2-cyanoethyl N-[N'-[3-[3-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-7-methyl-2-oxopyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl]-N-(2-cyanoethoxycarbonyl)carbamimidoyl]carbamate | 1258747-63-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2-cyanoethyl N-[N'-[3-[3-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-7-methyl-2-oxopyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl]-N-(2-cyanoethoxycarbonyl)carbamimidoyl]carbamate
• CAS: 1258747-63-5
• 化学式: C₅₇H₆₃N₁₀O₁₁P
• 分子量: 1095.16
• InChiKey: WYIOAQWVDARRRD-ICTWYFFOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.5
• 重原子数：
  79
• 可旋转键数：
  27
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  255
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-DMTr-thymidine-succinyl linker 、 Cytidine, 5a(2)-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-2a(2)-deoxy-5-methyl-, 3a(2)-[2-cyanoethyl N,N-bis(1-methylethyl)phosphoramidite] 、 (2R,3S,5R)-5-(5-(3-aminoprop-1-yn-1-yl)-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)tetrahydrofuran-3-yl (2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite 、 、 2-cyanoethyl N-[N'-[3-[3-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-7-methyl-2-oxopyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl]-N-(2-cyanoethoxycarbonyl)carbamimidoyl]carbamate 、 5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷 2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 在 三氯乙酸 作用下， 反应 0.1h， 生成 tristrontium;diarsorite
  参考文献：
  名称：

  CG base pair recognition within DNA triple helices by modified N-methylpyrrolo-dC nucleosides

  摘要：

  合成了双环核苷 N-甲基-3H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2(7H)-酮的 3-氨基苯基修饰类似物，并将其直接加入三聚体形成的寡核苷酸中，以利用其扩展的氢键结构识别 CG 碱基对。在 pH 值为 6.2 到 7.0 的范围内，所有类似物都表现出很强的结合亲和力和对 CG 的很好的选择性；与以前的修饰相比有了明显的改进。

  DOI：

  10.1039/c0ob00119h
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-iodo-4N-methyl-2'-deoxycytidine 在 吡啶 、 copper(l) iodide 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 2-cyanoethyl N-[N'-[3-[3-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-7-methyl-2-oxopyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl]-N-(2-cyanoethoxycarbonyl)carbamimidoyl]carbamate
  参考文献：
  名称：

  CG base pair recognition within DNA triple helices by modified N-methylpyrrolo-dC nucleosides

  摘要：

  合成了双环核苷 N-甲基-3H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2(7H)-酮的 3-氨基苯基修饰类似物，并将其直接加入三聚体形成的寡核苷酸中，以利用其扩展的氢键结构识别 CG 碱基对。在 pH 值为 6.2 到 7.0 的范围内，所有类似物都表现出很强的结合亲和力和对 CG 的很好的选择性；与以前的修饰相比有了明显的改进。

  DOI：

  10.1039/c0ob00119h