开发针对严重急性呼吸综合征
冠状病毒 2 (
SARS-CoV-2) 蛋白的小分子抗病毒药物对于对抗 2019 年
冠状病毒病 (COVID-19) 至关重要。
SARS-CoV-2 主要
蛋白酶 (M pro ) 是设计
蛋白酶抑制剂的既定药物靶点。我们对与酶的底物结合亚位点 S1 和
S2 结合的非共价化合物进行了构效关系 (
SAR) 研究,揭示了这些位点的结构、电子和静电决定因素。该研究以 M pro与 Mcule-5948770040(化合物1 )复合的 X 射线/中子结构为指导,其中质子化状态直接可视化。采用虚拟现实辅助结构分析和小分子构建来生成1的类似物。体外酶抑制测定和室温 X 射线结构证明了
化学修饰对 M pro抑制的影响,表明(1)维持
抑制剂 P1 基团的正确几何形状对于保留与质子化的 His163 的
氢键至关重要; (2)优选带正电荷的接头; (3) 亚位点
S2 更喜欢体积较小的适度电负性基团。