2,3-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-5-O-triphenylmethyl-D-ribono-γ-lactone | 244611-09-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2,3-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-5-O-triphenylmethyl-D-ribono-γ-lactone
• 英文别名: 2,3-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-5-O-trityl-D-ribono-1,4-lactone；(3R,4R,5R)-3,4-bis[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy]-5-(trityloxymethyl)oxolan-2-one
• CAS: 244611-09-4
• 化学式: C₃₆H₅₀O₅Si₂
• 分子量: 618.961
• InChiKey: IYFQYKFILOWLNJ-XWHIBYANSA-N

物化性质

• 沸点：
  616.6±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.07±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.7
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.47
• 拓扑面积：
  54
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2,3-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-5-O-triphenylmethyl-D-ribono-γ-lactone 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 锂硼氢 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 32.0h， 生成 2,3-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-1,4-bis-O-methanesulfonyl-5-O-triphenylmethyl-D-ribitol
  参考文献：
  名称：

  Toward a General Strategy for the Synthesis of 3,4-Dihydroxyprolines from Pentose Sugars

  摘要：

  A general strategy is proposed, wherein a pentose sugar gamma-lactone can be converted, via a series of nine reactions, to a 3,4-dihydroxyproline, suitably protected for use in peptide synthesis. Thus, D-ribonolactone (6) has been converted to N-fluorenylmethoxycarbonyl-3,4-di-O-tent-butyldimethylsilyloxy-D-2,3-cis-3,4-cis-proline (7) in 18.9% overall yield. Likewise, L-arabinonolactone (11) has been converted to N-fluorenylmethoxycarbonyl-3,4-di-O-tent-butyldimethylsilyloxy-L-2,3-cis-3,4-trans-proline (36) in 13.7% overall yield and L-lyxonolactone (12) to N-fluorenylmethoxycarbonyl-3,4-di-O-tent-butyldimethylsilyloxy-L-2,3-trans-3,4-cis-proline (37) in 11.2% overall yield. These building blocks have also been fully deprotected to give the free amino acids. We believe that this series of reactions ought to be applicable to the synthesis of any of the eight stereoisomers of 3,4-dihydroxyproline, by judicious selection of the pentose starting material.

  DOI：

  10.1021/jo025538x
• 作为产物：
  描述：

  D-(+)-核糖酸-1,4-内酯 在 吡啶 、 2,6-二甲基吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 17.5h， 生成 2,3-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-5-O-triphenylmethyl-D-ribono-γ-lactone
  参考文献：
  名称：

  人聚（ADP-核糖）糖水解酶合成二聚体ADP-核糖及其结构

  摘要：

  聚 (ADP-核糖基) 化是一种常见的翻译后修饰，可介导多种细胞过程，包括 DNA 损伤修复、染色质调节、转录和细胞凋亡。以均质形式获取聚（ADP-核糖）（PAR）的困难一直阻碍着理解 PAR 与聚（ADP-核糖）糖水解酶（PARG）和其他结合蛋白的相互作用。在这里，我们描述了ADP-核糖二聚体的化学合成，并利用该化合物获得了第一个人类PARG底物-酶共晶结构。 PAR 的化学合成是传统酶法合成和分级分离的一种有吸引力的替代方案，可以获取二聚 ADP-核糖等产品，这种物质已被检测到，但从未从天然来源中分离出来。此外，我们描述了炔基化二聚体的合成，并证明该化合物可用于合成 PAR 探针，包括生物素和荧光团标记的化合物。然后将荧光标记的 ADP-核糖二聚体用于一般基于荧光偏振的 PAR-蛋白质结合测定。最后，我们使用合成的中间体来获取各种 PAR 片段，并对这些化合物作为 PARG 底物进行评

  DOI：

  10.1021/ja512528p

文献信息

• [EN] FLUORESCENT SUBSTRATES FOR POLY(ADP-RIBOSYL) HYDROLASES<br/>[FR] SUBSTRATS FLUORESCENTS POUR POLY(ADP-RIBOSYL) HYDROLASES
  申请人：UNIV ILLINOIS

  公开号：WO2020055753A1

  公开（公告）日：2020-03-19

  The post-translational modification (PTM) and signaling molecule poly(ADP-ribose) (PAR) has an impact on diverse biological processes. PTM is regulated by a series of ADP-ribosyl glycohydrolases (PARG enzymes) that cleave polymers and/or liberate monomers from their protein targets. Disclosed herein is a substrate for monitoring PARG activity, TFMU-ADPr, which directly reports on total PAR hydrolase activity via release of a fluorophore; this substrate has excellent reactivity, generality, stability, and usability. A second substrate, TFMU-IDPr, selectively reports on PARG activity only from the enzyme ARH3. Use of these probes in whole-cell lysate experiments has revealed a mechanism by which ARH3 is inhibited by cholera toxin. TFMU-ADPr and TFMU-IDPr are versatile tools for assessing small-molecule inhibitors in vitro and probing the regulation of ADP-ribosyl catabolic enzymes.

