5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N³-methylthymidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N³-methylthymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-3,5-dimethylpyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₃₂H₃₄N₂O₇
• 分子量: 558.631
• InChiKey: NJBHXBIQPBKVHO-ZGIBFIJWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.8
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  97.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N³-methylthymidine 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 生成 2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-5-(3,5-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl (2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  通过与非天然核碱基特异性配对来扩增、富集和测序诱变甲基化 DNA 加合物

  摘要：

  3-甲基胸腺嘧啶 (m3T) 是一种众所周知的化学稳定但具有强致突变性的 DNA 碱基加合物；然而，目前缺乏确定m3T的测序方法。两个主要障碍包括 m3T 阻止 DNA 延伸的能力及其低丰度。为了应对这些挑战，我们在本文中报告了一种不自然的碱基配对策略。开发了一个新的 m3T-TPT3 碱基对，其 Vmax/Km 值比 m3T-A 碱基对高 82 倍。TPT3 核碱基可以特异性地掺入 m3T 碱基的对面，并且可以有效地扩展由此产生的 m3T–TPT3 碱基对，从而在商业 DNA 聚合酶存在的情况下产生全长产物。重要的是，m3T–TPT3 对的特征使替代 PCR 扩增能够将 m3T 损伤的确切位置转移到非自然碱基对中，这允许 Sanger 测序以及基于生物素-链霉亲和素的 m3T 病变富集。综上所述，这项工作首次为 m3T 的扩增、富集和测序提供了一种简单、方便、实用的方法。

  DOI：

  10.1021/jacs.2c06110
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 potassium carbonate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N³-methylthymidine
  参考文献：
  名称：

  通过与非天然核碱基特异性配对来扩增、富集和测序诱变甲基化 DNA 加合物

  摘要：

  3-甲基胸腺嘧啶 (m3T) 是一种众所周知的化学稳定但具有强致突变性的 DNA 碱基加合物；然而，目前缺乏确定m3T的测序方法。两个主要障碍包括 m3T 阻止 DNA 延伸的能力及其低丰度。为了应对这些挑战，我们在本文中报告了一种不自然的碱基配对策略。开发了一个新的 m3T-TPT3 碱基对，其 Vmax/Km 值比 m3T-A 碱基对高 82 倍。TPT3 核碱基可以特异性地掺入 m3T 碱基的对面，并且可以有效地扩展由此产生的 m3T–TPT3 碱基对，从而在商业 DNA 聚合酶存在的情况下产生全长产物。重要的是，m3T–TPT3 对的特征使替代 PCR 扩增能够将 m3T 损伤的确切位置转移到非自然碱基对中，这允许 Sanger 测序以及基于生物素-链霉亲和素的 m3T 病变富集。综上所述，这项工作首次为 m3T 的扩增、富集和测序提供了一种简单、方便、实用的方法。

  DOI：

  10.1021/jacs.2c06110

文献信息

• Probing the Binding Requirements of Modified Nucleosides with the DNA Nuclease SNM1A
  作者：Eva-Maria Dürr、Joanna F. McGouran

  DOI：10.3390/molecules26020320

  日期：——

  only a limited number of inhibitors have been reported to date. Herein, we report the synthesis and evaluation of a family of malonate-based modified nucleosides to investigate the optimal positioning of metal-binding groups in nucleoside-derived inhibitors for SNM1A. These compounds include ester, carboxylate and hydroxamic acid malonate derivatives which were installed in the 5′-position or 3′-position

  SNM1A 是一种涉及 DNA 链间交联修复的核酸酶，因此，它的抑制作用对于克服对化学治疗性交联剂的抗性很重要。然而，SNM1A活性位点中金属离子的数量和身份仍未得到证实，迄今为止报道的抑制剂数量有限。在此，我们报告了基于丙二酸的修饰核苷家族的合成和评估，以研究金属结合基团在核苷衍生的 SNM1A 抑制剂中的最佳定位。这些化合物包括酯、羧酸酯和异羟肟酸丙二酸酯衍生物，它们安装在胸苷的 5'-位或 3'-位或作为两个核苷之间的连接。作为重组 SNM1A 抑制剂的评估表明，所测试的 12 种化合物中有 9 种在 1 mM 浓度下具有抑制作用。最有效的化合物在 5'-位含有异羟肟酸丙二酸酯基团。总体而言，我们的研究促进了对 SNM1A 核苷衍生抑制剂要求的理解，并表明在金属螯合剂（如异羟肟酸丙二酸酯）附近含有带负电荷基团的基团是抑制剂设计中很有前景的结构。
• Amplification, Enrichment, and Sequencing of Mutagenic Methylated DNA Adduct through Specifically Pairing with Unnatural Nucleobases
  作者：Wuyuan Zhu、Honglei Wang、Xiaohuan Li、Wenchao Tie、Bianbian Huo、Anlian Zhu、Lingjun Li

  DOI：10.1021/jacs.2c06110

  日期：2022.11.9

  but strongly mutagenic DNA base adduct; however, the sequencing method to determine m3T is lacking so far. Two of the main obstacles include the capacity of m3T to stall DNA elongation and its low abundance. To address the challenges, we report an unnatural base pairing strategy in this paper. A new m3T–TPT3 base pair was developed with a Vmax/Km value 82-fold higher than that of the m3T-A pair. The

  3-甲基胸腺嘧啶 (m3T) 是一种众所周知的化学稳定但具有强致突变性的 DNA 碱基加合物；然而，目前缺乏确定m3T的测序方法。两个主要障碍包括 m3T 阻止 DNA 延伸的能力及其低丰度。为了应对这些挑战，我们在本文中报告了一种不自然的碱基配对策略。开发了一个新的 m3T-TPT3 碱基对，其 Vmax/Km 值比 m3T-A 碱基对高 82 倍。TPT3 核碱基可以特异性地掺入 m3T 碱基的对面，并且可以有效地扩展由此产生的 m3T–TPT3 碱基对，从而在商业 DNA 聚合酶存在的情况下产生全长产物。重要的是，m3T–TPT3 对的特征使替代 PCR 扩增能够将 m3T 损伤的确切位置转移到非自然碱基对中，这允许 Sanger 测序以及基于生物素-链霉亲和素的 m3T 病变富集。综上所述，这项工作首次为 m3T 的扩增、富集和测序提供了一种简单、方便、实用的方法。