dGMP | 137793-26-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷酸
• 英文名称: dGMP
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
• CAS: 137793-26-1
• 化学式: C₁₀H₁₃N₅O₇P
• 分子量: 346.216
• InChiKey: LTFMZDNNPPEQNG-KVQBGUIXSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.1
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  184
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-羟基-7-氮杂苯并三氮唑 、 dGMP 在 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 生成
  参考文献：
  名称：

  模板效应的强度将核苷酸吸引到裸露的 DNA 上

  摘要：

  遗传信息的传递依赖于模板-引物复合物中核苷磷酸和模板碱基之间的沃森-克里克碱基配对。无酶引物延伸是最纯粹的传输过程形式，没有聚合酶的任何伴侣效应。这种简单的序列复制形式与生命起源密切相关，并为阅读遗传信息提供了新的机会。在这里，我们报告了（脱氧）核苷酸和模板-引物复合物之间复合物的解离常数，由核磁共振和未活化核苷酸对无酶引物延伸的抑制作用确定。根据序列上下文，K d的范围从胸苷单磷酸结合发夹末端腺嘌呤的 280 mM 到与相邻链的序列内部的脱氧鸟苷单磷酸结合的 2 mM。结合延伸和水解失活的化学步骤的速率常数，我们的定量理论解释了为什么一些无酶复制反应不完整，而另一些则不完整。例如，对于 GMP 与核糖核酸的结合，抑制是低产反应的一个重要因素，而单体的氨基末端 DNA 水解则至关重要。因此，我们的结果为无酶复制提供了定量基础。

  DOI：

  10.1093/nar/gku314

文献信息

• Gas Phase Reactions of Trimethylborate with the [M − H]− Ions of Nucleotides and Their Non-Covalent Homo- and Heterodimer Complexes
  作者：Ana K. Vrkic、Richard A. J. O'Hair

  DOI：10.1071/ch02183

  日期：——

  heterodimers. In addition, the collision-induced dissociation (CID) reactions of the [(dXMP)n − H]– (n = 1 or 2) as well as the [dXMP + dYMP – H + (CH3O)3B – 3(CH3OH)]– ions (where nucleotides X, Y = A, C, G, or T) were studied. The latter fragment to form [dXMP – H + BPO4]– and [dXMP – 3H + BPO3]– ions (where X = A, C, G, or T), while [dXMP – H]– ions fragment by neutral base loss. The homo- and heterodimers

  硼酸三甲酯 (TMB) 与核苷酸的去质子化单体、同源和异源二聚体离子（2'-deoxyadenosine-5'-monophosphate [dAMP]、2'-deoxycytidine-5'-monophosphate [dCMP]、2'-deoxyguanosine-5 '-单磷酸盐 [dGMP] 和 2'-脱氧胸苷-5'-单磷酸盐 [dTMP]）在四极离子阱质谱仪中通过添加同时消除一个或两个甲醇分子（单体）、一个或三个甲醇分子（同二聚体） ) 和三个甲醇分子（异二聚体）。反应模式似乎会影响观察到的速率，只有一个甲醇分子的损失对应于最快的速率。单体似乎存在结构-反应性相关性，[dGMP – H]– 离子（采用鸟嘌呤部分的顺式构象）通过仅损失一个甲醇分子与 TMB 反应最快。对于同二聚体和异二聚体，没有观察到这样的结构反应趋势。此外，[(dXMP)n - H]– (n = 1 或 2) 以及
• Perno, Joseph R.; Cwikel, Dory; Spiro, Thomas G., Inorganic Chemistry, 1987, vol. 26, # 3, p. 400 - 405
  作者：Perno, Joseph R.、Cwikel, Dory、Spiro, Thomas G.

  DOI：——

  日期：——