N-苯甲酰基-5’-O-[(二异丙基氨基)-(2-氰基乙氧基)氧磷基]-3’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-脱氧腺苷 | 140712-82-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: N-苯甲酰基-5’-O-[(二异丙基氨基)-(2-氰基乙氧基)氧磷基]-3’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-脱氧腺苷
• 中文别名: N-苯甲酰基-5'-O-[(二异丙基氨基)-(2-氰基乙氧基)氧磷基]-3'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧腺苷
• 英文名称: (N6-Benzoyl)-5'-O-[(N,N-diisopropylamino)-(2-cyanoethoxy)phosphinyl]-3'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: N-[9-[(2R,4S,5R)-4-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-5-[[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 140712-82-9
• 化学式: C₄₇H₅₂N₇O₇P
• 分子量: 857.946
• InChiKey: JMABKCCHUAJFJE-AKWFTNRHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.8
• 重原子数：
  62
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.34
• 拓扑面积：
  155
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (4-methoxypyridin-2-yl)methyl hydrogen ((E)-2-((2R,3R,4R,5R)-5-(6-benzamido-9H-purin-9-yl)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)vinyl)phosphonate 、 N-苯甲酰基-5’-O-[(二异丙基氨基)-(2-氰基乙氧基)氧磷基]-3’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-脱氧腺苷 在 2-氯-10-[3-(二甲基氨基)丙基]-7,8-二甲氧基-10H-吩噻嗪 作用下， 以 吡啶 、 水 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  基于乙烯基膦酸酯的环状二核苷酸增强 STING 介导的癌症免疫治疗

  摘要：

  环状二核苷酸 (CDN) 触发干扰素基因环 GMP-AMP 合酶刺激剂 (cGAS-STING) 途径，该途径在胞质 DNA 传感中发挥着关键作用，从而在针对感染、细胞损伤和癌症的免疫调节中发挥着关键作用。然而，CDN 的癌症免疫治疗试验显示免疫激活，但肿瘤并未完全消退。尽管如此，我们还是基于 STING 亲和力筛选试验设计了一类含有乙烯基膦酸酯的新型 CDN。在体外，这些乙烯基膦酸酯 CDN 的酰氧基甲基磷酸酯/膦酸酯前药的效力比临床候选 ADU-S100 强 1000 倍。在体内，先导前药诱导肿瘤特异性 T 细胞启动，并促进 4T1 同基因小鼠乳腺癌模型中的肿瘤消退。此外，我们还解析了与 STING 蛋白结合的配体的晶体结构。因此，我们的研究结果不仅验证了乙烯基膦酸酯 CDN 的治疗潜力，而且还为桥接先天免疫和适应性免疫的癌症免疫治疗药物开发开辟了机会。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2023.115685
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 四氮唑 、 叔丁基二甲基氯硅烷 作用下， 以 吡啶 、 1,2-二氯乙烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 41.0h， 生成 N-苯甲酰基-5’-O-[(二异丙基氨基)-(2-氰基乙氧基)氧磷基]-3’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’-脱氧腺苷
  参考文献：
  名称：

  基于乙烯基膦酸酯的环状二核苷酸增强 STING 介导的癌症免疫治疗

  摘要：

  环状二核苷酸 (CDN) 触发干扰素基因环 GMP-AMP 合酶刺激剂 (cGAS-STING) 途径，该途径在胞质 DNA 传感中发挥着关键作用，从而在针对感染、细胞损伤和癌症的免疫调节中发挥着关键作用。然而，CDN 的癌症免疫治疗试验显示免疫激活，但肿瘤并未完全消退。尽管如此，我们还是基于 STING 亲和力筛选试验设计了一类含有乙烯基膦酸酯的新型 CDN。在体外，这些乙烯基膦酸酯 CDN 的酰氧基甲基磷酸酯/膦酸酯前药的效力比临床候选 ADU-S100 强 1000 倍。在体内，先导前药诱导肿瘤特异性 T 细胞启动，并促进 4T1 同基因小鼠乳腺癌模型中的肿瘤消退。此外，我们还解析了与 STING 蛋白结合的配体的晶体结构。因此，我们的研究结果不仅验证了乙烯基膦酸酯 CDN 的治疗潜力，而且还为桥接先天免疫和适应性免疫的癌症免疫治疗药物开发开辟了机会。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2023.115685

文献信息

• DNA-porphyrin hybrids as reaction centers for photosensitized ene reactions with singlet oxygen
  作者：Rüdiger Haug、Helmut Griesser、Thomas Sabirov、Clemens Richert

