(R_P)-5'-O-(4,4-dimethoxytrityl)-2'-thymidylyl-(3'->5')-3'-O-<1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl>-thymidine 3'-H-phosphonate | 252897-94-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (R_P)-5'-O-(4,4-dimethoxytrityl)-2'-thymidylyl-(3'->5')-3'-O-<1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl>-thymidine 3'-H-phosphonate
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-thymidylyl-3'-O-tert-butyl-dimethylsilylthymidine-3'-H-phosphonate；(Rp)-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidin-5′-yl 5′-O-dimethoxytritylthymidin-3′-yl H-phosphonate；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidin-5'-yl H-phosphonate；1-[(2R,4S,5R)-5-[[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-oxidophosphaniumyl]oxymethyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 252897-94-2
• 化学式: C₄₇H₅₉N₄O₁₃PSi
• 分子量: 947.064
• InChiKey: BPUSWRQXAOTBGV-WQWXBUOQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.42
• 重原子数：
  66
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  196
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R_P)-5'-O-(4,4-dimethoxytrityl)-2'-thymidylyl-(3'->5')-3'-O-<1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl>-thymidine 3'-H-phosphonate 在 sulfur 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 乙醚 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 18.0h， 生成 (Rp)-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidin-5′-yl 5′-O-dimethoxytritylthymidin-3′-yl S-phenylphosphorothioate
  参考文献：
  名称：

  硫代磷酸二酯及相关化合物与二芳基碘盐的无金属 S-芳基化

  摘要：

  我们使用二芳基碘盐开发了硫代磷酸二酯的直接无金属S-芳基化。该方法允许在简单条件下制备范围广泛的S-芳基硫代磷酸酯，包括复杂分子（例如，二核苷酸或 TADDOL 衍生物），以及在硫属元素芳基化的其他相关有机磷化合物。反应在磷原子处完全保留立体异构中心的情况下进行，从而方便地获得 P-手性产物。使用DFT计算建立了反应机理。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.2c04310
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-(叔丁基二甲基硅烷基)胸苷 在 N-甲基咪唑 、 叔丁基过氧化氢 、 三乙基碳酸氢铵缓冲液 、 三氟乙酸吡啶 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.33h， 生成 (R_P)-5'-O-(4,4-dimethoxytrityl)-2'-thymidylyl-(3'->5')-3'-O-<1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl>-thymidine 3'-H-phosphonate
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of dinucleoside acylphosphonites by phosphonodiamidite chemistry and investigation of phosphorus epimerization

  摘要：

  二酰胺基体(iPr2N)2PH与酰氯反应失去HCl，生成相应的酰基二酰胺基体RC(O)P(N(iPr)2)2(R=Me(7),Ph(9))，无需钠介入形成磷负离子。单晶X射线衍射证实了9的结构。使用N-甲基咪唑三氟甲磺酸盐作为活化剂，将二酰胺基体7和9与5'-O-DMTr-胸腺嘧啶偶联，生成单酰基二核苷酸3'-O-(P(N(iPr)2)C(O)R)-5'-O-DMTr-胸腺嘧啶。使用吡啶三氟乙酸盐/N-甲基咪唑作为活化剂，进一步将其与3'-O-(tert-丁基二甲基硅基)胸腺嘧啶偶联。新的二核苷酸酰基膦酸酯可以被进一步氧化、水解为H-膦酸酯，并硫化为已知的对映异构体膦硫酸酯混合物。本研究的目的是测量酰基膦酸酯反转壁垒，预计类似于酰基膦的低壁垒，但实验结果表明其壁垒较高，150°C以下未检测到外消旋反应，与此一致，密度泛函理论计算得到的反转壁垒超过40 kcal/mol。

  DOI：

  10.3762/bjoc.11.19

文献信息

• Microwave-Assisted Palladium-Catalyzed Cross-Coupling of Aryl and Vinyl Halides with H-Phosphonate Diesters
  作者：Marcin Kalek、Asraa Ziadi、Jacek Stawinski

  DOI：10.1021/ol801935r

  日期：2008.10.16

  bond was developed. Using a prevalent palladium catalyst, Pd(PPh3)4, a quantitative cross-coupling of various H-phosphonate diesters with aryl and vinyl halides was achieved in less than 10 min. The reactions occurred with retention of configuration at the phosphorus center and in the vinyl moiety. Using this protocol, several C-phosphonates, including those bearing nucleoside and cholesteryl moieties

  开发了一种微波辅助CP键形成的通用有效方法。使用一种流行的钯催化剂Pd（PPh3）4，在不到10分钟的时间内即可实现各种H-膦酸酯二酯与芳基卤化物和乙烯基卤化物的定量交叉偶联。在磷中心和乙烯基部分保留构型的情况下发生反应。使用该方案，可以高收率制备数种C-膦酸酯，包括带有核苷和胆固醇基部分的C-膦酸酯。
• Novel, Stereoselective and Stereospecific Synthesis of Allenylphosphonates and Related Compounds via Palladium-Catalyzed Propargylic Substitution
  作者：Marcin Kalek、Jacek Stawinski

