3-(2-(aminooxy)-2-azidoethoxy)-N-(2-(5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)ethyl)benzamide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 生物素及其衍生物
• 英文名称: 3-(2-(aminooxy)-2-azidoethoxy)-N-(2-(5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)ethyl)benzamide
• 英文别名: N-[2-[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]ethyl]-3-(2-aminooxy-2-azidoethoxy)benzamide
• 化学式: C₂₁H₃₀N₈O₅S
• 分子量: 506.586
• InChiKey: JLZVHBLXRUHEGS-TZEXOCCPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.2
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.57
• 拓扑面积：
  184
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3-羟基苯甲酸乙酯 在 盐酸 、 叠氮基三甲基硅烷 、 四氯化锡 、 potassium carbonate 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 三乙胺 、 potassium iodide 、 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 乙醚 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 49.25h， 生成 3-(2-(aminooxy)-2-azidoethoxy)-N-(2-(5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)ethyl)benzamide
  参考文献：
  名称：

  Chemical biology of genomic DNA: minimizing PCR bias

  摘要：

  我们描述了由DNA的化学修饰引起的PCR偏差，并举例说明了一种解决方案，即设计、合成和表征一种可切割探针，旨在留下最少的化学痕迹。

  DOI：

  10.1039/c4cc05107f

文献信息

• Chemical biology of genomic DNA: minimizing PCR bias
  作者：Gordon R. McInroy、Eun-Ang Raiber、Shankar Balasubramanian

  DOI：10.1039/c4cc05107f

  日期：——

  We describe a PCR bias induced by chemical modification of DNA, and exemplify a solution with the design, synthesis and characterization of a cleavable probe designed to leave minimal chemical scarring.

  我们描述了由DNA的化学修饰引起的PCR偏差，并举例说明了一种解决方案，即设计、合成和表征一种可切割探针，旨在留下最少的化学痕迹。