thymidine 3'-monophosphate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核糖核苷3'-磷酸盐
• 英文名称: thymidine 3'-monophosphate
• 英文别名: thymidine-3'-phosphate；[(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-4-oxido-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate
• 化学式: C₁₀H₁₃N₂O₈P
• 分子量: 320.196
• InChiKey: XXYIANZGUOSQHY-XLPZGREQSA-L

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.6
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  151
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  水 、 thymidine 3'-monophosphate 生成 H3PO4 、 beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  thymidine 3',5'-cyclic monophosphate 在 hydroxide 作用下， 以 水 为溶剂， 生成 thymidine 3'-monophosphate
  参考文献：
  名称：

  DNA碱性水解机理的动力学和理论研究。

  摘要：

  通过动力学分析和密度泛函理论计算研究了碱水解DNA的反应机理。胸苷3'-单磷酸酯（包括胸苷基（3'-5'）胸苷（Tp-OT））的水解速率随着离去基团的变差而单调降低。根据结合了溶剂作用的理论计算，在反应过程中没有形成中间体。在具有良好离去基团的活化的Tp-OT类似物的碱性水解中，通过5'-烷氧基离子通过分子内攻击同时形成了胸苷的3'，5'-环单磷酸。但是，在天然二核苷酸的水解中，不会发生这种副反应，因为由于构象约束而不能形成导致其贫穷的离开群体离开的过渡状态。对磷酸二甲酯及其O（桥基）-> S取代类似物水解的理论分析支持了这些观点。

  DOI：

  10.1021/jo000323d

文献信息

• Synthesis of dinucleotides containing a bridged non-chiral internucleotide 5′- or 3′-phosphoramidate linkage
  作者：Matthias Mag、Joachim W. Engels

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)81755-5

  日期：1994.8

  The synthesis of several dinucleoside phosphate derivatives which are linked by phosphoramidate bonds [3′-O-P(O)(O−)-NH-5′ or 3′-NH-P(O)(O−)-O-5′] has been accomplished. The internucleoside phosphoramidate linkage was performed using the Staudinger reaction which is directly followed by a Michaelis-Arbuzov type transformation. Due to the exclusive use of base labile blocking groups deprotection could

  通过氨基磷酸酯键[ 3'- O - P（= O）（O -）- NH -5'或3'- NH - P（= O）（O -）- O连接的几种二核苷磷酸酯衍生物的合成-5′]已经完成。使用Staudinger反应进行核苷间氨基磷酸酯键合，然后直接进行Michaelis-Arbuzov型转化。由于仅使用碱不稳定的封闭基团，因此可以非常简单地通过在55°C下用浓氨水处理24小时来轻松进行脱保护。
• Mechanistic Studies on RNA Strand Scission from a C2′-Radical
  作者：Rakesh Paul、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/acs.joc.6b01760

  日期：2016.10.7

  consistent with computational studies ( Chem.—Eur. J. 2009, 15, 2394) that suggest that the barrier to strand scission is very low and that synchronous proton transfer from the 2′-hydroxyl to the departing phosphate group facilitates cleavage. The C2′-radical could be a significant contributor to RNA strand scission by the hydroxyl radical, particularly under anaerobic conditions where 1 can be produced

  核糖核苷酸中的C2'-碳氢键明显弱于RNA或DNA中的其他碳水化合物碳氢键。通过核苷酸取代的核苷酸的Norrish I型光裂解在RNA寡核苷酸中独立生成C2'-尿苷自由基（1），通过β-磷酸的裂解产生直接的链断裂。1在不同序列和各种条件下的反应性表明，在pH 7.2下，断链的速率常数显着大于10 6 s –1。最初形成的C2'-自由基（1）不被困在各种条件下，用计算的研究一致（Chem.-欧洲药典J. 2009，15，2394）表明链断裂的屏障非常低，并且质子从2'-羟基向离去的磷酸基团的同步转移促进了裂解。C2'自由基可能是羟基自由基切断RNA链的重要因素，特别是在厌氧条件下，其中可以从核碱基自由基产生1。
• Kinetic and Theoretical Studies on the Mechanism of Alkaline Hydrolysis of DNA
  作者：Naoya Takeda、Masahiko Shibata、Nobuo Tajima、Kimihiko Hirao、Makoto Komiyama

  DOI：10.1021/jo000323d

  日期：2000.7.1

  hydrolysis of thymidine 3'-monophosphate esters (including thymidylyl(3'-5')thymidine (Tp-OT)) monotonically decrease as the leaving groups get poorer. According to the theoretical calculation in which the solvent effects are incorporated, no intermediate is formed in the course of the reaction. In the alkaline hydrolysis of the activated Tp-OT analogues having good leaving groups, the 3',5'-cyclic monophosphate

  通过动力学分析和密度泛函理论计算研究了碱水解DNA的反应机理。胸苷3'-单磷酸酯（包括胸苷基（3'-5'）胸苷（Tp-OT））的水解速率随着离去基团的变差而单调降低。根据结合了溶剂作用的理论计算，在反应过程中没有形成中间体。在具有良好离去基团的活化的Tp-OT类似物的碱性水解中，通过5'-烷氧基离子通过分子内攻击同时形成了胸苷的3'，5'-环单磷酸。但是，在天然二核苷酸的水解中，不会发生这种副反应，因为由于构象约束而不能形成导致其贫穷的离开群体离开的过渡状态。对磷酸二甲酯及其O（桥基）-> S取代类似物水解的理论分析支持了这些观点。