N-[2-(2-O-4,4'-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N'-[2-(2-O-tert-butyldimethylsilylethoxy)ethyl]-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide | 215297-20-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N-[2-(2-O-4,4'-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N'-[2-(2-O-tert-butyldimethylsilylethoxy)ethyl]-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide
• 英文别名: 7-[2-[2-[Bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]ethoxy]ethyl]-18-[2-[2-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyethoxy]ethyl]-7,18-diazaheptacyclo[14.6.2.22,5.03,12.04,9.013,23.020,24]hexacosa-1(23),2,4,9,11,13,15,20(24),21,25-decaene-6,8,17,19-tetrone；7-[2-[2-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]ethoxy]ethyl]-18-[2-[2-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyethoxy]ethyl]-7,18-diazaheptacyclo[14.6.2.22,5.03,12.04,9.013,23.020,24]hexacosa-1(23),2,4,9,11,13,15,20(24),21,25-decaene-6,8,17,19-tetrone
• CAS: 215297-20-4
• 化学式: C₅₉H₅₈N₂O₁₀Si
• 分子量: 983.202
• InChiKey: LJEBQOUBYNUYBI-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  11.01
• 重原子数：
  72
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[2-(2-O-4,4'-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N'-[2-(2-O-tert-butyldimethylsilylethoxy)ethyl]-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide 在 吡啶 、 氢氟酸 作用下， 以50%的产率得到N-2-[(2-O-4,4′-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N′-2-(2-hydroxyethoxy)ethyl-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide
  参考文献：
  名称：

  用于稳定发夹三链体的萘基和苝基接头

  摘要：

  平面苝和萘基二亚胺接头可用于连接 DNA 三链体的 Watson-Crick 和 Hoogsteen 链，从而提供能够靶向单链核酸并形成发夹三链体的偶联物。平面接头旨在桥接三链复合物的末端碱基三联体，并提供与所有三个残基的碱基堆叠相互作用。已制备了 16 种复合物，每个接头 8 种，一半带有 RNA (R) 靶标，一半带有 DNA (D) 靶标。缀合物序列由两条 DNA 链、两条 2'-O-甲基 RNA (M) 或各条链组成。与用六（乙二醇）接头形成的类似复合物相比，平面接头将复合物的 TM 值提高了 28 °C，ΔG 值表示高达 12。3 kcal/mol 的稳定性相对于简单的乙二醇接头。所有 16 种复合物都通过 TM 测量和 ΔG 测定进行了表征。那个π-堆叠交互...

  DOI：

  10.1021/ja0001714
• 作为产物：
  描述：

  N,N'-bis-[2-(2-O-tert-butyldimethylsilylethoxy)ethyl]-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide 在 吡啶 、 氢氟酸 作用下， 反应 3.0h， 生成 N-[2-(2-O-4,4'-dimethoxytritylethoxy)ethyl]-N'-[2-(2-O-tert-butyldimethylsilylethoxy)ethyl]-3,4,9,10-perylenetetracarboxylic diimide
  参考文献：
  名称：

  用于稳定发夹三链体的萘基和苝基接头

  摘要：

  平面苝和萘基二亚胺接头可用于连接 DNA 三链体的 Watson-Crick 和 Hoogsteen 链，从而提供能够靶向单链核酸并形成发夹三链体的偶联物。平面接头旨在桥接三链复合物的末端碱基三联体，并提供与所有三个残基的碱基堆叠相互作用。已制备了 16 种复合物，每个接头 8 种，一半带有 RNA (R) 靶标，一半带有 DNA (D) 靶标。缀合物序列由两条 DNA 链、两条 2'-O-甲基 RNA (M) 或各条链组成。与用六（乙二醇）接头形成的类似复合物相比，平面接头将复合物的 TM 值提高了 28 °C，ΔG 值表示高达 12。3 kcal/mol 的稳定性相对于简单的乙二醇接头。所有 16 种复合物都通过 TM 测量和 ΔG 测定进行了表征。那个π-堆叠交互...

  DOI：

  10.1021/ja0001714

文献信息

• Naphthalene- and Perylene-Based Linkers for the Stabilization of Hairpin Triplexes
  作者：Susan Bevers、Susan Schutte、Larry W. McLaughlin

  DOI：10.1021/ja0001714

  日期：2000.6.1

  Planar perylene- and naphthalene-based diimide linkers can be employed to tether the Watson-Crick and the Hoogsteen strands of a DNA triplex, thus providing conjugates capable of targeting single-stranded nucleic acids with the formation of hairpin triplexes. The planar linkers are designed to bridge the terminal base triplet of the three-stranded complex and provide base-stacking interactions with

  平面苝和萘基二亚胺接头可用于连接 DNA 三链体的 Watson-Crick 和 Hoogsteen 链，从而提供能够靶向单链核酸并形成发夹三链体的偶联物。平面接头旨在桥接三链复合物的末端碱基三联体，并提供与所有三个残基的碱基堆叠相互作用。已制备了 16 种复合物，每个接头 8 种，一半带有 RNA (R) 靶标，一半带有 DNA (D) 靶标。缀合物序列由两条 DNA 链、两条 2'-O-甲基 RNA (M) 或各条链组成。与用六（乙二醇）接头形成的类似复合物相比，平面接头将复合物的 TM 值提高了 28 °C，ΔG 值表示高达 12。3 kcal/mol 的稳定性相对于简单的乙二醇接头。所有 16 种复合物都通过 TM 测量和 ΔG 测定进行了表征。那个π-堆叠交互...