Alexa Fluor 488 succinimidyl ester

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并吡喃
• 英文名称: Alexa Fluor 488 succinimidyl ester
• 英文别名: Tfax 488, SE；3-amino-9-[2-carboxy-4-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxycarbonylphenyl]-6-iminoxanthene-4,5-disulfonate
• 化学式: C₂₅H₁₅N₃O₁₃S₂
• 分子量: 629.538
• InChiKey: FYCGGEVYPRTFDS-UHFFFAOYSA-L

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.08
• 拓扑面积：
  291
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2S)-2-[3-[2-[2-[2-[2-[5-[(3aS,4S,6aR)-3-ethyl-2-oxo-3a,4,6,6a-tetrahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propanoylamino]-6-aminohexanoic acid 、 Alexa Fluor 488 succinimidyl ester 在 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  Biotin Derivatives

  摘要：

  生物素衍生物，使用生物素衍生物的方法以及包含生物素衍生物的试剂盒。

  公开号：

  US20140011255A1

文献信息

• Site-Specific Covalent Labeling of DNA Substrates by an RNA Transglycosylase
  作者：Ember M. Tota、Neal K. Devaraj

  DOI：10.1021/jacs.3c00861

  日期：——

  or a fluorophore. While extending the substrate scope of RNA transglycosylases to include DNA would enable numerous applications, it has been previously reported that TGT is incapable of modifying native DNA. Here, we demonstrate that TGT can in fact recognize and label specific DNA substrates. Through iterative testing of rationally mutated DNA hairpin sequences, we determined the minimal sequence requirements

  细菌 tRNA 鸟嘌呤转糖基酶 (TGT) 催化鸟嘌呤与 7-脱氮鸟嘌呤队列前体 prequeuosine1 (preQ1) 的交换。虽然细菌 TGT 的天然核酸底物是队列同源 tRNA 的反密码子环，但该酶的最小识别序列是一个结构化的发夹，其中包含“UGU”环基序中的目标 G 核碱基。之前的工作建立了 RNA 修饰系统 RNA-TAG，其中大肠杆菌TGT 将感兴趣的 RNA 上的目标 G 交换为与小分子报告基因（如生物素或荧光团）相连的化学修饰的 preQ1 底物。虽然将 RNA 转糖基酶的底物范围扩展到包括 DNA 将使许多应用成为可能，但之前有报道称 TGT 不能修饰天然 DNA。在这里，我们证明 TGT 实际上可以识别和标记特定的 DNA 底物。通过对合理突变的 DNA 发夹序列的反复测试，我们确定了大肠杆菌对未修饰 DNA 进行转糖基化的最低序列要求TGT。控制 DNA 发夹中的
• Developing Tamoxifen-Based Chemical Probes for Use with a Dual-Modality Fluorescence and Optical Coherence Tomography Imaging Needle
  作者：Louisa A. Ho、Loretta Scolaro、Elizabeth Thomas、Bryden C. Quirk、Rodney W. Kirk、Robert A. McLaughlin、Rebecca O. Fuller

  DOI：10.1071/ch19364

  日期：——

  CH19364_TOC.jpg