细菌 DNA 滑动钳 (SC) 或复制持续性因子是开发新型抗生素的有希望的目标。我们报告了在大肠杆菌SC ( Ec SC) 结合口袋内相互作用的一系列新肽的结构-活性关系研究。探索了各种修饰,包括肽键的 N-烷基化、N-末端部分的延伸以及在 C-末端引入疏
水性和受约束的残基。在每个类别中,鉴定出增加对Ec SC 的亲和力的单一修饰。与具有K d的亲本肽相比,这些修饰的组合在几种情况下产生了显着增加的亲和力在 30-80 nM 的范围内。11 种肽/ Ec SC 共晶体的 X 射线结构分析揭示了肽-蛋白质界面处的新相互作用(即堆叠相互作用、氢键和疏
水接触),这可以解释改进的结合。还发现最好的粘合剂中的几种化合物在抑制 SC 依赖性 DNA 合成方面更有效。