(1R,5R,7R,8S)-5-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-8-hydroxy-2-trifluoroacetyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (1R,5R,7R,8S)-5-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-8-hydroxy-2-trifluoroacetyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
• 英文别名: 1-[(1R,5R,7R,8S)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-8-hydroxy-2-(2,2,2-trifluoroacetyl)-6-oxa-2-azabicyclo[3.2.1]octan-7-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₃₅H₃₄F₃N₃O₈
• 分子量: 681.665
• InChiKey: BDOZPSVRNLYYKF-OFAGRQRFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.9
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.34
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,5R,7R,8S)-5-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-8-hydroxy-2-trifluoroacetyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以61%的产率得到8-(2-(cyanoethoxy(diisopropylamino)-phosphinoxy))-5-(4,4'-dimethoxy-trityloxymethyl)-2-trifluoroacetyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977
• 作为产物：
  描述：

  (1R,5R,7R,8S)-8-hydroxy-5-hydroxymethyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 (1R,5R,7R,8S)-5-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-8-hydroxy-2-trifluoroacetyl-7-(thymin-1-yl)-2-aza-6-oxabicyclo[3.2.1]octane
  参考文献：
  名称：

  构象受限的 2'-N,4'-C-乙烯桥连胸苷 (Aza-ENA-T)：Aza-ENA-T 修饰寡核苷酸的合成、结构、物理和生化研究

  摘要：

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja0634977

文献信息

• 2′-N-Guanidino,4′-C-ethylene bridged thymidine (GENA-T) modified oligonucleotide exhibits triplex formation with excellent enzymatic stability
  作者：Jharna Barman、Deepanjali Gurav、Oommen P. Oommen、Oommen P. Varghese

  DOI：10.1039/c4ra14721a

  日期：——

  characterization of a new 2′-N-Guanidino,4′-C-ethylene bridged thymidine (GENA-T) modified oligonucleotide possessing North-locked sugar conformation. Incorporation of GENA-T nucleotide though did not change the thermal stability of the oligonucleotides toward the complementary RNA; it significantly increased the stability of the parallel triplex at pH 7. The melting temperature of the triplex was increased by

  在这里，我们介绍一种新的2'- N -Guanidino，4'- C的合成和表征乙桥胸腺嘧啶核苷（GENA-T）修饰的寡核苷酸具有北锁糖构象。尽管掺入GENA-T核苷酸并没有改变寡核苷酸对互补RNA的热稳定性；它在pH 7时显着提高了平行三链体的稳定性。与等序未修饰序列相比，三链体的解链温度提高了+9.5°C。此外，这种修饰使寡核苷酸具有超过33小时的出色核酸酶稳定性。这项研究清楚地证明，GENA-T修饰的寡核苷酸可以改善三链体的形成，并具有惊人的酶稳定性，可用于各种生物医学应用。
• WO2007/145593
  申请人：——

  公开号：——

  公开（公告）日：——