  DOI：10.1002/adsc.201100119

  日期：2011.7

  allenylphosphonates and related compounds based on a palladium(0)‐catalyzed reaction of propargylic derivatives with H‐phosphonate, H‐phosphonothioate, H‐phosphonoselenoate, and H‐phosphinate esters. The reaction is stereoselective and stereospecific, and provides a convenient entry to a vast array of allenylphosphonates and their analogues with diverse substitution patterns in the allenic moiety and at the phosphorus

  我们开发了一种新的合成烯丙基膦酸酯和相关化合物的方法，该方法基于钯（0）催化的炔丙基衍生物与H-膦酸酯，H-膦酰硫代酸酯，H-膦酰基油酸酯和H-膦酸酯的反应。该反应是立体选择性的和立体特异性的，并且提供了进入大量烯丙基膦酸酯及其类似物的便利入口，所述烯丙基膦酸酯及其类似物在所述烯丙基部分和在磷中心具有不同的取代模式。还研究了这种新反应的一些机理方面。
• Palladium-Catalyzed Propargylic Substitution with Phosphorus Nucleophiles: Efficient, Stereoselective Synthesis of Allenylphosphonates and Related Compounds
  作者：Marcin Kalek、Tommy Johansson、Martina Jezowska、Jacek Stawinski

  DOI：10.1021/ol102121j

  日期：2010.10.15

  A new, efficient method is developed, based on a palladium(0)-catalyzed reaction of propargylic derivatives with various phosphorus nucleophiles, to produce allenylphosphonates and their analogues with defined stereochemistry in the allenic and the phosphonate moiety.

  基于炔丙基衍生物与各种磷亲核试剂的钯（0）催化反应，开发了一种新的有效方法，以制备烯丙基膦酸酯及其类似物，该烯丙基膦酸酯及其类似物在烯丙基和膦酸酯部分中具有确定的立体化学。
• Synthesis of oligodeoxyribonucleotides containing hydroxymethylphosphonate bonds in the phosphoramidite method and their hybridization properties
  作者：Akihiro Ohkubo、Katsufumi Aoki、Yusuke Ezawa、Yuichi Sato、Haruhiko Taguchi、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1016/j.tetlet.2005.10.082

  日期：2005.12

  A set of diastereomeric TpT phosphoramidite building blocks, 1-f and 1-s, containing an alkaline-labile hydroxymethylphosphonate (HMP) linkage were synthesized. Dodecadeoxynucleotides incorporating the HMP bond were also synthesized by use of each stereochemically pure dimer block under mild conditions in the N-unprotected phosphoramidite method. Moreover, it turned out that HMP-oligonucleotides derived

  合成了一组非对映异构的TpT亚磷酰胺结构单元1 - f和1 - s，其中包含对碱不稳定的羟甲基膦酸酯（HMP）键。还通过在N-未保护的亚磷酰胺方法中在温和条件下使用每个立体化学纯的二聚体嵌段来合成掺入了HMP键的十二烷氧基核苷酸。此外，结果表明，与含有慢洗脱二聚体的DNA相比，衍生自快速洗脱二聚体嵌段的HMP-寡核苷酸对DNA单链和双链具有更高的亲和力。
• Palladium(0)-Catalyzed Benzylation of H-Phosphonate Diesters: An Efficient Entry to Benzylphosphonates
  作者：Jacek Stawinski、Gaston Lavén

  DOI：10.1055/s-0028-1087522

  日期：——

  the condensation using Mitsunobu reaction of H-phosphonate function and nucleoside has been studied. Efficient protocols for the synthesis of nucleoside H-phosphonate monoester were developed. The last chapter deals with development of silylation-mediated transesterfication of phenyl H-phosphonothioate as a thiophosphonylating agent. The methodology was used to prepare nucleoside H-phosphonothioate

  本论文重点研究H-膦酸酯和H-硫代膦酸酯的化学转化，可分为两部分。第一部分致力于钯催化 PC 键形成的发展。已经进行了转换的机械和合成研究。已经研究了钯催化的包含 H-膦酸酯和 H-硫代膦酸酯的 DNA 类似物的芳基化和苄基化的立体化学方面。第五章研究了H-膦酸酯官能团与核苷的Mitsunobu反应缩合反应。开发了合成核苷 H-膦酸酯单酯的有效方案。最后一章讨论了作为硫代膦酰化剂的苯基 H-硫代膦酸酯的甲硅烷基化介导的酯交换的发展。