| 1616784-14-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• CAS: 1616784-14-5
• 化学式: C₃₇H₄₄N₂O₇Si
• 分子量: 656.851
• InChiKey: YXMPLNLYSNIHCN-SSZIUWPISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.05
• 重原子数：
  47.0
• 可旋转键数：
  12.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  108.85
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  在 sodium dihydrogenphosphate 、 2-甲基-2-丁烯 、 sodium perchlorate 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 13.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  酰胺是磷酸核苷间键的极佳模拟物，并且在短干扰 RNA 中具有良好的耐受性。

  摘要：

  RNA 干扰 (RNAi) 已成为功能基因组学的重要工具，并具有令人着迷的治疗潜力。然而，目前的短干扰 RNA (siRNA) 设计对于体内应用来说并不是最佳的。非离子磷酸盐主链修饰可能具有改善 siRNA 特性的潜力，但在 RNAi 技术中很少得到探索。使用 X 射线晶体学和 RNAi 活性测定，本研究表明 3'-CH2-CO-NH-5' 酰胺是 RNA 中磷酸二酯核苷间键的极好替代品。晶体结构显示酰胺修饰的RNA形成典型的A型双链体。酰胺羰基指向主沟并呈现类似于磷酸键中的 P-OP2 键的方向。酰胺键通过连接羰基和相邻磷酸氧的串联水充分水合。酰胺在 siRNA 的引导链和过客链的内部位置均具有耐受性，当放置在过客链 5' 端附近时，可能会增加沉默活性。因此，含有八个酰胺键的 siRNA 比未修饰的对照活性更高。结果表明，RNAi 可以耐受更广泛的酰胺修饰，这可能有助于优化体内应用的 siRNA。

  DOI：

  10.1093/nar/gku235
• 作为产物：
  描述：

  1-[3-C-allyl-2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-β-D-pentofuranosyl]-uracyl 在 吡啶 、 四氧化锇 、 N-甲基吗啉氧化物 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 水 为溶剂， 反应 40.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  酰胺是磷酸核苷间键的极佳模拟物，并且在短干扰 RNA 中具有良好的耐受性。

  摘要：

  RNA 干扰 (RNAi) 已成为功能基因组学的重要工具，并具有令人着迷的治疗潜力。然而，目前的短干扰 RNA (siRNA) 设计对于体内应用来说并不是最佳的。非离子磷酸盐主链修饰可能具有改善 siRNA 特性的潜力，但在 RNAi 技术中很少得到探索。使用 X 射线晶体学和 RNAi 活性测定，本研究表明 3'-CH2-CO-NH-5' 酰胺是 RNA 中磷酸二酯核苷间键的极好替代品。晶体结构显示酰胺修饰的RNA形成典型的A型双链体。酰胺羰基指向主沟并呈现类似于磷酸键中的 P-OP2 键的方向。酰胺键通过连接羰基和相邻磷酸氧的串联水充分水合。酰胺在 siRNA 的引导链和过客链的内部位置均具有耐受性，当放置在过客链 5' 端附近时，可能会增加沉默活性。因此，含有八个酰胺键的 siRNA 比未修饰的对照活性更高。结果表明，RNAi 可以耐受更广泛的酰胺修饰，这可能有助于优化体内应用的 siRNA。

  DOI：

  10.1093/nar/gku235

文献信息

• Erratum
  作者：Mutisya, Daniel、Selvam, Chelliah、Lunstad, Benjamin D.、Pallan, Pradeep S.、Haas, Amanda、Leake, Devin、Egli, Martin、Rozners, Eriks

  DOI：10.1093/nar/gku669

  日期：2014.9.15

  Amides are excellent mimics of phosphate internucleoside linkages and are well tolerated in short interfering RNAs

  酰胺是磷酸核苷间键的出色模拟物，在短干扰RNA中具有良好的耐受性
• Synthesis and Properties of RNA Modified with Cationic Amine Internucleoside Linkage
  作者：Chandan Pal、Michael Richter、Eriks Rozners

  DOI：10.1021/acschembio.3c00784

  日期：2024.2.16

  modifications of RNA are important tools for the development of RNA therapeutics. The present study reports a novel RNA backbone modification that replaces the negatively charged phosphate with a positively charged amine linkage. Despite being thermally destabilizing in RNA duplexes, the amine linkage caused a relatively modest decrease of activity of a modified short interfering RNA (siRNA). At position

  RNA 的化学修饰是 RNA 疗法开发的重要工具。本研究报告了一种新型 RNA 主链修饰，用带正电的胺键取代带负电的磷酸盐。尽管RNA双链体受热不稳定，但胺键导致修饰的短干扰RNA (siRNA)的活性相对适度降低。在引导链的位置 2，胺修饰极大地增强了 siRNA 的特异性，同时导致靶向活性下降约 5 倍。这些结果支持胺作为阳离子 RNA 修饰和调节蛋白质-RNA 相互作用的新工具的未来发展。