作者:Sean W. Huth、James V. Oakley、Ciaran P. Seath、Jacob B. Geri、Aaron D. Trowbridge、Dann L. Parker、Frances P. Rodriguez-Rivera、Adam G. Schwaid、Carlo Ramil、Keun Ah Ryu、Cory H. White、Olugbeminiyi O. Fadeyi、Rob C. Oslund、David W. C. MacMillan
DOI:10.1021/jacs.3c03325
日期:2023.8.2
protein binding sites, which we define as identification of residues proximal to the ligand binding pocket. By utilizing a catalytic mode of activation, we obtain sets of labeled amino acids in the proximity of the target protein binding site. We use this methodology to map, in vitro, the binding sites of six protein targets, including several kinases and molecular glue targets, and furthermore to investigate
配体结合模式的表征是药物发现过程中的关键步骤,在表型筛选引起的活动中尤为重要,其中蛋白质靶标和结合模式在开始时是未知的。靶标结合区域的阐明通常通过 X 射线晶体学或光亲和标记 (PAL) 方法实现;然而,这些方法也带来了重大挑战。X 射线晶体学是彻底改变药物发现的主要技术,但在许多情况下,结构表征具有挑战性或不可能。PAL 还实现了肽和氨基酸水平分辨率的结合位点定位;然而,化学计量激活模式会导致信号不佳和常驻结合口袋的覆盖率。此外,每个 PAL 探针都可以有自己的碎裂模式,这使得质谱分析复杂化。在这里,我们建立了一种稳健且通用的光催化方法,用于蛋白质结合位点的定位,我们将其定义为识别配体结合口袋附近的残基。通过利用催化激活模式,我们在靶蛋白结合位点附近获得一组标记的氨基酸。我们使用这种方法在体外绘制六个蛋白质靶点的结合位点,包括几种激酶和分子胶靶点,并进一步研究 STAT3 抑制剂 MM-206