β,γ-CHF- and β,γ-CHCl-dGTP Diastereomers: Synthesis, Discrete <sup>31</sup>P NMR Signatures, and Absolute Configurations of New Stereochemical Probes for DNA Polymerases
作者:Yue Wu、Valeria M. Zakharova、Boris A. Kashemirov、Myron F. Goodman、Vinod K. Batra、Samuel H. Wilson、Charles E. McKenna
DOI:10.1021/ja300218x
日期:2012.5.30
characterized by (31)P, (1)H, and (19)F NMR spectroscopy and by mass spectrometry. After treatment with Chelex-100 to remove traces of paramagnetic ions, at pH ~10 the diastereomer pairs 12a,b exhibit discrete P(α) and P(β)(31)P resonances. The more upfield P(α) and more downfield P(β) resonances (and also the more upfield (19)F NMR resonance in 12b) are assigned to the R configuration at the P(β)-CHX-P(γ)
脱氧核苷 5'-三磷酸类似物(其中 β,γ-桥氧已被 CXY 基团取代)是研究 DNA 聚合酶催化和碱基选择机制的有用化学探针。此类探针的局限性在于,当桥接碳取代不等价(X≠Y)时,常规合成方法会产生非对映异构体的混合物。我们在这里报告了这个长期存在的问题的通用解决方案,其中包括四个 β,γ-CXY dNTP 非对映体示例:(S)- 和 (R)-β,γ-CHCl-dGTP (12a-1/12a-2) 和(S)-和(R)-β,γ-CHF-dGTP (12b-1/12b-2)。其制备的核心是将前手性母体双膦酸转化为其 (R)-扁桃酸单酯的 P,C-二吗啉酰胺衍生物 7,从而获得各个非对映异构体 7a-1、7a-2、7b-1、和7b-2通过制备型HPLC。然后选择性酸性水解 PN 键,得到“门户”非对映异构体,该非对映异构体很容易与吗啉激活的 dGMP 偶联。通过 H(2) (Pd/C) 去除手性辅助物,得到四种单独的非对映核苷酸