N-(2-(2-(2-(5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)ethoxy)ethoxy)ethyl)-4-(6-(pyrimidin-2-yl)-1,2,4,5-tetrazin-3-yl)benzamide | 1616894-53-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 生物素及其衍生物
• 英文名称: N-(2-(2-(2-(5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)ethoxy)ethoxy)ethyl)-4-(6-(pyrimidin-2-yl)-1,2,4,5-tetrazin-3-yl)benzamide
• CAS: 1616894-53-1
• 化学式: C₂₉H₃₆N₁₀O₅S
• 分子量: 636.735
• InChiKey: PAKALSVXYICEEV-FIXSFTCYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.0
• 重原子数：
  45.0
• 可旋转键数：
  17.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.48
• 拓扑面积：
  195.13
• 氢给体数：
  4.0
• 氢受体数：
  12.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(2-(2-(2-(5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)ethoxy)ethoxy)ethyl)-4-(6-(pyrimidin-2-yl)-1,2,4,5-tetrazin-3-yl)benzamide 、 ethyl 2-(2-(3-(2-iodoethyl)-3H-diazirin-3-yl)ethyl)cycloprop-2-enecarboxylate 以 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  适用于活细胞成像和基于亲和性的蛋白质标记的“极简”含环丙烯的光交联剂

  摘要：

  天然细胞环境中生物活性化合物的目标鉴定在生物医学研究和药物发现中很重要，但传统上是在体外进行的。目前关于此类分子如何与其内源性靶标（开启和关闭）相互作用的信息非常有限。一种理想的策略是在原位（例如，在活细胞中）重现蛋白质-小分子相互作用，同时使这些复合物能够富集以用于随后的蛋白质组范围内的目标识别。同样，基于小分子的成像方法越来越多地用于原位监测包括酶在内的各种蛋白质。然而，用于同时生物成像和靶向鉴定活哺乳动物细胞中非共价生物活性化合物的化学蛋白质组学策略，目前不可用。这是由于缺乏从其母体化合物中进行最少修饰的光亲和标签，但使用无铜生物正交化学进行化学处理。我们在此开发了包含烷基二氮杂环丙烷和环丙烯的新型极简接头。我们已经展示了由此类接头制成的化学探针（例如 BD-2）可用于通过快速、无铜、四嗪-环丙烯连接同时进行内源性 BRD-4（一种重要的表观遗传蛋白）的原位成像和共价标记反应 (k2

  DOI：

  10.1021/ja502780z
• 作为产物：
  描述：

  2-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)乙基氨基甲酸叔丁酯 在 吡啶 、 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 28.0h， 生成 N-(2-(2-(2-(5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)ethoxy)ethoxy)ethyl)-4-(6-(pyrimidin-2-yl)-1,2,4,5-tetrazin-3-yl)benzamide
  参考文献：
  名称：

  适用于活细胞成像和基于亲和性的蛋白质标记的“极简”含环丙烯的光交联剂

  摘要：

  天然细胞环境中生物活性化合物的目标鉴定在生物医学研究和药物发现中很重要，但传统上是在体外进行的。目前关于此类分子如何与其内源性靶标（开启和关闭）相互作用的信息非常有限。一种理想的策略是在原位（例如，在活细胞中）重现蛋白质-小分子相互作用，同时使这些复合物能够富集以用于随后的蛋白质组范围内的目标识别。同样，基于小分子的成像方法越来越多地用于原位监测包括酶在内的各种蛋白质。然而，用于同时生物成像和靶向鉴定活哺乳动物细胞中非共价生物活性化合物的化学蛋白质组学策略，目前不可用。这是由于缺乏从其母体化合物中进行最少修饰的光亲和标签，但使用无铜生物正交化学进行化学处理。我们在此开发了包含烷基二氮杂环丙烷和环丙烯的新型极简接头。我们已经展示了由此类接头制成的化学探针（例如 BD-2）可用于通过快速、无铜、四嗪-环丙烯连接同时进行内源性 BRD-4（一种重要的表观遗传蛋白）的原位成像和共价标记反应 (k2

  DOI：

  10.1021/ja502780z

文献信息

• Inverse Electron-Demand Diels–Alder Bioconjugation Reactions Using 7-Oxanorbornenes as Dienophiles
  作者：Jordi Agramunt、Rebecca Ginesi、Enrique Pedroso、Anna Grandas

  DOI：10.1021/acs.joc.0c00583

  日期：2020.5.15

  peptide nucleic acids incorporating 7-oxanorbornene as a dienophile were reacted with tetrazines linked to either a peptide, d-biotin, BODIPY, or N-acetyl-d-galactosamine. The inverse electron-demand Diels-Alder (IEDDA) cycloaddition, which was performed overnight at 37 °C, in all cases furnished the target conjugate in good yields. IEDDA reactions with 7-oxanorbornenes produce a lower number of stereoisomers

  使掺入7-氧杂降冰片烯作为亲二烯体的寡核苷酸，肽和肽核酸与连接至肽，d-生物素，BODIPY或N-乙酰基-d-半乳糖胺的四嗪反应。在37°C下进行过夜的反电子需求Diels-Alder（IEDDA）环加成反应，在所有情况下均以良好的收率提供了目标偶联物。IEDDA与7-氧杂降冰片烯的反应产生的立体异构体数量少于IEDDA与其他亲二烯体的环加成反应。