脱氧核苷酸。

  摘要：

  我们已经合成了通过2'-C-烯丙基核苷作为关键中间体的四个构象受限的双环2'-螺核苷。核糖构型的2'-螺旋核苷9b和14b是通过2-酮呋喃糖1的聚合策略获得的，而阿拉伯糖构型的2'-螺旋核苷21和27是通过以2'-酮尿苷衍生物为起始的线性策略获得的。材料。9b / 14b的呋喃糖环采用N-型构象，而21/27的呋喃糖环以N ＝ S平衡存在。这些化合物没有抗HIV-1活性或细胞毒性。使用亚磷酰胺方法在自动化DNA合成仪上将四个2'-螺核苷（作为单体X4和X5）掺入寡脱氧核苷酸中。不论单体结构如何，杂交研究表明，与相应的DNA：DNA和DNA：RNA双链体相比，这些2'-螺核苷酸单体（X4和X5）诱导的双链体热稳定性降低。分子建模表明，空间限制是修饰寡聚脱氧核苷酸对互补单链DNA和单链RNA互补物结合亲和力降低的可能原因。

  DOI：

  10.1039/b306354b

文献信息

• 2′-Spiro ribo- and arabinonucleosides: synthesis, molecular modelling and incorporation into oligodeoxynucleotides
  作者：B. Ravindra Babu、Lise Keinicke、Michael Petersen、Claus Nielsen、Jesper Wengel

  DOI：10.1039/b306354b

  日期：——

  We have synthesized four conformationally restricted bicyclic 2'-spiro nucleosides via 2'-C-allyl nucleosides as key intermediates. The ribo-configured 2'-spironucleosides 9b and 14b were obtained by a convergent strategy starting from 2-ketofuranose 1 whereas the arabino-configured 2'-spironucleosides 21 and 27 were obtained by a linear strategy with a 2'-ketouridine derivative as starting material

  我们已经合成了通过2'-C-烯丙基核苷作为关键中间体的四个构象受限的双环2'-螺核苷。核糖构型的2'-螺旋核苷9b和14b是通过2-酮呋喃糖1的聚合策略获得的，而阿拉伯糖构型的2'-螺旋核苷21和27是通过以2'-酮尿苷衍生物为起始的线性策略获得的。材料。9b / 14b的呋喃糖环采用N-型构象，而21/27的呋喃糖环以N ＝ S平衡存在。这些化合物没有抗HIV-1活性或细胞毒性。使用亚磷酰胺方法在自动化DNA合成仪上将四个2'-螺核苷（作为单体X4和X5）掺入寡脱氧核苷酸中。不论单体结构如何，杂交研究表明，与相应的DNA：DNA和DNA：RNA双链体相比，这些2'-螺核苷酸单体（X4和X5）诱导的双链体热稳定性降低。分子建模表明，空间限制是修饰寡聚脱氧核苷酸对互补单链DNA和单链RNA互补物结合亲和力降低的可能原因。