5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine | 588698-71-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine
• 英文别名: 5'-O-[Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methyl]-N-methyladenosine；(2R,3S,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-[6-(methylamino)purin-9-yl]oxolane-3,4-diol
• CAS: 588698-71-9
• 化学式: C₃₂H₃₃N₅O₆
• 分子量: 583.644
• InChiKey: IZDYKXRGTUZUAG-QWOIFIOOSA-N

物化性质

• 沸点：
  809.1±75.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.36±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.4
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  133
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine 在 silver nitrate 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[(2-cyanoethoxy)(N,N-diisopropylamino)phosphino]-2'-O-(t-butyldimethylsilyl)-N⁶-methyladenosine
  参考文献：
  名称：

  RNA 编辑腺苷脱氨酶的底物类似物：机理研究和抑制剂设计

  摘要：

  ADAR 是作用于 RNA 的腺苷脱氨酶，负责发生在真核 mRNA 中的 RNA 编辑反应，包括谷氨酸和血清素受体的 mRNA。已经确定了能够编辑生物相关 RNA 底物的 ADAR。此外，在几种情况下，RNA 编辑反应对基因产物功能的影响是已知的。然而，我们对 ADAR 催化的 RNA 腺苷脱氨基的化学机制的理解滞后。通过研究 ADAR2 天然存在的底物的类似物，我们推断出该酶的活性位点和反应机制的特征。各种 RNA 底物中腺苷处的 8-Aza 取代加速了 ADAR2 在这些位点的脱氨基速率（2.8-17 倍）。这种“氮杂效应”的程度 取决于反应核苷酸的 RNA 结构背景。RNA 中的 N(6)-甲基腺苷是 ADAR2 的缓慢底物（比率是腺苷的 2%），没有观察到 N(6)-乙基腺苷的产物，表明离去基团的大小有限。RNA 中的 2,6-二氨基嘌呤核糖核苷不是 ADAR 的底物，与催化核苷类似反应的腺苷脱氨酶

  DOI：

  10.1021/ja029742d
• 作为产物：
  描述：

  2’,3’,5’-三乙酰肌苷 在 (chloromethylene)dimethyl iminium chloride 作用下， 以 吡啶 、 乙醇 、 氯仿 、 水 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine
  参考文献：
  名称：

  甲基化核糖核苷（ m 1 G ， m 2 G ， m 2 2 G ， m 1 I ， m 3 U ， m 4 C ， m 6 ）2'- O -[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲 基亚 磷 酰胺的合成 A ， m 6 2 A ）用于自动 RNA 固相合成

  摘要：

   描述了八种甲基化核糖核苷亚磷酰胺的直接合成。这些构建块允许天然存在的核苷1-甲基鸟（掺入 米 1 ģ ）， Ñ 2 -methylguanosine（ 米 2 ģ ）， Ñ 2， Ñ 2 -dimethylguanosine（ 米 2 2 G ^ ），1- methylinosine（ 米 1 I ），3-甲基尿苷（ m 3 U ）， N 4-甲基胞苷（ m 4 C ）， N 6-甲基腺苷（ m 6 A ）和 N 6， N 6-二甲基腺苷（ m 6 2 A ）通过自动 RNA 固相合成形成寡核糖核苷酸 。在所有情况下，构件的核糖2'-羟基均被最近引入的[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲基（ TOM ）掩盖 。

  DOI：

  10.1007/s00706-003-0592-1

文献信息

• Improved Synthesis of Phosphoramidite-Protected N6-Methyladenosine via BOP-Mediated SNAr Reaction
  作者：Shifali Shishodia、Christopher J. Schofield

  DOI：10.3390/molecules26010147

  日期：——

  N6-methyladenosine(m6A) is the most abundant modification in mRNA. Studies on proteins that introduce and bind m6A require the efficient synthesis of oligonucleotides containing m6A. We report an improved five-step synthesis of the m6A phosphoramidite starting from inosine, utilising a 1-H-benzotriazol-1-yloxytris(dimethylamino)phosphoniumhexafluorophosphate (BOP)-mediated SNAr reaction in the key

  N6-甲基腺苷 (m6A) 是 mRNA 中最丰富的修饰。对引入和结合 m6A 的蛋白质的研究需要有效合成含有 m6A 的寡核苷酸。我们报告了从肌苷开始的 m6A 亚磷酰胺的改进的五步合成，在关键步骤中利用 1-H-苯并三唑-1-基氧基三（二甲氨基）鏻六氟磷酸盐（BOP）介导的 SNAr 反应。与报道的路线相比，该路线的总产量显着增加，并且可用于合成其他腺苷衍生物的亚磷酰胺，例如乙醇腺苷，一种由重要的抗癌药物卡莫司汀形成的 DNA 加合物的 RNA 类似物。
• Atomic Mutagenesis of N6-Methyladenosine Reveals Distinct Recognition Modes by Human m6A Reader and Eraser Proteins
  作者：Florian Seitz、Tina Jungnickel、Nicole Kleiber、Jens Kretschmer、Julia Dietzsch、Juliane Adelmann、Katherine E. Bohnsack、Markus T. Bohnsack、Claudia Höbartner

  DOI：10.1021/jacs.4c00626

  日期：2024.3.20

  atom-specific changes that are introduced by chemical synthesis, such as the replacement of nitrogen by carbon atoms. Synthetic RNA oligonucleotides containing site-specifically incorporated 1-deaza-, 3-deaza-, and 7-deaza-m6A nucleosides were prepared by solid-phase synthesis and their RNA binding and demethylation by recombinant proteins were evaluated. We found distinct differences in substrate recognition

  N 6 -甲基腺苷 (m 6 A) 是细胞 RNA 中重要的修饰核苷，与多种细胞过程相关，并与疾病有关。与 m 6 A 动态安装和去除相关的酶是药物研究中重点研究的目标，这需要详细了解蛋白质对 m 6 A 的识别模式。在这里，我们利用 m 6 A 的原子诱变系统地研究了两种人类 m 6 A 去甲基化酶 FTO 和 ALKBH5 的机制以及 YTH 阅读器蛋白 YTHDF2/DC1/DC2 的结合模式。原子诱变是指通过化学合成引入的原子特异性变化，例如用碳原子取代氮。通过固相合成制备含有位点特异性掺入的1-脱氮-、3-脱氮-和7-脱氮-m 6 A核苷的合成RNA寡核苷酸，并评估它们的RNA结合和重组蛋白的去甲基化。我们发现底物识别和转化存在明显差异，并揭示了酶活性的结构偏好。这项工作中引入的 deaza m 6 A 类似物将成为 m 6 A 研究中其他蛋白质的有用探针。