N6-benzoyl-5'-dimethoxytrityl-2'-deoxy-3'-thioadenosine | 1223546-67-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N6-benzoyl-5'-dimethoxytrityl-2'-deoxy-3'-thioadenosine
• 英文别名: 5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3'-S-acetyl-3'-thiothymidine；N-[9-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-sulfanyloxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 1223546-67-5
• 化学式: C₃₈H₃₅N₅O₅S
• 分子量: 673.792
• InChiKey: MRODGIMMWZJIKO-XKKJXBDVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.8
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.21
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N6-benzoyl-5'-dimethoxytrityl-2'-deoxy-3'-thioadenosine 、 双(二异丙基氨基)(2-氰基乙氧基)膦 在 5-(乙硫基)-1H-四唑 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 2.08h， 以62%的产率得到N6-benzoyl-5'-O-dimethoxytrityl-2'-deoxy-3'-thioadenosine-3'-S-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  Thermal stabilisation of RNA·RNA duplexes and G-quadruplexes by phosphorothiolate linkages

  摘要：

  关于3′-S-磷硫键对RNA·RNA双链体和G-四链体结构稳定性的影响已有研究。在RNA双链体中加入了3′-巯基-2′-脱氧尿苷，热熔解研究表明，形成的3′-S-磷硫键增强了双链体对热变性的稳定性。此外，与预期相反，当同样的硫代核苷酸被引入RNA·DNA双链体的RNA链时，也观察到类似的增强双链体稳定性的效应。通过氧化还原策略制备了适当保护的3′-巯基-2′-脱氧鸟苷衍生物，并且发现该残基位于中间位置时也能提高[d(TGGGGT)]4 G-四链体的热稳定性。研究结果就硫原子对呋喃糖环构象的影响进行了讨论，并暗示，先前注意到的高温下平行RNA四链体的稳定性并非源自2′-羟基的氢键相互作用，而可能是源自构象效应。

  DOI：

  10.1039/c2ob26940f
• 作为产物：
  描述：

  N⁶-benzoyl-5'-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-S-benzoyl-2',3'-dideoxy-3'-thioadenosine 在 水 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 反应 0.75h， 以94%的产率得到N6-benzoyl-5'-dimethoxytrityl-2'-deoxy-3'-thioadenosine
  参考文献：
  名称：

  含有3'- S-硫代磷酸酯键和3'-末端3'-硫代核苷的寡核苷酸的反向合成（5'→3'）†

  摘要：

  含3'- thionucleosides寡脱氧核苷酸的合成已使用反向方向（5'→3'）的方法探讨的基础上，其含有一个或三苯甲基二甲氧基三苯甲基保护的核苷单体3'-硫醇和一个5'- ø -亚磷酰胺。这些单体相对容易制备，因为基于三苯甲基的保护基优先于5'-羟基以3'-硫醇选择性引入。作为替代方法，可以诱导三苯甲基从5'-氧迁移至3'-硫醇功能。5'→3'的合成寡核苷酸的合成相对内部3'-thionucleosides [产生3'- S]的收率相对较低-硫代磷酸酯（3'-SP）键]和多个3'-SP修饰不能通过该方法引入。然而，反向方法提供了以3'-硫代核苷终止的寡核苷酸的有效途径。这些硫封端的低聚物的直接合成以前没有报道，并且所描述的方法适用于衍生自胸腺嘧啶，胞嘧啶和腺嘌呤的2'-脱氧-3'-硫核苷。

  DOI：

  10.1039/b923545k

文献信息

• SYNTHESIS OF OLIGONUCLEOTIDES COMPRISING ACHIRAL 3'-S- OR 5'-S-PHOSPHOROTHIOLATE INTERNUCLEOSIDE LINKAGE
  申请人：Roche Innovation Center Copenhagen A/S

  公开号：EP3491002A2

  公开（公告）日：2019-06-05
• OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS
  申请人：ROCHE INNOVATION CENTER COPENHAGEN A/S

