3'-O-(t-butyldiphenylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine | 289681-49-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-O-(t-butyldiphenylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine
• 英文别名: 3'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine；1-[(2R,4S,5R)-5-{[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]methyl}-4-{[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]oxy}tetrahydrofuran-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-((2R,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)dione；5’-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-2’-deoxy-3’-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-3,4-dihydrothymidine；TBDPS(-3)[DMT(-5)]2-deoxy-D-eryPenf(b)-thymin-1-yl；1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 289681-49-8
• 化学式: C₄₇H₅₀N₂O₇Si
• 分子量: 783.009
• InChiKey: KSODKMGBMXAOIR-VDXPIPGDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.1
• 重原子数：
  57
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  95.6
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(t-butyldiphenylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine 在 硫酸氢铵 、 对甲苯磺酸 、 六甲基二硅氮烷 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 1,4-脱水-2-脱氧-3-O-[(叔丁基)二苯基硅]-D-赤式-戊-1-烯糖醇
  参考文献：
  名称：

  dA-dT碱基对类似物的合成及其对DNA-配体结合的影响。

  摘要：

  分别制备了含有碱基类似物3-deazaadenine和3-甲基-2-吡啶酮的两种核苷衍生物，作为dA和dT的类似物。在转化成适当保护的亚磷酰胺后，用位点特异性放置的类似物制备DNA序列。当存在于双链DNA序列中时，类似物导致存在于小沟中的一个或两个氢键合官能团（dA的N3-氮和dT的O2-羰基）缺失。已经使用多种DNA序列探测了小沟中两个配体的结合，即4'，6-二dia基-2-苯基吲哚（DAPI）和Hoechst 33258。这些序列包含ad（GAATTC）2核心，该核心具有被一个或多个dA和dT残基取代的类似核苷。DAPI与任何包含两个中心dT残基的O2-羰基的序列牢固结合。dc3A残基的存在在某些情况下确实增强了结合。在中心O 2-羰基之一缺失的情况下，结合显着降低，而在两者都不存在的情况下，未检测到显着结合。类似的，尽管用Hoechst 33258与类似序列结合观察到的结果不太明显。

  DOI：

  10.1006/bioo.2001.1209
• 作为产物：
  描述：

  三氯化苄 在 aluminum (III) chloride 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 6.5h， 生成 3'-O-(t-butyldiphenylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  可再生的amberlyst-15催化糖基二醇的高度区域选择性三苯甲基化和脱保护

  摘要：

  摘要在4,4'-二甲氧基三苯甲基醇（DMTrOH）的温和条件下，Amberlyst-15催化了糖基二醇的高区域选择性三苯甲基化反应。通过向质子溶剂的变化也建立了相应的DMTr基团的脱保护。同时，均相催化剂Amberlyst-15循环使用了3次，保持了令人满意的催化活性，证明了其在工业中的潜在应用。

  DOI：

  10.1080/07328303.2018.1487974

文献信息

• [EN] COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND METHODS FOR SYNTHESIS<br/>[FR] COMPOSÉS, COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS DE SYNTHÈSE
  申请人：WAVE LIFE SCIENCES LTD

  公开号：WO2018237194A1

  公开（公告）日：2018-12-27

  The present disclosure, among other things, provides technologies for synthesis, including reagents and methods for stereoselective synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides compounds useful as chiral auxiliaries. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for oligonucleotide synthesis. In some embodiments, the present disclosure provides reagents and methods for chirally controlled preparation of oligonucleotides. In some embodiments, technologies of the present disclosure are particularly useful for constructing challenging internucleotidic linkages, providing high yields and stereoselectivity.

  本公开内容提供了合成技术，包括用于立体选择性合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了作为手性辅助剂有用的化合物。在某些实施例中，本公开内容提供了用于寡核苷酸合成的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容提供了用于手性控制寡核苷酸制备的试剂和方法。在某些实施例中，本公开内容的技术特别适用于构建具有挑战性的核苷酸间连接，提供高产率和立体选择性。
• COMPOSITIONS AND METHODS FOR CHEMICAL CLEAVAGE AND DEPROTECTION OF SURFACE-BOUND OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：Illumina, Inc.

  公开号：US20190352327A1

  公开（公告）日：2019-11-21

  Embodiments of the present disclosure relate to methods of preparation of templates for polynucleotide sequencing. In particular, the disclosure relates to linearization of clustered polynucleotides in preparation for sequencing by cleavage of one or more first strands of double-stranded polynucleotides immobilized on a solid support by a transition metal complex, for example, a palladium complex or a nickel complex. Further disclosure relate to linearization of clustered polynucleotides by cleaving one or more second strands of double double-stranded polynucleotides immobilized on a solid support comprising azobenzene linker by Na 2 S 2 O 4 . Nucleotides and oligonucleotides comprising a 3′ phosphate moiety blocking group, and methods of removing the same using a fluoride reagent are also disclosed.

