tert-butyl 4-((6-formylpyridin-2-yl)methyl)piperazine-1-carboxylate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪烷类
• 英文名称: tert-butyl 4-((6-formylpyridin-2-yl)methyl)piperazine-1-carboxylate
• 英文别名: Tert-butyl 4-((6-formylpyridin-2-yl)methyl)piperazine-1-carboxylate；tert-butyl 4-[(6-formylpyridin-2-yl)methyl]piperazine-1-carboxylate
• 化学式: C₁₆H₂₃N₃O₃
• 分子量: 305.377
• InChiKey: IXDMALCSMVMKLX-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.2
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  62.7
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  tert-butyl 4-((6-formylpyridin-2-yl)methyl)piperazine-1-carboxylate 在 盐酸 、 sodium tetrahydroborate 、 silica gel 、 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 14.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  生物启发的硝基烷基化用于选择性蛋白质修饰和肽钉合。

  摘要：

  硝基烷与醛发生特异性反应，提供快速，稳定和化学选择性的蛋白质生物结合。这些硝基烷基化的蛋白质模拟蛋白质的关键翻译后修饰（PTM），可用于了解这些PTM在细胞过程中的作用。这里通过将各种标签（例如NMR标签，荧光标签，亲和标签和炔烃标签）附着到蛋白质上来说明这种生物共轭的底物范围。标记后，修饰蛋白的结构和酶活性保持保守。值得注意的是，由于硝基烷烃基团具有独特的指纹图谱，因此可通过质谱法轻松表征蛋白质。重要的是，硝基烷基化的肽为肽的位点选择性氟化提供了新的方法，因此，通过19 F NMR光谱法安装了特异性探针来研究肽-蛋白质相互作用。此外，硝基烷试剂可用于肽的后期多样化和肽钉的合成。

  DOI：

  10.1002/anie.201908593
• 作为产物：
  描述：

  6-(羟基甲基)吡啶甲醛 在 potassium carbonate 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 17.0h， 生成 tert-butyl 4-((6-formylpyridin-2-yl)methyl)piperazine-1-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  蛋白酶底物分析的化学策略。

  摘要：

  二肽基肽酶（DPP）通过脯氨酸从其氨基末端裂解后的二肽裂解来调节激素，细胞因子和神经肽。由于技术挑战，许多DPP基材仍然未知。在这里，我们介绍了一种简单的方法，称为CHOPS（蛋白酶底物的化学富集），用于发现蛋白酶底物。CHOPS利用了2-吡啶甲醛（2PCA）-生物素探针，该探针选择性地将蛋白N-末端生物素化，除了脯氨酸在第二位的蛋白质。从理论上讲，CHOPS可以发现任何蛋白酶的底物，但特别适合发现经典的DPP底物，因为裂解的但不是完整的DPP底物可以通过凝胶电泳或质谱法鉴定。使用CHOPS，我们显示DPP8和DPP9是通过未知机制控制Nlrp1炎症小体的酶，不要直接切割Nlrp1。我们进一步表明，DPP9可以强健地切割短肽，但不能切割全长蛋白。更一般而言，这项工作描述了一种用于鉴定蛋白酶底物的实用技术，我们预计它将补充可用的“ N-terminomic”方法。

  DOI：

  10.1016/j.chembiol.2019.03.007

文献信息

• Modular, Bioorthogonal Strategy for the Controlled Loading of Cargo into a Protein Nanocage
  作者：Lise Schoonen、Selma Eising、Mark B. van Eldijk、Jaleesa Bresseleers、Margo van der Pijl、Roeland J. M. Nolte、Kimberly M. Bonger、Jan C. M. van Hest

  DOI：10.1021/acs.bioconjchem.7b00815

  日期：2018.4.18

  site-specific N-terminal protein modification was employed. This method allowed the successful modification of the proteins, and was applied for the introduction of a bioorthogonal vinylboronic acid moiety. In a subsequent reaction, the proteins could be modified further with a fluorophore using the tetrazine ligation. The application of capsid assembly conditions on the functionalized proteins led to successful

  病毒衣壳，即没有遗传物质的病毒，是适用于生物医学应用（如药物输送和诊断成像）的纳米载体。为此目的，将货物可靠地封装在这种蛋白质纳米笼中至关重要，这可以通过将目标化合物与笼子内部的蛋白质结构域共价结合来实现。这种方法对the豆绿叶斑驳病毒（CCMV）的衣壳蛋白特别有效，这些蛋白的N末端位于衣壳结构内部。在这里，我们检查了几种在CCMV蛋白N端共价连接和包裹货物的位点选择性修饰方法。最初，我们探索了引入N末端叠氮化物功能的方法，这将允许随后使用应变炔烃进行生物正交修饰，以连接所需的货物。由于这些方法显示出与CCMV衣壳蛋白的相容性问题，因此采用了基于2-吡啶甲醛进行位点特异性N末端蛋白修饰的策略。该方法成功修饰了蛋白质，并被用于引入生物正交的乙烯基硼酸部分。在随后的反应中，可以使用四嗪连接，用荧光团进一步修饰蛋白质。衣壳装配条件在功能化蛋白质上的应用导致成功的颗粒形成，显示了这种共价包封策略的
• TETRA-FUNCTIONAL CHEMICAL PROBE AND METHOD FOR IDENTIFYING TARGET MEMBRANE PROTEIN FROM LIVING CELL OR LIVING TISSUE BY USING SAID PROBE
  申请人：Otsuka Pharmaceutical Co., Ltd.