  公开号：US20210309690A1

  公开（公告）日：2021-10-07

  The invention relates to a process for the manufacture of an oligonucleotide comprising at least one non-chiral phosphorothioate intemucleoside linkage of formula (I) wherein R 1 is as defined in the description and in the claims.
• Thermal stabilisation of RNA·RNA duplexes and G-quadruplexes by phosphorothiolate linkages
  作者：Michael M. Piperakis、James W. Gaynor、Julie Fisher、Richard Cosstick

  DOI：10.1039/c2ob26940f

  日期：——

  The effect of 3′-S-phosphorothiolate linkages on the stability of RNA·RNA duplexes and G-quadruplex structures has been studied. 3′-Thio-2′-deoxyuridine was incorporated into RNA duplexes and thermal melting studies revealed that the resulting 3′-S-phosphorothiolate linkages increased the stability of the duplex to thermal denaturation. Additionally, and contrary to expectation, a similar effect on duplex stability was observed when the same thionucleoside was incorporated into the RNA strand of a RNA·DNA duplex. A suitably protected derivative of 3′-thio-2′-deoxyguanosine was prepared using an oxidation–reduction strategy and this residue also increased the thermal stability the [d(TGGGGT)]4 G-quadruplex when positioned centrally. The results are discussed in terms of the influence that the sulfur atom has on the conformation of the furanose ring and imply that the previously noted high thermal stability of parallel RNA quadruplexes is not derived from H-bonding interactions of the 2′-hydroxyl group, but can be attributed to conformational effects.

  关于3′-S-磷硫键对RNA·RNA双链体和G-四链体结构稳定性的影响已有研究。在RNA双链体中加入了3′-巯基-2′-脱氧尿苷，热熔解研究表明，形成的3′-S-磷硫键增强了双链体对热变性的稳定性。此外，与预期相反，当同样的硫代核苷酸被引入RNA·DNA双链体的RNA链时，也观察到类似的增强双链体稳定性的效应。通过氧化还原策略制备了适当保护的3′-巯基-2′-脱氧鸟苷衍生物，并且发现该残基位于中间位置时也能提高[d(TGGGGT)]4 G-四链体的热稳定性。研究结果就硫原子对呋喃糖环构象的影响进行了讨论，并暗示，先前注意到的高温下平行RNA四链体的稳定性并非源自2′-羟基的氢键相互作用，而可能是源自构象效应。
• Reverse-direction (5′→3′) synthesis of oligonucleotides containing a 3′-S-phosphorothiolate linkage and 3′-terminal 3′-thionucleosides
  作者：James W. Gaynor、Michael M. Piperakis、Julie Fisher、Richard Cosstick

  DOI：10.1039/b923545k

  日期：——

  5′-oxygen to the 3′-thiol function. 5′→3′ Synthesis of oligonucleotides gave relatively poor yields for the internal incorporation of 3′-thionucleosides [to give a 3′-S-phosphorothiolate (3′-SP) linkage] and multiple 3′-SP modifications could not be introduced by this method. However, the reverse direction approach provided an efficient route to oligonucleotides terminating with a 3′-thionucleoside

  含3'- thionucleosides寡脱氧核苷酸的合成已使用反向方向（5'→3'）的方法探讨的基础上，其含有一个或三苯甲基二甲氧基三苯甲基保护的核苷单体3'-硫醇和一个5'- ø -亚磷酰胺。这些单体相对容易制备，因为基于三苯甲基的保护基优先于5'-羟基以3'-硫醇选择性引入。作为替代方法，可以诱导三苯甲基从5'-氧迁移至3'-硫醇功能。5'→3'的合成寡核苷酸的合成相对内部3'-thionucleosides [产生3'- S]的收率相对较低-硫代磷酸酯（3'-SP）键]和多个3'-SP修饰不能通过该方法引入。然而，反向方法提供了以3'-硫代核苷终止的寡核苷酸的有效途径。这些硫封端的低聚物的直接合成以前没有报道，并且所描述的方法适用于衍生自胸腺嘧啶，胞嘧啶和腺嘌呤的2'-脱氧-3'-硫核苷。