  本公开的实施例涉及用于多核苷酸测序模板制备的方法。具体而言，本公开涉及通过过渡金属络合物（例如钯络合物或镍络合物）裂解固定在固体支持物上的双链多核苷酸的一条或多条第一链，以便为测序做准备。进一步公开涉及通过Na2S2O4裂解固定在含有偶氮苯联结剂的固体支持物上的双链多核苷酸的一条或多条第二链来线性化团簇化的多核苷酸。还公开了含有3'磷酸酯基团阻断基团的核苷酸和寡核苷酸，以及使用氟化试剂去除这些基团的方法。
• [EN] THERMALLY-CLEAVABLE PROTECTING AND LINKER GROUPS<br/>[FR] GROUPES PROTECTEURS ET DE LIAISON THERMIQUEMENT CLIVABLES
  申请人：EVONETIX LTD

  公开号：WO2018189546A1

  公开（公告）日：2018-10-18

  The present invention relates to chemical linkers and protecting groups, compounds and compositions containing the chemical linkers or protecting groups, and intermediates and processes that can be used to prepare them. The chemical linkers and protecting groups are based on pyrrolidine and piperidine activating groups, which undergo intramolecular cyclisation upon heating with release of carbon dioxide, thereby releasing the organic compound from a substrate. In particular, those chemical linkers and protecting groups are useful in the solid phase synthesis of oligonucleotides according to the following representative schemes.

  本发明涉及化学连接剂和保护基团，含有化学连接剂或保护基团的化合物和组合物，以及可用于制备它们的中间体和过程。这些化学连接剂和保护基团基于吡咯烷和哌哆啶活化基团，加热后发生分子内环化，并释放二氧化碳，从而释放有机化合物从底物中。特别是，这些化学连接剂和保护基团在寡核苷酸的固相合成中具有用途，具体方案如下。
• Synthesis of Thymidine, Uridine, and 5-Methyluridine Nucleolipids: Tools for a Tuned Lipophilization of Oligonucleotides
  作者：Emma Werz、Rebecca Viere、Gina Gassmann、Sergei Korneev、Edith Malecki、Helmut Rosemeyer

  DOI：10.1002/hlca.201200573

  日期：2013.5

  after complete orthogonal protection of the sugar OH groups, by Mitsunobu reaction with hexadecan‐1‐ol. Some of the nucleolipids were subsequently converted to their 2‐cyanoethyl phosphoramidites (5′ or 3′), one of which was used for an exemplary synthesis of a lipo‐oligonucleotide. The sequence of this lipo‐oligonucleotide is an encoded manifestation of Pythagoras' law, created with a key table in

  将三个嘧啶核苷尿苷（1），5-甲基尿苷（6）和2'-脱氧胸苷（11）转化为两亲核苷。通过引入具有不同碳链长度（即5至17）的对称缩酮部分，将化合物1和6进行了亲脂干燥。N（3）-法呢基化还进一步疏水化了两种缩酮衍生物2b和7a。2'-脱氧胸苷在N（3）上被十六烷基（=十六烷基）残基烷基化，或直接或在完全正交保护糖OH基后，由Mitsunobu进行烷基化与hexadecan-1-ol反应。随后，一些核苷酸被转化为其2-氰基乙基亚磷酰胺（5'或3'），其中之一被用于示例性合成脂寡核苷酸。这种脂寡核苷酸的序列是毕达哥拉斯法则的编码表现形式，它是用一个密钥表创建的，在该密钥表中，字母，0到9的数字以及最常用的数学符号分配给核糖核酸三元组遗传密码。
• Conception and Synthesis of Oxabicyclic Nucleoside Phosphonates as Internucleotidic Phosphate Surrogates in Antisense Oligonucleotide Constructs
  作者：Juan C. Salinas、Jeff Yu、Michael Østergaard、Punit P. Seth、Stephen Hanessian

  DOI：10.1021/acs.orglett.8b02233

  日期：2018.9.7

  The stereocontrolled synthesis of a novel oxabicyclic nucleoside phosphonate comprising a perhydrofuropyran core unit was achieved. It was incorporated in an oligonucleotide sequence as a 5′–3′ phosphonate–phosphate insert, and the stability properties of the resulting duplex were measured. The oxabicyclic nucleoside framework was designed so as to restrict rotation around angles γ, δ, and ε of a natural

  实现了包含全氢呋喃吡喃核单元的新型氧杂双环核苷膦酸酯的立体控制合成。它以5'–3'膦酸酯-磷酸插入物的形式掺入寡核苷酸序列中，并测量了所得双链体的稳定性。设计氧杂双环核苷骨架，以限制围绕天然核苷的角度γ，δ和ε旋转。