5'-azido-5'-deoxy-2'-O-triisopropylsilyloxymethyluridine | 1558008-05-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: 5'-azido-5'-deoxy-2'-O-triisopropylsilyloxymethyluridine
• CAS: 1558008-05-1
• 化学式: C₁₉H₃₃N₅O₆Si
• 分子量: 455.586
• InChiKey: NXRUVCUDXFPEIR-VDHUWJSZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.64
• 重原子数：
  31.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.79
• 拓扑面积：
  151.54
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-azido-5'-deoxy-2'-O-triisopropylsilyloxymethyluridine 在 吡啶 、 硫化氢 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 26.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  酰胺是磷酸核苷间键的极佳模拟物，并且在短干扰 RNA 中具有良好的耐受性。

  摘要：

  RNA 干扰 (RNAi) 已成为功能基因组学的重要工具，并具有令人着迷的治疗潜力。然而，目前的短干扰 RNA (siRNA) 设计对于体内应用来说并不是最佳的。非离子磷酸盐主链修饰可能具有改善 siRNA 特性的潜力，但在 RNAi 技术中很少得到探索。使用 X 射线晶体学和 RNAi 活性测定，本研究表明 3'-CH2-CO-NH-5' 酰胺是 RNA 中磷酸二酯核苷间键的极好替代品。晶体结构显示酰胺修饰的RNA形成典型的A型双链体。酰胺羰基指向主沟并呈现类似于磷酸键中的 P-OP2 键的方向。酰胺键通过连接羰基和相邻磷酸氧的串联水充分水合。酰胺在 siRNA 的引导链和过客链的内部位置均具有耐受性，当放置在过客链 5' 端附近时，可能会增加沉默活性。因此，含有八个酰胺键的 siRNA 比未修饰的对照活性更高。结果表明，RNAi 可以耐受更广泛的酰胺修饰，这可能有助于优化体内应用的 siRNA。

  DOI：

  10.1093/nar/gku235
• 作为产物：
  描述：

  5'-azido-5'-deoxyuridine 、 (异丙氧基硅)氯甲烷 在 二丁基二氯化锡 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.5h， 以36%的产率得到5'-azido-5'-deoxy-2'-O-triisopropylsilyloxymethyluridine
  参考文献：
  名称：

  具有三个连续酰胺键的 RNA 的合成、生物物理研究和 RNA 干扰活性†

  摘要：

  合成具有多达三个连续内部酰胺键的 RNA 序列，并使用 UV 和 NMR 光谱进行研究。酰胺修饰不会干扰正常的碱基配对和 A 型 RNA 构象。三个连续的酰胺在 siRNA 的过客链中具有良好的耐受性，并且几乎没有引起 RNAi 活性的变化。

  DOI：

  10.1039/c3ob42532k

文献信息

• Synthesis and Biological Activity of Short Interfering RNAs Having Several Consecutive Amide Internucleoside Linkages
  作者：Venubabu Kotikam、Julien A. Viel、Eriks Rozners

  DOI：10.1002/chem.201903754

  日期：2020.1.13

  interest in chemical modifications of RNA. Replacement of the negatively charged phosphates with neutral amides may be expected to improve bioavailability and cellular uptake of small interfering RNAs (siRNAs) critical for in vivo applications. In this study, we introduced up to seven consecutive amide linkages at the 3'-end of the guide strand of an siRNA duplex. Modified guide strands having four consecutive

  RNA干扰（RNAi）作为研究工具和潜在治疗方法的成功重新激发了人们对RNA化学修饰的兴趣。用中性酰胺取代带负电荷的磷酸盐有望提高生物利用度，并提高对于体内应用至关重要的小分子干扰RNA（siRNA）的细胞吸收。在这项研究中，我们在siRNA双链体的引导链的3'末端引入了多达七个连续的酰胺键。当与在5'端的第一和第二个核苷之间具有一个酰胺修饰的过客链配对时，具有四个连续酰胺键的修饰的引导链保留了较高的RNAi活性。修饰数目的进一步增加降低了RNAi活性；然而，具有六个和七个酰胺键的siRNA仍然显示出有用的靶标沉默。尽管具有9个酰胺键的siRNA双链体保留了一定的沉默活性，但负电荷的部分减少并未使HeLa细胞被动摄取。我们的结果表明，除酰胺键外，还需要进一步的化学修饰，以在不存在转染剂的情况下实现细胞对siRNA的吸收。