5'-S-(4,4'-dimethoxytrityl)-5'-thiothymidine | 177738-46-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-S-(4,4'-dimethoxytrityl)-5'-thiothymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5S)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]sulfanylmethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 177738-46-4
• 化学式: C₃₁H₃₂N₂O₆S
• 分子量: 560.671
• InChiKey: KCGUKZURWNQWNF-UPRLRBBYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.287±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.2
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  123
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 5'-S-(4,4'-dimethoxytrityl)-5'-thiothymidine 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 以73%的产率得到5'-S-(4,4'-dimethoxytrityl)-5'-thiothymidine 3'-(2-cyanoethyl-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  DNA阵列的新概念

  摘要：

  摘要我们将在寡聚脱氧核苷酸中插入一个切割位点，可用于选择性和定量切割。因此，我们合成了四个5'-S-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-巯基-2'-脱氧核苷酸-3'-O-（2-氰基乙氧基二异丙基氨基）-亚磷酸酯（5a–d）。描述了PS和CS键的裂解（Mag，M .;Lücking，S .; Engels，JW合成和选择性裂解含有桥连的核苷酸间5'-硫代磷酸酯键的低聚脱氧核苷酸Nucleic Acids Res。1991，19（7 ），1437–1441;万豪酒店，JH; Mottahedeh，M .;里斯（Reese），CB 9-（4-甲氧基苯基）氧杂蒽-9-硫醇：一种有用的硫醇试剂。Tetrahedron Lett。1990，31（51）， 7485–7488； Divakar，KJ； Mottoh，A。； Reese，CB； Shanghvi，YS合成嘧啶核糖苷2'硫代类似物的方法。珀金（

  DOI：

  10.1081/ncn-120023015
• 作为产物：
  描述：

  5-O-(4-甲基苯基磺酰基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 盐酸 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 丙酮 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 5'-S-(4,4'-dimethoxytrityl)-5'-thiothymidine
  参考文献：
  名称：

  基于合成5'- S-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-2'-脱氧-5'-硫代核苷亚磷酰胺的新策略的可裂解的寡脱氧核苷酸的高效固相合成

  摘要：

  通过使用四个5'- S-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-2'-脱氧-5'-硫代核苷3'-（2-氰基乙基二异丙基亚磷酰胺基）5可以实现将特定切割位点掺入寡脱氧核苷酸中和15a – c（图1）。基于银离子对PS和CS键的裂解，我们通过固相亚磷酰胺合成了具有非手性5'-硫代磷酸酯键3'–O–P–S–5'的寡脱氧核苷酸。这些修饰的寡脱氧核苷酸的有效裂解可通过HPLC，PAGE和表面等离振子共振（SPR）光谱进行检测。释放的5'-硫醇部分可直接用于带有适当功能化的报告基团的反应后标记。

  DOI：

  10.1002/hlca.200490252

文献信息

• A New Concept for DNA-Arrays
  作者：Kerstin Jahn-Hofmann、Nancy Holzhey、Thomas Ellinger、Joachim W. Engels

  DOI：10.1081/ncn-120023015

  日期：2003.10

  will insert a cleavage site in an oligodeoxynucleotide, which can be used for a selective and quantitative cleavage. For that reason we synthesized the four 5′-S-(4,4′-dimethoxytrityl)-mercapto-2′-deoxynucleotide-3′-O-(2-cyanoethoxydiisopropylamino)-phosphites ( 5a–d ). The cleavage of P-S and C-S bonds is described (Mag, M.; Lücking, S.; Engels, J.W. Synthesis and selective cleavage of an oligodeoxy-nucleotide

  摘要我们将在寡聚脱氧核苷酸中插入一个切割位点，可用于选择性和定量切割。因此，我们合成了四个5'-S-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-巯基-2'-脱氧核苷酸-3'-O-（2-氰基乙氧基二异丙基氨基）-亚磷酸酯（5a–d）。描述了PS和CS键的裂解（Mag，M .;Lücking，S .; Engels，JW合成和选择性裂解含有桥连的核苷酸间5'-硫代磷酸酯键的低聚脱氧核苷酸Nucleic Acids Res。1991，19（7 ），1437–1441;万豪酒店，JH; Mottahedeh，M .;里斯（Reese），CB 9-（4-甲氧基苯基）氧杂蒽-9-硫醇：一种有用的硫醇试剂。Tetrahedron Lett。1990，31（51）， 7485–7488； Divakar，KJ； Mottoh，A。； Reese，CB； Shanghvi，YS合成嘧啶核糖苷2'硫代类似物的方法。珀金（
• COPOLYMERE NUCLEOTIDE(S)/POLYMERE CONDUCTEUR ELECTRONIQUE, SON PROCEDE DE PREPARATION ET SON UTILISATION
  申请人：CIS BIO INTERNATIONAL

  公开号：EP0691978A1

  公开（公告）日：1996-01-17
• US5837859A
  申请人：——

  公开号：US5837859A

  公开（公告）日：1998-11-17
• US6197949B1
  申请人：——

  公开号：US6197949B1

  公开（公告）日：2001-03-06
• [EN] ELECTRONICALLY CONDUCTIVE POLYMER/NUCLEOTIDE COPOLYMER, PREPARATION METHOD THEREFOR AND USE THEREOF<br/>[FR] COPOLYMERE NUCLEOTIDE(S)/POLYMERE CONDUCTEUR ELECTRONIQUE, SON PROCEDE DE PREPARATION ET SON UTILISATION
  申请人：CIS BIO INTERNATIONAL

  公开号：WO1994022889A1

  公开（公告）日：1994-10-13

  (EN) A copolymer of general formula (I), wherein unit A is a monomer of an electronically conductive polymer, unit B is a nucleotide, an oligonucleotide or an analogue thereof, x, y, z are integers of 1 or higher or y is 0, and $i(l) is a covalent bond, or a spacer arm. Methods for preparing said polymer and its use, in particular for nucleic acid synthesis, sequencing and hybridization, are also disclosed.(FR) L'invention concerne un copolymère, caractérisé en ce qu'il répond à la formule générale (I) dans laquelle l'unité A représente un monomère d'un polymère conducteur électronique, l'unité B représente un nucléotide, un oligonucléotide ou un de leurs analogues, x, y et z représentent des nombres entiers égaux ou supérieurs à 1, ou y peut être égal à 0, et $i(l) représente une liaison covalente, ou un bras espaceur. L'invention englobe également des procédés de préparation dudit polymère, ainsi que ses utilisations, en particulier pour la synthèse et le séquençage, et l'hybridation des acides nucléiques.