  翻译结果：翻译后修饰（PTM）和信号分子聚腺苷二磷酸核糖（PAR）对多种生物过程产生影响。PTM受一系列ADP核糖水解酶（PARG酶）调控，这些酶从它们的蛋白靶标中切割聚合物和/或释放单体。本文披露了一种用于监测PARG活性的底物，TFMU-ADPr，它通过释放荧光团直接报告总PAR水解酶活性；该底物具有出色的反应性、普适性、稳定性和可用性。第二种底物TFMU-IDPr，只选择性地报告来自酶ARH3的PARG活性。在全细胞裂解液实验中使用这些探针揭示了一种由霍乱毒素抑制ARH3的机制。TFMU-ADPr和TFMU-IDPr是评估体外小分子抑制剂和探究ADP核糖降解酶调控的多功能工具。
• Synthesis of Dimeric ADP-Ribose and Its Structure with Human Poly(ADP-ribose) Glycohydrolase
  作者：Michael J. Lambrecht、Matthew Brichacek、Eva Barkauskaite、Antonio Ariza、Ivan Ahel、Paul J. Hergenrother

  DOI：10.1021/ja512528p

  日期：2015.3.18

  Here we describe the chemical synthesis of the ADP-ribose dimer, and we use this compound to obtain the first human PARG substrate-enzyme cocrystal structure. Chemical synthesis of PAR is an attractive alternative to traditional enzymatic synthesis and fractionation, allowing access to products such as dimeric ADP-ribose, which has been detected but never isolated from natural sources. Additionally

  聚 (ADP-核糖基) 化是一种常见的翻译后修饰，可介导多种细胞过程，包括 DNA 损伤修复、染色质调节、转录和细胞凋亡。以均质形式获取聚（ADP-核糖）（PAR）的困难一直阻碍着理解 PAR 与聚（ADP-核糖）糖水解酶（PARG）和其他结合蛋白的相互作用。在这里，我们描述了ADP-核糖二聚体的化学合成，并利用该化合物获得了第一个人类PARG底物-酶共晶结构。 PAR 的化学合成是传统酶法合成和分级分离的一种有吸引力的替代方案，可以获取二聚 ADP-核糖等产品，这种物质已被检测到，但从未从天然来源中分离出来。此外，我们描述了炔基化二聚体的合成，并证明该化合物可用于合成 PAR 探针，包括生物素和荧光团标记的化合物。然后将荧光标记的 ADP-核糖二聚体用于一般基于荧光偏振的 PAR-蛋白质结合测定。最后，我们使用合成的中间体来获取各种 PAR 片段，并对这些化合物作为 PARG 底物进行评
• Total synthesis of a glyoxalase I inhibitor and its precursor, (−)-KD16-U1
  作者：Kuniaki Tatsuta、Shohei Yasuda、Nobuyuki Araki、Masaaki Takahashi、Yuko Kamiya

  DOI：10.1016/s0040-4039(97)10559-7

  日期：1998.1

  A glyoxalase I inhibitor and (−)-KD16-U1 have been synthesized from D-ribonic acid γ-lactone through SnCl4-promoted cyclization of a phenylsulfonyl enol silyl ether and regioselective introduction of a hydroxymethyl group.

  由D-核糖酸γ-内酯通过SnCl 4促进的苯磺酰基烯醇甲硅烷基醚的环化和区域选择性地引入羟甲基合成了乙二醛酶I抑制剂和（-）-KD16-U1 。
• Synthesis of a Protected 3,4-Dihydroxyproline from a Pentose Sugar
  作者：Claudette A. Weir、Carol M. Taylor

  DOI：10.1021/ol990763v

  日期：1999.9.1

  [GRAPHICS]D-Ribonolactone (6) was transformed into N-((fluorenylmethoxy)carbonyl)-3,4 bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-D-2,3-cis 3,4-dihydroxyproline (13) in nine chemical steps. This represents a potentially general strategy for the synthesis of 3,4-dihydroxyprolines, utilizing the pentose sugar series as starting materials.
• Monitoring Poly(ADP-ribosyl)glycohydrolase Activity with a Continuous Fluorescent Substrate
  作者：Bryon S. Drown、Tomohiro Shirai、Johannes Gregor Matthias Rack、Ivan Ahel、Paul J. Hergenrother

  DOI：10.1016/j.chembiol.2018.09.008

  日期：2018.12

  monomers from their protein targets. Existing methods for monitoring these hydrolases rely on detection of the natural substrate, PAR, commonly achieved via radioisotopic labeling. Here we disclose a general substrate for monitoring PARG activity, TFMU-ADPr, which directly reports on total PAR hydrolase activity via release of a fluorophore; this substrate has excellent reactivity, generality (processed by

  翻译后修饰（PTM）和信号分子聚（ADP-核糖）（PAR）对多种生物过程都有影响。此PTM受一系列ADP-核糖基糖水解酶（PARG酶）调控，该酶可将聚合物裂解和/或将单体从其蛋白质靶标中释放出来。监测这些水解酶的现有方法依赖于通常通过放射性同位素标记实现的天然底物PAR的检测。在这里，我们公开了用于监测PARG活性的通用底物TFMU-ADPr，其通过荧光团的释放直接报告总PAR水解酶活性。这种底物具有出色的反应性，通用性（由主要的PARG酶处理），稳定性和可用性。第二种底物TFMU-IDPr仅从酶ARH3选择性报告PARG活性。在全细胞裂解物实验中使用这些探针揭示了霍乱毒素可抑制ARH3的机制。TFMU-ADPr和TFMU-IDPr是用于评估体外小分子抑制剂和探索ADP-核糖基分解代谢酶调控的多功能工具。