  DOI：10.1142/s1088424612500484

  日期：2012.5

  conditions for 2 h with less than 35% oxidation of the DNA chain. An assay measuring the diastereo- and enantioselectivity of the photosensitized ene reaction of mesitylol with singlet oxygen was set up that provides diastereomeric ratios via NMR of aliquots of the reaction solution. Enantiomers were separated gas chromatographically on a chiral stationary phase and were assigned based on the product distribution

  DNA介导的纳米结构的最新发展为新型反应中心的发展铺平了道路。作为卟啉催化反应的纳米结构反应中心项目的一部分，我们开发了四（对羟基苯基）卟啉-寡核苷酸杂化物的固相合成。在这些杂合体中，多达四个核酸链通过磷酸二酯键与卟啉的酚取代基相连。发现具有 TTAA 序列的一条寡核苷酸链的代表性杂种在有氧条件下可在光照射下存活 2 小时，且 DNA 链的氧化低于 35%。建立了一种测定异丙醇与单线态氧的光敏烯反应的非对映选择性和对映选择性的测定法，该测定法通过反应溶液等分试样的 NMR 提供非对映异构体比率。对映异构体在手性固定相上进行气相色谱分离，并根据对映异构体富集的起始材料获得的产物分布进行分配。我们的结果是探索基于 DNA 和卟啉的纳米结构反应介质的起点。
• A porphycene-DNA hybrid and its DNA-templated interactions with a porphyrin
  作者：Rüdiger Haug、Clemens Richert

  DOI：10.1142/s1088424612500575

  日期：2012.5

  A porphycene with a hydroxyethyl side chain was coupled to the 3′-terminus of an oligodeoxynucleotide via solid-phase synthesis. The resulting porphycene-DNA hybrid binds to a complementary region of a DNA target strand with greater affinity than the unmodified control oligonucleotide, resulting in an increase of the UV-melting point of 12.7 °C. Duplex formation is accompanied by an increase in porphycene fluorescence at 640 nm by 18%. When a tetrakis(p-hydroxyphenyl)porphyrin appended to the 5′-terminus of another DNA-strand is brought into close proximity of the porphycene by hybridizing it to the downstream-region of the template strand, 94% of the porphycene fluorescence is quenched. By quenching each others fluorescence to different degrees, porphycene and porphyrin, together, report on local DNA structure in a fashion reminiscent of that of molecular beacons. The introduction of porphycenes and the porphycene-porphyrin "two hybrid system'' to DNA-based structuring may open up new avenues to designed functional materials.

  通过固相合成将带有羟乙基侧链的卟吩与寡聚脱氧核苷酸的 3′-末端偶联。与未修饰的对照寡核苷酸相比，卟吩-DNA 杂交产物与 DNA 目标链互补区的结合亲和力更大，从而使紫外熔点提高了 12.7 °C。双链形成的同时，640 纳米波长处的卟吩荧光增加了 18%。当连接到另一条 DNA 链 5′-末端的四(对羟基苯基)卟啉与模板链下游区域杂交，使其靠近卟吩时，94% 的卟吩荧光被淬灭。通过在不同程度上淬灭彼此的荧光，卟吩和卟啉以类似分子信标的方式共同报告 DNA 的局部结构。将卟吩和卟吩-卟啉 "双杂交系统 "引入基于 DNA 的结构设计，可能会为设计功能材料开辟新的途径。
• Four-Color, Enzyme-Free Interrogation of DNA Sequences with Chemically Activated, 3′-Fluorophore-Labeled Nucleotides
  作者：Niels Griesang、Kerstin Gießler、Tanja Lommel、Clemens Richert

  DOI：10.1002/anie.200600804

  日期：2006.9.18
• RNASE L ACTIVATORS AND ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES EFFECTIVE TO TREAT RSV INFECTIONS
  申请人：NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH

  公开号：EP1007655A1

  公开（公告）日：2000-06-14
• RNase L activator-antisense complexes
  申请人：The Cleveland Clinic Foundation

  公开号：US20030203356A1

  公开（公告）日：2003-10-30

  The present invention relates to methods of targeting RNA and is particularly useful for inhibiting infection by RNA viruses with complexes of an activator of RNase L and an oligonucleotide that is capable of binding to the genome, antigenome or mRNAs of a target RNA (e.g. a negative strand RNA virus) to specifically cleave the genomic or antigenomic RNA strand of the target RNA (e.g. the virus). The invention in one embodiment relates to a covalently linked complex of an oligonucleotide that is capable of binding to the genomic or antigenomic template RNA strand of a negative strand RNA virus and/or binding to an mRNA of a viral protein (an “antisense oligonucleotide”) coupled to an activator of RNase L. In a preferred embodiment of the present invention, the oligonucleotide component of the complex is complementary to a region of the viral genomic RNA strand characterized by repeated or consensus sequences.