  公开号：EP3981772A1

  公开（公告）日：2022-04-13

  A tetra-functional compound contains a ligand-binding moiety (A) or ligand, a reactive moiety (D), a cleavable moiety (E), and a biotin tag (B), which are linked optionally via a spacer, wherein the ligand-binding moiety (A) is an activated functional group such as an amine-reactive group, or a reactive functional group such as -COOH; the reactive moiety (D) is a group having the structure of a compound such as 2-aryl-5-carboxytetrazole; the cleavable moiety (E) is a group having the structure of a compound such as 1-(4,4-dimethyl-2,6-dioxocyclohex-1-ylidene)ethyl; and the spacer is a group such as a linear or branched alkylene group having one or more carbon atoms, substituted with a crosslinking group.

  一种四官能团化合物包含一个配体结合基团（A）或配体、一个反应基团（D）、一个可裂解基团（E）和一个生物素标签（B），它们可选择通过间隔物连接，其中配体结合基团（A）是一个活化的官能团，如胺反应基团，或一个反应性官能团，如-COOH；活性基团（D）是具有 2-芳基-5-羧基四氮唑等化合物结构的基团；可裂解基团（E）是具有 1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代环己-1-亚基)乙基等化合物结构的基团；以及间隔物是具有一个或多个碳原子并被交联基团取代的线性或支链烯基等基团。
• Advancing In-Depth N-Terminomics Detection with a Cleavable 2-Pyridinecarboxyaldehyde Probe
  作者：Xiaohan Song、Xuelian Ren、Qi Mei、Hong Liu、He Huang

  DOI：10.1021/jacs.4c02222

  日期：2024.3.13

  development. Herein, we have developed a cleavable 2-pyridinecarboxyaldehyde probe (2PCA-Probe) that enables efficient and in-depth N-terminomics detection, addressing limitations of previous methods. Furthermore, we unexpectedly discovered a new marker capable of identifying N-terminal chemical labeling with the 2PCA-Probe and elucidated the reaction mechanism. Using this probe, we identified 4686 N-terminal

  蛋白水解是蛋白酶催化的不可逆翻译后修饰，在各种生物过程中发挥着至关重要的作用。探索病理组织中异常水解的蛋白质是阐明疾病发展机制的重要方法。在此，我们开发了一种可裂解的 2-吡啶甲醛探针 (2PCA-Probe)，可实现高效、深入的 N 末端组学检测，解决了先前方法的局限性。此外，我们意外地发现了一种能够用2PCA-Probe识别N端化学标记的新标记，并阐明了反应机制。使用该探针，我们在结直肠癌和癌旁组织中鉴定了 4686 个 N 端肽，显着扩展了 N 端组的深度，揭示了异常蛋白水解在结直肠癌发展中的潜在作用。
• [EN] TETRA-FUNCTIONAL CHEMICAL PROBE AND METHOD FOR IDENTIFYING TARGET MEMBRANE PROTEIN FROM LIVING CELL OR LIVING TISSUE BY USING SAID PROBE<br/>[FR] SONDE CHIMIQUE TÉTRA-FONCTIONNELLE ET PROCÉDÉ D'IDENTIFICATION D'UNE PROTÉINE MEMBRANAIRE CIBLE À PARTIR D'UNE CELLULE VIVANTE OU D'UN TISSU VIVANT À L'AIDE DE LADITE SONDE<br/>[JA] 四官能性ケミカルプローブ、及び該プローブを用いた生細胞または生組織からの標的膜タンパク質の同定方法
  申请人：OTSUKA PHARMA CO LTD

  公开号：WO2020246602A1

  公开（公告）日：2020-12-10

  リガンド結合部位（Ａ）またはリガンド、反応性部位（Ｄ）、切断可能部位（Ｅ）、及びビオチン部位（Ｂ）が、必要に応じてスペーサーを介して、連結してなる四官能性化合物であって、前記リガンド結合部位（Ａ）は、アミン反応性基等の活性化官能基、または－ＣＯＯＨ等の反応性官能基であり、前記反応性部位（Ｄ）は、2-アリール-5-カルボキシテトラゾール等の化合物の構造を有する基であり、前記切断可能部位（Ｅ）は、1-(4,4-ジメチル-2,6-ジオキソシクロヘキ-1-イリデン)エチル等の化合物の構造を有する基であり、前記スペーサーが、直鎖または分岐鎖状の炭素数１以上のアルキレン基等の架橋基で置換されてなる基である、四官能性化合物。