5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidin-3'-ylsulfamido-[3'(N)->5'(N)]-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxythymidine | 193894-17-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidin-3'-ylsulfamido-[3'(N)->5'(N)]-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxythymidine
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidinylsulfamido-(3'(N)->5'(N))-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxythymidine；1-[(2R,4S,5S)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methylsulfamoylamino]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 193894-17-6
• 化学式: C₄₇H₆₀N₆O₁₂SSi
• 分子量: 961.178
• InChiKey: CCCOVLYVEXUOOL-WQWXBUOQSA-N

物化性质

• 密度：
  1.35±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.49
• 重原子数：
  67
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  221
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidin-3'-ylsulfamido-[3'(N)->5'(N)]-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxythymidine 在 二异丙基铵盐四氮唑 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 18.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidinylsulfamido-(3'(N)->5'(N))-3'-O-[(2-cyanoethoxy) (N,N-diisopropylamino) phosphino]-5'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  二核苷酸中磷酸二酯键的磺酰胺取代：合成和构象分析

  摘要：

  已合成了二核苷酸类似物d（TnsnT）和d（TnsnA），其中d（TpT）和d（TpA）的磷酸二酯键被suflamide [-NHSO 2 NH-]取代。使用3 J邻位偶合常数的构象分析表明，这种修饰导致从主要的南部（C2'-endo）核糖核环构象转变为北部（C3'-endo）核糖环构象。温度和浓度变化对核糖构象的影响表明，修饰的二核苷具有更大的分子内碱基堆积倾向，并且在d（TnsnA）情况下具有自缔合性。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(97)10421-5
• 作为产物：
  描述：

  5-叠氮基-5-脱氧胸腺嘧啶脱氧核苷 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxythymidin-3'-ylsulfamido-[3'(N)->5'(N)]-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of sulfamide linked dinucleotide analogues

  摘要：

  Novel sulfamide [-NHSO2NH-] linked dinucleotide analogues d(TnsnT) and d(TnsnA) have been synthesised from 3'- and 5'-amino nucleosides. Treatment of these amino nucleosides with catechol sulfate results in the formation of 2-hydroxyphenyl sulfamate eaters which couple smoothly in good yields with either 5'- or 3'-amines of similar nucleosides. NMR studies showed that the 3'-sulfamide group results in a preferential C3'-endo (Northern) sugar conformation. (C) 1997 Elsevier Science Ltd.

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(97)01179-9

文献信息

• Synthesis and nucleic-acid-binding properties of sulfamide- and 3′-N-sulfamate-modified DNAElectronic supplementary information (ESI) available: typical melting curves obtained from thermal denaturation of modified oligonucleotides with complementary DNA and RNA. See http://www.rsc.org/suppdata/p1/b1/b110603c/
  作者：Kevin J. Fettes、Nigel Howard、David T. Hickman、Steven Adah、Mark R. Player、Paul F. Torrence、Jason Micklefield

  DOI：10.1039/b110603c

  日期：2002.2.6

  A novel synthetic route for the preparation of sulfamide- and 3′-N-sulfamate-modified dinucleosides has been developed. The synthesis utilises 4-nitrophenyl chlorosulfate to prepare 4-nitrophenyl 3′- or 5′-sulfamates (e.g., 18 and 27), which couple smoothly with the alcohol or amine functionalities of other nucleosides. The conformational properties of the sulfamide- and 3′-N-sulfamate-modified dinucleosides

  已开发出一种新的合成路线，用于制备磺酰胺和3'- N-氨基磺酸酯修饰的二核苷。的合成利用4-硝基苯基氯磺酸以制备4-硝基苯基3'-或5'-氨基磺酸酯（例如，18和27），其联接平稳地与其他核苷的醇或胺官能团。使用NMR和CD光谱比较了磺酰胺和3'- N-氨基磺酸酯修饰的二核苷d（TnsnT）和d（TnsoT）的构象性质与天然二核苷酸d（TpT）。虽然两种修饰导致从C2'- 5'-末端核糖环的构象平衡的移位内切到一个优选的C3'-内切构象，只有3'- N-氨基磺酸酯修饰的二聚体显示出采用碱基堆积的螺旋构象的倾向增加。将磺酰胺和3'- N-氨基磺酸酯修饰掺入DNA序列d（GCGT 10 GCG）中，可以使用UV热变性实验确定双链体的解链温度。这表明，磺酰胺修饰显着破坏了互补DNA和RNA的双链体的稳定性。然而，3'- N-氨基磺酸盐修饰对双链体稳定性几乎没有影响，甚至在低盐浓度下也能稳定DNA双链体。这些结果表明3'-
• Replacement of the phosphodiester linkage in DNA with sulfamide and 3′-N-sulfamate groups
  作者：Kevin J. Fettes、Nigel Howard、David T. Hickman、Steven A. Adah、Mark R. Player、Paul F. Torrence、Jason Micklefield

  DOI：10.1039/b001586p

  日期：——

  Replacing phosphodiester linkages in DNA with neutral 3′-N-sulfamate groups has little effect on the binding affinity for complementary DNA or RNA, whereas incorporation of sulfamide groups into DNA results in considerable destabilisation of isosequential duplexes.

  用中性取代 DNA 中的磷酸二酯键 3-N-氨基磺酸基团对结合影响很小 与互补 DNA 或 RNA 的亲和力，而掺入磺酰胺 DNA 中的基团导致等序列的相当大的不稳定 复式公寓。
• Synthesis of sulfamide linked dinucleotide analogues
  作者：Jason Micklefield、Kevin J. Fettes

  DOI：10.1016/s0040-4039(97)01179-9

  日期：1997.7

  Novel sulfamide [-NHSO2NH-] linked dinucleotide analogues d(TnsnT) and d(TnsnA) have been synthesised from 3'- and 5'-amino nucleosides. Treatment of these amino nucleosides with catechol sulfate results in the formation of 2-hydroxyphenyl sulfamate eaters which couple smoothly in good yields with either 5'- or 3'-amines of similar nucleosides. NMR studies showed that the 3'-sulfamide group results in a preferential C3'-endo (Northern) sugar conformation. (C) 1997 Elsevier Science Ltd.
• Sulfamide replacement of the phosphodiester linkage in dinucleotides: Synthesis and conformational analysis
  作者：Jason Micklefield、Kevin J. Fettes

  DOI：10.1016/s0040-4020(97)10421-5

  日期：1998.3

  suflamide [-NHSO2NH-], have been synthesised. Conformational analysis using 3J vicinal coupling constants shows that this modification results in a shift from a predominantly southern (C2′-endo) to northern (C3′-endo) ribose ring conformation. The effect of temperature and concentration changes on ribose conformation, reveals that the modified dinucleosides have a greater propensity to base stack intramolecularly

  已合成了二核苷酸类似物d（TnsnT）和d（TnsnA），其中d（TpT）和d（TpA）的磷酸二酯键被suflamide [-NHSO 2 NH-]取代。使用3 J邻位偶合常数的构象分析表明，这种修饰导致从主要的南部（C2'-endo）核糖核环构象转变为北部（C3'-endo）核糖环构象。温度和浓度变化对核糖构象的影响表明，修饰的二核苷具有更大的分子内碱基堆积倾向，并且在d（TnsnA）情况下具有自缔合性。