DMTr-glycidol

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: DMTr-glycidol
• 英文别名: 1-O-dimethoxytrityl glycidol；2-[[Bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]oxirane
• 化学式: C₂₄H₂₄O₄
• 分子量: 376.452
• InChiKey: FZSJJLUEBOLEBN-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  40.2
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  DMTr-glycidol 在 四氮唑 、 三乙胺 、 sodium hydroxide 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 12.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  聚醚间隔臂合成含生物素的亚磷酰胺连接基

  摘要：

  合成了基于甘油骨架并包含通过四甘醇间隔臂连接的生物素残基的亚磷酰胺连接单元。DMTr-缩水甘油和四甘醇用作起始原料。将四甘醇中的一个羟基转化为氨基后，该氨基醇打开DMTr-缩水甘油中的环氧基，生成相应的醚和一定量的仲胺。将生物素残基连接到醚上，然后进行磷酸化后，获得了所需的接头。接头的结构通过1H-1H COSY，1H-13C HSQC，1H-13C HMBC，1H-15N HSQC和1H-15N HMBC光谱确认。所得的亚磷酰胺连接体单元适用于普通的DNA合成仪。

  DOI：

  10.1080/15257770.2011.587702
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 、 缩水甘油 在 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 1.0h， 以93%的产率得到DMTr-glycidol
  参考文献：
  名称：

  聚醚间隔臂合成含生物素的亚磷酰胺连接基

  摘要：

  合成了基于甘油骨架并包含通过四甘醇间隔臂连接的生物素残基的亚磷酰胺连接单元。DMTr-缩水甘油和四甘醇用作起始原料。将四甘醇中的一个羟基转化为氨基后，该氨基醇打开DMTr-缩水甘油中的环氧基，生成相应的醚和一定量的仲胺。将生物素残基连接到醚上，然后进行磷酸化后，获得了所需的接头。接头的结构通过1H-1H COSY，1H-13C HSQC，1H-13C HMBC，1H-15N HSQC和1H-15N HMBC光谱确认。所得的亚磷酰胺连接体单元适用于普通的DNA合成仪。

  DOI：

  10.1080/15257770.2011.587702

文献信息

• Tailored Transition‐Metal Coordination Environments in Imidazole‐Modified DNA G‐Quadruplexes
  作者：Philip M. Punt、Guido H. Clever

  DOI：10.1002/chem.201903445

  日期：2019.11.4

  ligands were introduced both at the end of tetramolecular and into the loop region of unimolecular DNA G-quadruplexes. The modified oligonucleotides were shown to complex a range of different transition-metal cations including NiII , CuII , ZnII and CoII , as indicated by UV/Vis absorption spectroscopy and ion mobility mass spectrometry. Molecular dynamics simulations were performed to obtain structural

  在四分子末端和单分子DNA G-四链体的环区域​​都引入了两种类型的咪唑配体。如UV / Vis吸收光谱法和离子迁移质谱法所示，修饰的寡核苷酸显示出与多种不同的过渡金属阳离子络合，包括NiII，CuII，ZnII和CoII。进行分子动力学模拟以获得对所研究系统的结构见解。源自人类端粒区域（htel）的单分子序列的环区域中配体数量和位置的变化，可以实现具有精细调整的金属亲和力的独特配位环境的受控设计。结果表明，通常呈正方形平面配位的CuII对提供四个配体的系统具有更高的亲和力，NiII更喜欢带有六个配体的G-四链体。同样，配体以四面体和四面体的方式定位分别影响CuII和ZnII阳离子的结合亲和力。获得对配体排列方式的控制将促进过渡金属修饰的DNA酶的合理发展。此外，该方法适合于在单个DNA结构内结合不同类型的配体，例如通常在金属酶中发现的那些。
• OLIGONUCLEOTIDES COMPRISING ACYCLIC AND ABASIC NUCLEOSIDES AND ANALOGS
  申请人：Manoharan Muthiah

  公开号：US20130130378A1

  公开（公告）日：2013-05-23

  This invention relates to acyclic and abasic nucleosides and oligonucleotides prepared therefrom. For instance, oligonucleotides can be prepared having one or more of the following formulas (I-III):, or isomers thereof.

  本发明涉及无环和缺碱基的核苷和由此制备的寡核苷酸。例如，可以制备具有以下一个或多个公式（I-III）或其异构体的寡核苷酸。
• [EN] OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF<br/>[FR] COMPOSITIONS D'OLIGONUCLÉOTIDES ET PROCÉDÉS ASSOCIÉS
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2022099159A1

  公开（公告）日：2022-05-12

  Among other things, the present disclosure provides oligonucleotides and compositions thereof. In some embodiments, provided oligonucleotides and compositions are useful for adenosine modification. In some embodiments, the present disclosure provides methods for treating various conditions, disorders or diseases that can benefit from adenosine modification.

  除其他事项外，本公开提供寡核苷酸及其组合物。在某些实施例中，提供的寡核苷酸及其组合物对腺苷修饰有用。在某些实施例中，本公开提供了治疗各种需要腺苷修饰的疾病、疾病或病症的方法。
• Oligonucleotides comprising acyclic and abasic nucleosides and analogs
  申请人：Manoharan Muthiah

  公开号：US10913767B2

  公开（公告）日：2021-02-09

  This invention relates to an oligonucleotide comprising one or more abasic nucleoside monomers of formula V: These monomers are useful for modifying of oligonucleotides at one or more positions. This invention also relates to a method of inhibiting the expression of a target gene in a cell. The method comprises contacting the cell with an oligonucleotide having one or more of the above formula (V).

  本发明涉及一种包含一种或多种式 V 的消旋核苷单体的寡核苷酸： 这些单体可用于在一个或多个位置修饰寡核苷酸。本发明还涉及一种抑制细胞中靶基因表达的方法。该方法包括使细胞与具有一个或多个上式（V）的寡核苷酸接触。
• Lithium Tetrafluoroborate: A Mild and Efficient Reagent for the Cleavage of Dimethoxytrityl Ethers
  作者：Anqi Chen、Yong Zheng、Xinfeng Zhou

  DOI：10.1080/00397919908085970

  日期：1999.10

  A mild and efficient method for the cleavage of dimethoxytrityl ethers using lithium tetrafluoroborate is reported.