3′-O-(2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinyl)-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2-N-isobutyryl-2′-O-(pyren-1-yl)-methylguanosine | 1418996-17-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3′-O-(2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinyl)-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2-N-isobutyryl-2′-O-(pyren-1-yl)-methylguanosine
• 英文别名: N-[9-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxy-3-(pyren-1-ylmethoxy)oxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 1418996-17-4
• 化学式: C₆₁H₆₄N₇O₉P
• 分子量: 1070.19
• InChiKey: SXDUVYXXXKVGCN-CPSRNGGDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  10.2
• 重原子数：
  78
• 可旋转键数：
  22
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  180
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1-氯甲基芘 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium hydride 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 、 1,2-二氯乙烷 、 mineral oil 为溶剂， 反应 36.67h， 生成 3′-O-(2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphinyl)-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-2-N-isobutyryl-2′-O-(pyren-1-yl)-methylguanosine
  参考文献：
  名称：

  识别混合序列 DNA 双链体：基于 2'-O-(Pyren-1-yl)methyl-RNA 单体的入侵者设计指南

  摘要：

  开发识别混合序列双链 DNA (dsDNA) 的试剂是可取的，因为它们具有作为基因检测、调节和修饰工具的潜力。尽管在三链形成寡核苷酸、肽核酸、聚酰胺和其他方法方面取得了进展，但对混合序列 dsDNA 靶标的识别仍然具有挑战性。我们的实验室研究入侵者作为实现这一目标的替代方法。这些双链寡核苷酸探针通过用嵌入剂功能化核苷酸（如 2'- O）的+1 链间拉链修饰而被激活，用于识别混合序列 dsDNA-(pyren-1-yl)methyl-RNA 单体，最近已被证明可以识别线性 dsDNA、DNA 发夹和染色体 DNA。在目前的工作中，我们系统地研究了 2' - O -(pyren-1-yl)methyl-RNA 单体的核碱基部分对 Invader 双链体识别效率的影响。使用具有四种典型 2' - O -(pyren-1-yl)methyl-RNA A / C / G / U单体的不同 +1 链间拉链的

  DOI：

  10.1021/jo402085v

文献信息

• Recognition of Mixed-Sequence DNA Duplexes: Design Guidelines for Invaders Based on 2′-<i>O</i>-(Pyren-1-yl)methyl-RNA Monomers
  作者：Saswata Karmakar、Dale C. Guenther、Patrick J. Hrdlicka

  DOI：10.1021/jo402085v

  日期：2013.12.6

  alternative approach toward this end. These double-stranded oligonucleotide probes are activated for recognition of mixed-sequence dsDNA through modification with +1 interstrand zippers of intercalator-functionalized nucleotides such as 2′-O-(pyren-1-yl)methyl-RNA monomers and have recently been shown to recognize linear dsDNA, DNA hairpins, and chromosomal DNA. In the present work, we systematically studied

  开发识别混合序列双链 DNA (dsDNA) 的试剂是可取的，因为它们具有作为基因检测、调节和修饰工具的潜力。尽管在三链形成寡核苷酸、肽核酸、聚酰胺和其他方法方面取得了进展，但对混合序列 dsDNA 靶标的识别仍然具有挑战性。我们的实验室研究入侵者作为实现这一目标的替代方法。这些双链寡核苷酸探针通过用嵌入剂功能化核苷酸（如 2'- O）的+1 链间拉链修饰而被激活，用于识别混合序列 dsDNA-(pyren-1-yl)methyl-RNA 单体，最近已被证明可以识别线性 dsDNA、DNA 发夹和染色体 DNA。在目前的工作中，我们系统地研究了 2' - O -(pyren-1-yl)methyl-RNA 单体的核碱基部分对 Invader 双链体识别效率的影响。使用具有四种典型 2' - O -(pyren-1-yl)methyl-RNA A / C / G / U单体的不同 +1 链间拉链的