N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilanediyl)guanosine | 827602-95-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilanediyl)guanosine
• 英文别名: N2-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tertbutyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilanediyl) guanosine；N2-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilanediyl)-N1-nitropiperonyloxymethylene guanosine；N'-[9-[(4aR,6R,7R,7aR)-2,2-ditert-butyl-7-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4a,6,7,7a-tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxasilin-6-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-N,N-dimethylmethanimidamide
• CAS: 827602-95-9
• 化学式: C₂₇H₄₈N₆O₅Si₂
• 分子量: 592.886
• InChiKey: VAZILBVKONTPCO-ZDXOVATRSA-N

物化性质

• 沸点：
  643.3±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.18±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.09
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.78
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilanediyl)guanosine 在 吡啶 、 N-甲基咪唑 、 2,4,6-三甲基吡啶 、 氟化氢吡啶 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 15.0h， 生成 N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)guanosine 3'-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylaminophosphoramidite]
  参考文献：
  名称：

  An Improved Method for Synthesizing Cyclic Bis(3′–5′)diguanylic Acid (c-di-GMP)

  摘要：

  本文描述了一种新方法，用于合成生物重要的环状双(3′–5′)二鸟苷酸 (c-di-GMP)，其产量高于我们之前报道的合成方法。本新合成方法采用以下两种手段，替代之前所使用的方法，作为提高产物产量的主要策略。其中之一是使用二叔丁基硅烷保护基团保护鸟苷的 3′-和 5′-羟基；该方法允许选择性合成 2′-O-(叔丁基二甲基硅基)鸟苷衍生物，这是合成过程中的关键中间体。另一个是使用二甲基甲酰胺基作为鸟嘌呤碱基 2-NH2 功能的保护基，这种保护基易于引入并能获得优异的产量。

  DOI：

  10.1246/bcsj.77.2089
• 作为产物：
  描述：

  鸟苷 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 8.25h， 生成 N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilanediyl)guanosine
  参考文献：
  名称：

  An Improved Method for Synthesizing Cyclic Bis(3′–5′)diguanylic Acid (c-di-GMP)

  摘要：

  本文描述了一种新方法，用于合成生物重要的环状双(3′–5′)二鸟苷酸 (c-di-GMP)，其产量高于我们之前报道的合成方法。本新合成方法采用以下两种手段，替代之前所使用的方法，作为提高产物产量的主要策略。其中之一是使用二叔丁基硅烷保护基团保护鸟苷的 3′-和 5′-羟基；该方法允许选择性合成 2′-O-(叔丁基二甲基硅基)鸟苷衍生物，这是合成过程中的关键中间体。另一个是使用二甲基甲酰胺基作为鸟嘌呤碱基 2-NH2 功能的保护基，这种保护基易于引入并能获得优异的产量。

  DOI：

  10.1246/bcsj.77.2089

文献信息

• Caged nucleotides and oligonucleotides and their application
  申请人：——

  公开号：US08247540B2

  公开（公告）日：2012-08-21

  There is disclosed nucleotides and nucleotide analogs having a protecting or “caging” group. There is further disclosed oligonucleotides and oligonucleotides analogs formed having a protecting or “caging” group. There is further disclosed a method for decaging the nucleotides and nucleotide analogs having a protecting or “caging” group and oligonucleotides and oligonucleotide analogs having a caging group.

  披露了具有保护或“笼罩”基团的核苷酸和核苷酸类似物。进一步披露了形成具有保护或“笼罩”基团的寡核苷酸和寡核苷酸类似物。进一步披露了一种去笼罩具有保护或“笼罩”基团的核苷酸和核苷酸类似物以及具有笼罩基团的寡核苷酸和寡核苷酸类似物的方法。
• Synthesis of cyclic di-nucleotidic acids as potential inhibitors targeting diguanylate cyclase
  作者：Shi Min Ching、Wan Jun Tan、Kim Lee Chua、Yulin Lam

  DOI：10.1016/j.bmc.2010.07.068

  日期：2010.9

  Five analogs of cyclic di-nucleotidic acid including c-di-GMP were synthesized and evaluated for their biological activities on Slr1143, a diguanylate cyclase of Synechocystis sp. Slr1143 was overexpressed from the recombinant plasmid which contained the gene of interest and subsequently purified by affinity chromatography. A new HPLC method capable of separating the compound and product peaks with good resolution was optimized and applied to the analysis of the compounds. Results obtained show that cyclic di-inosinylic acid 1b demonstrates a stronger inhibition on Slr1143 than c-di-GMP and is a potential inhibitor for biofilm formation. (c) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.